Robert Koch in his laboratory
The discovery of microbial effects on organic and inorganic matter • The Russian microbiologist Winograsky discovered that soil bacteria could oxidize iron, sulfur and ammonia to obtain energy, and also isolated nitrogen–fixing bacteria. • Beijerinck made fundamental contributions to microbial ecology. He isolated Azotobacter（固氮菌） and Rhizobium（根瘤菌）.
Lysis, DNA/RNA extraction
DNA/RNA purification
PCR/RT-PCR amplification of 16S rRNA or functional genes Identification Cloning Sequencing Phylogenetic analysis Fingerprinting: DGGE, TGGE, RFLP, t-RFLP, SSCP

发现并证实发酵是由微 生物引起的 彻底否定了“自然发生” 学说： 曲颈瓶试验 免疫学——预防接种：


狂犬疫苗

巴斯德消毒法：6065℃作短时间加热处理， 杀死有害微生物
Robert Koch (1843 – 1910)
The recognition of microbial role in disease
瘤胃原虫
细菌
人体细菌
划线分离
细菌感染
广泛分布于自然界中，无论是高山平原、江河湖海、
动植物体内外，乃至一般生物无法生存的臭氧层、海洋
底和岩芯中，都有微生物存在。
一、概述：
肠道微生物：超过99%是细菌，数量约为1011个，
500～1000个种类。包括97%严格厌氧菌和3%需氧菌。
类杆菌属，双歧杆菌属， 真杆菌属，梭形杆菌属， 梭状芽胞杆菌属和乳酸菌 革兰氏阳性肠细菌：大肠 杆菌属和沙门氏菌属 革兰氏阴性肠细菌：肠球 菌、葡萄球菌和链球菌
厌氧菌 肠道菌 好氧菌
肠道微生物数量（1012-1014）>>体表面积微生
物数量=10*人体细胞数目（1011个） 微生物基因数量=100*人体基因数量（3.5万个）
主要包括细菌，真菌和原生动物，此外还有少数的噬菌
体

瘤胃中的细菌：占瘤胃生物量的50%～80%，1011-1012
个/ml

真菌：103～105个游动孢子/mL。生活周期约24～32小
与环境之间始终处于动态平衡状态，宿主表现为不致 病。

研究指出，体魄强健的人肠道内有益菌的比例达到
70%，普通人则是25%，便秘人群减少到15%，而癌症病
人肠道内的益生菌的比例只有10%。
四个方面： 1）机体因素（肠道的酸碱性，胆汁及消化酶的分泌， 肠道的蠕动，肠道黏液的分泌，肠道表皮的脱离等）及 环境因素（压力，出差等）。 2）食物（可消化的食物与不可消化的纤维，药物等）。 3）细菌自身因素（细菌的黏附能力，繁殖能力，营养 需求量，抗消化酶能力等）。









核酸探针检测技术 荧光原位杂交( FI SH )技术 限制性片段长度多态性标记RFLP 随机扩增多态性标记RAPD 聚合酶链式反应及相关技术 反转录PCR技术(RT -PCR) 竞争PCR (c-PCR) AFLP标记 RAP- PCR 电泳分离及其显示方法 溴乙锭(EB)染色方法 聚丙烯酰氨凝胶电泳(PAGE分离)银染方法 变性梯度凝胶电泳(DGGE) 基因重组技术 基因芯片技术
2.生物夺氧
需氧微生物，特别是芽胞杆菌消耗肠道内的氧气，形成厌 氧环境，有利于乳酸杆菌等有益微生物生长，抑制有害需氧 菌和兼性厌氧菌的增殖，防止发病。
3.生物颉颃作用
有益微生物与病原微生物产生颉颃作用。抑制病原微 生物粘附到肠粘膜上皮细胞上，随粪便排出体外。 4.增强机体免疫功能 提高抗体水平和巨嗜细胞的活性，刺激免疫、激发机 体体液免疫和细胞免疫，增强机体的免疫力和抗病力。 5.产生营养物质
Limed
M 1 7 16 28 67 118 1
Unlimed
7 16 28 67 118 1
Limed
7 16 28 67 118
Unlimed
1 7 16 28 67 118 M
Rangel-Castro et al. 2005 Env Micro 7, 544-552.
saf1_201 TM29 Acidobacterium capsulatum env.MC103 saf1_112 sl1_220 sl2_715 env.MC101 sl1_221 env.MC27 sl1_214 sl3_811 sl2_703 saf1_109 SBR1078 saf1_208 saf3_004 SBR1020 sl3_614 saf2_419 2 Clones saf1_312 sl1_009 SBR2086 saf2_414 sl2_706 clone DA008 2 Clones saf2_112 saf2_210 sl2_710 sl1_207 Holophaga foetida saf1_111 clone DA052 saf1_118 sl3_809 sl3_806 saf3_223 sl1_018 saf2_415 sl3_602 saf3_020 sl1_211 env.MC18 clone DA101 sl3_802 Verrucomicrobium spinosum saf3_022 Deinococcus radiodurans saf3_110 Thermus aquaticus 2 Clones sl1_224 Chlorobium vibrioforme saf3_018 Stigmatella aurantiaca Sphingomonas sl1_105 sl3_601 Flexibacter canadensis sl1_215 Flexibacter flexilis Runella slithyformis sl1_222 sl1_021 Sporocytophaga saf2_118 Cytophaga johnsonae sl1_218 sl1_005 sl1_201 Flavobacterium ferrugineum sl1_212 SBR2061 sl3_619 sl2_717
4）细菌之间的相互作用（营养竞争，相互抑制作用， 协同作用等）。
放线菌
Herbivores – 70% of dietary energy can be from microbial fermentation
cf. Humans – 10%
可培养微生物
不可培养微生物 (16S rRNA gene diversity)

原核生物界（Procaryotae）
（1）光能营养原核生物门 （2）化能营养原核生物门

真核微生物（Eucaryotic microbes） 真菌 (Fungus) 原虫 (Protozoa) 病毒（Virus）

艾滋病毒
SARS 病毒
传染性软疣病
水痘病毒
蘑菇
Ophryoscolex
孢子囊
灰指甲
16S rDNA PCR
V4
V3 V6 V5 V8
tRNA-Glu 23S rRNA 16S rRNA 5S rRNA 1· kb 1 2 3 4 5 6 7 8 9
V7
DNA
V1
V9
V2
Extraction of nucleic acid and amplification of 16S rRNA genes
Microbial physiology
Microbial genetics Virology Microbial Morphology Parasitology Branches of Microbiology
Mycology
Bacteriology Microbial taxonomy
Protozoology

微生物的研究：显微镜，分离和纯培养；分子生物学； 微生物对其他生物和人类健康产生影响。
1．非细胞型微生物：病毒属此类，最小，无细胞结构， 须在活细胞内增殖。 2．原核细胞型微生物：细菌、放线菌、螺旋体、支原 体、立克次氏体和衣原体属。此类仅有核质，无核膜 和核仁，缺乏完整的细胞器。 3．真核细胞型微生物：真菌和原虫属此类。细胞核有 核膜、核仁和染色体，胞浆内有完整的细胞器。
Alexander Fleming (1881-1955)
Alexander Fleming discovered the antibiotic penicillin. He had the insight to recognize the significance of the inhibition of bacterial growth in the vicinity of a fungal contaminant. 抑菌试验
Accurately observe and describe microorganisms
Louis Pasteur (1822 – 1895)
• Pasteur (1857) demonstrated that lactic acid fermentation is due to the activity of micro-organisms • Pasteur (1861) conflict over spontaneous generation – birth of microbiology as a science • Pasteur (1881) developed anthrax （炭疽） vaccine • Pasteurization Louis Pasteur working in his laboratory