有限公司股东可约定不按出资比例持有股权【约定优先事项】有限责任公司中股东约定优先事项：表决权；分红权；股权转让权；优先认购权
【法律依据】
《公司法》第三十四条 股东按照实缴的出资比例分取红利；公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。

但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。

《公司法》第四十二条 股东会会议由股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外。

《公司法》第四十六条 董事会对股东会负责，行使下列职权：
(一)召集股东会会议，并向股东会报告工作；(二)执行股东会的决议；(三)决定公司的经营计划和投资方案；(四)制订公司的年度财务预算方案、决算方案；(五)制订公司的利润分配方案和弥补亏损方案；(六)制订公司增加或者减少注册资本以及发行公司债券的方案；(七)制订公司合并、分立、解散或者变更公司形式的方案；(八)决定公司内部管理机构的设置；(九)决定聘任或者解聘公司经理及其报酬事项，并根据经理的提名决定聘任或者解聘公司副经理、财务负责人及其报酬事项；(十)制定公司的基本管理制度；(十一)公司章程规定的其他职权。

《公司法》第四十八条 董事会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。

董事会应当对所议事项的决定作成会议记录，出席会议的董事应当在会议记录上签名。

董事会决议的表决，实行一人一票。

《公司法》第四十九条　有限责任公司可以设经理，由董事会决定聘任或者解聘。

经理对董事会负责，行使下列职权：(一)主持公司的生产经营管理工作，组织实施董事会决议；(二)组织实施公司年度经营计划和投资方案；(三)拟订公司内部管理机构设置方案；(四)拟订公司的基本管理制度；(五)制定公司的具体规章；(六)提请聘任或者解聘公司副经理、财务负责人；(七)决定聘任或者解聘除应由董事会决定聘任或者解聘以外的负责管理人员；(八)董事会授予的其他职权。

公司章程对经理职权另有规定的，从其规定。

经理列席董事会会议。

【裁判案例】
最高人民法院在2012年第1期《最高人民法院公报》上公布了其
就“深圳市启迪信息技术有限公司与郑州国华投资有限公司、开封市豫信企业管理咨询有限公司、珠海科美教育投资有限公司股权确认纠纷案”所作的终审判决，该判决确立了有限责任公司的全体股东可以约定不按实际出资比例持有股权这一重要原则。

【案情简介】
2006年10月26日，国华公司、启迪公司、豫信公司三家公司签署《关于组建科美教育投资有限公司投资协议》（下称“《10.26协议》”），约定合作组建科美投资公司，注册资本1000万元，注册资本全部由国华公司负责投入。

启迪公司、豫信公司以其他资源作为合作条件。

《10.26协议》和科美投资公司的章程均约定：科美投资公司股权按照国华公司30%、启迪公司55%、豫信公司15%的比例持有。

协议签订后，国华公司向科美投资公司账户注资300万元，启迪公司、豫信公司分别注资550万元、150万元，通过验资。

经调查核实，启迪公司、豫信公司的出资实际都来源于国华公司。

后国华公司反悔，请求法院判令科美投资公司全部股权归其所有。

该案经过一审、二审，最高院再审，最终判定实际出资人国华公司败诉，股权比例按照《10.26协议》和科美投资公司章程约定执行。

最高院在裁判摘要中是这样描述的：
在公司注册资本符合法定要求的情况下，各股东的实际出资数额和持有股权比例应属于公司股东意思自治的范畴。

股东持有股权的比例一般与其实际出资比例一致，但有限责任公司的全体股东内部也可以约定不按实际出资比例持有股权，这样的约定并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现。

如该约定是各方当事人的真实意思表示，且未损害他人的利益，不违反法律和行政法规的规定，应属有效，股东按照约定持有的股权应当受到法律的保护。

【综上所述】
有限责任公司全体股东约定不按出资比例持有拟设立公司股权，则应当在《出资人协议书》、《公司章程》中对上述认缴出资、实际出资与持股比例、分取红利、增资时的认缴比例、表决权的分配等予以约定；鉴于未实际出资而持股的股东的特殊性，应当另行对该等股东资格的丧失、股权转让条件及操作及其如何对公司承担有限责任等细节条款予以详细、明确约定。