SYMPHONY1. 系统简介与说明1．1 简介Symphony主窗口如下所示，其中包含了系统中所有菜单栏和图标工具栏，其相应的功能包括：编写肽序列、编辑程序、合成操作、执行一个单步操作、计算氨基酸的重量和溶剂的体积等。

窗口的底部是系统状态栏，显示当前N2、真空及空气的状态和计算机时间，同时，当一个废液桶充满后，会显示警告信息。

操作者正在进行的很多相关操作状态都会在状态栏中显示。

使用Symphony窗口可使编程、编写肽序列、给反应器加压、选择某个肽序列等操作变得相当简单，只需鼠标点击，就可以执行。

在此过程中，操作将按照默认参数进行。

溶剂和试剂的名称分别显示在RV操作窗口和瓶准备操作窗口及报告中。

默认条件下，系统使用的是肽化学中标准的溶剂名称和氨基酸名称，这些名称均来自于瓶准备操作窗口中显示的Good Laboratory Practice（GLP）文件，操作者可以创建和使用自定义的GLP文件。

除此之外，本窗口中还有许多功能可供操作者使用，如：操作者可以在计算窗口中计算合成所需溶剂和试剂的量，可以创建一个新的自定义GLP文件，并且可以指定其为所有溶剂和试剂的GLP文件。

计算窗口所用到的溶剂和试剂（AA）数据文件既可以由操作者自定义，也可以使用系统默认值。

不同窗口中有许多相同的功能部分，在共性帮助文档中有对应的解释。

1．2 系统概述1．2．1 共性在不同的窗口中有许多相同的功能部分，其中之一就是文件对话框，另外一个就是文件File Open（文件打开）按钮。

操作者可以点击窗口右上方的“X”图标来关闭窗口，同样的功能也可以点击Close（关闭）按钮来实现。

操作者可以通过点击窗口右上方的最小化和最大化图标来实现窗口的最小化和最大化。

所有窗口中都有cursor和input focus。

编辑控制框或编辑框可供操作者输入信息，当某个编辑控制框或编辑框被选中时，操作者可以在其中选择或输入信息，光标闪动的地方就是操作者可以输入信息的位置。

通常情况下，光标是一条闪烁的线条，当然，操作者也可以自定义光标形状。

如果操作者希望改变输入，只需简单的按动Tab键，如果希望反向移动，同时按shift和Tab键即可。

操作者可以在编辑框中输入信息，可以在下拉式选择列表框中输入或选择某一信息，一般情况下，下拉式选择列表框的背景是白色的，如果其背景是灰色的则说明此框只是用于显示信息，而不能输入信息。

1．2．2 文件对话框本系统中有两种文件对话框，一种是如下所示的Open（打开）文件对话框，另一个是Save（保存）或Save as（另存为）文件对话框。

两种文件对话框功能相似，都允许操作者在文件目录中操作文件。

当操作者初次打开文件对话框时，显示的文件位置是操作者目前希望打开或希望保存的某种类型文件的默认位置，对话框中显示的文件是按Files of Type框中的文件类型过滤的，Files of Type框决定了操作者可以打开或保存的文件类型。

操作者可以通过在文件目录中选择一个文件名或输入一个文件名来作为保存当前数据的文件。

1．2．3 文件打开按钮如果操作者点击File Open（文件打开）按钮，则打开一个对话框供操作者选择相应的文件，File Open（文件打开）按钮位于显示所选择文件名字的编辑框的右侧，如下图中鼠标所点的位置。

1．2．4 保存窗口当操作者打开一个新文件，或关闭一个已经改动过的文件时，就会弹出一个保存窗口以提示操作者，有3种操作可供操作者选择，Yes、NO或Cancel。

选择Yes则保存文件，并且关闭窗口；选择NO则不保存文件，并且关闭窗口；选择Cancel则取消当前的操作，不关闭窗口，回到之前的编辑状态。

1．2．5 工具提示（Tool Tips）工具提示功能是和编辑框相关联的，尤其是和显示文件名字的编辑框相关联的，因为文件名有可能很长，在编辑框中并不能全部显示，在这种情况中下，全部的文件名就可以在工具提示中显示出来。

要显示如下图所示的工具提示，只需简单的移动鼠标到对应的编辑框上，并且停留几秒，就会在编辑框下方出现一个显示文件全名的小窗口。

1．2．6 全局数据访问如下图所示的全局数据访问编辑框提示操作者输入数据，操作者输入数据后，点击OK按钮确认数据修改，或者点击Cancel按钮放弃对数据的修改，然后返回到上级窗口。

1．2．7 主菜单栏如下所示的主菜单栏包括：Peptide Editor（肽编辑）、Program Editor（程序编辑）、RV Operation（RV操作）、SetUp（设置）、Tools（工具）、Calculation（计算）、File（文件）、Window（窗口）和Help（帮助）。

当点击选择了某一个菜单栏后，就会扩展出更多的子菜单供操作者选择。

如果点击某一个菜单后并没有扩展子菜单出现，那么就会出现一个命令按钮或动作按钮。

对很多菜单而言，可以执行的操作是相似的，例如：很多动作按钮都通过New按钮或Open按钮来创建一个新的文件或打开一个已存在的文件，供操作者编辑。

当选择了Open，都会显示打开文件对话框。

当一个文件处于打开状态，可以选择Save或者Save as 操作，用当前的文件名保存修改内容或另外输入一个新的文件名保存修改内容，可以选择Print来打印文件内容。

文件通常保存在默认目录下，当然，操作者可以把文件保存到任何文件目录下，也可以打开任何一个文件目录下的文件。

菜单栏中的一些功能同样可以在图标工具栏中实现。

1．2．8 图标工具栏主菜单栏下的第二行就是图标工具栏，设立图标工具栏的目的就是为了方便操作者执行某些菜单功能。

如下所示的工具栏从左到右分别是：创建一个新的肽文件、打开一个已有的肽文件、创建一个新的合成/裂解（Cleavage）程序、打开一个已有的合成/裂解（Cleavage）程序、打开反应器操作（Open the Reaction Vessel Operations）窗口、打开合成进程（Synthesis Progress）窗口、打开溶剂/试剂瓶灌注和加压（Open the Solvent/Reagent bottles prime and pressure）窗口、保存当前窗口文件、另存当前窗口文件、打印当前窗口文件、打开数据计算窗口、启动系统计算器、正常退出和紧急停止。

如果需要了解某个工具的具体功能，只需移动鼠标到相应的图标工具上，并且停留几秒即可。

当操作者编辑某个文件时，特推荐以下便利的操作：首先点击Save图标，保存所有的改动信息，然后，如果关闭窗口，就不会出现一系列对话框提示操作者是否要保存文件、如何保存文件等。

2．合成仪计算机操作软件2．1 肽序列编辑（Peptide Sequence Editor）窗口操作者可以通过几种方式进入到肽序列编辑窗口，既可以通过点击主菜单栏中的Peptide Editor菜单进入，又可以通过点击图标工具栏中创建一个新的肽/序列文件工具或者打开一个已有的肽文件/序列工具进入。

肽序列编辑允许操作者定义序列，定义序列中某一残基对应的合成程序，也就是肽文件。

肽文件和序列文件的扩展名分别为“.pep”和“.seq”。

操作者能够保存的文件个数取决于计算机上硬盘的存储量。

肽文件和序列文件中保存的氨基酸残基个数不能超过200个。

本窗口中各种工具和按钮如下图所示。

2．1．1 序列（Sequence）在序列编辑窗口中可输入和显示肽序列。

从N端到C端用窗口右半部分单个字母代表氨基酸残基，输入一个残基时，同时会对应一个默认程序，该程序显示在Synthesis Program Selection下默认框（Default Label）中，操作者也可以改变某个残基或一组残基的程序，将一个或几个残基加亮选中，然后点击Set按钮即可。

2．1．2 当前程序（Current Program）与某一指定残基相对应的程序显示在当前程序框位于的右侧，。

2．1．3 当前位置（Current Postion）当前位置右侧显示的是光标在序列编辑框中从左边开始的位置。

2．1．4 长度（Length）肽长度位于Length右侧，显示在序列编辑框中序列的长度。

2．1．5 分子量（Molecular Weight）分子量位于Molecular Weight右侧，用于显示C端为羧基或氨基化合物的分子量，这取决于Termination框中的选择。

程序使用试剂（AA）数据文件中的数据来计算分子量。

2．1．6 设置（Set）Set（设置）按钮位于序列编辑框的下方，操作者直接用鼠标点击此按钮就可以进行设置操作，或者点击鼠标右健，在弹出菜单中选择Set项也可以进行设置操作。

在设置操作中，操作者可以改变所选择氨基酸残基（处于加亮显示状态）的相应合成程序，对应的合成程序显示在Synthesis Program Selection（合成程序选择）框中。

2．1．7 剪切（Cut）、拷贝（Copy）和粘贴（Paste）Cut（剪切）按钮、Copy（拷贝）按钮和Paste（粘贴）按钮位于序列编辑框的下方，可以对序列编辑框中的文本进行标准的Windows操作，也就是说操作者可以在同一个序列编辑框，或者从其他的序列编辑框，乃至任何支持剪切、拷贝和粘贴操作的应用程序中对文本进行相应的剪切、拷贝和粘贴操作。

2．1．8 合成程序选择（Synthesis Program Selection）合成程序选择框位于Synthesis Program Selection标签下方，操作者可以在其中定义一个默认的合成程序，也可以通过点击位于Default Program标签右侧的文件打开按钮，改变与某个残基相对应的默认合成程序，这个改变后的新合成程序就成为在其后输入的任何残基的默认合成程序，在改变之前输入的残基仍然保持与他们相对应的旧的合成程序。

操作者可以通过Set（设置）程序来达到同样的目的。

2．1．9 试剂（AA）数据（Reagent(AA) Data）当前所使的试剂（AA）试剂显示在Reagent(AA) Date标签下方，该试剂（AA）文件给定了其下方按钮的名称，以及相应的用于创建序列的快捷键，操作者可以直接键入字母来创建序列，但每一次键入时，都会提示操作者是否希望通过直接敲字母键来创建序列。

操作者还可以用鼠标点击文件打开按钮选择、加载自定义的试剂（AA）数据文件。

2．1．10 C端选择（Termination）C末端标签下是一个选择框，用于指定C末端是酸还是酰胺，要注意该选择框的显示，选择酸（Acid）就表明合成是从C端的第二个氨基酸开始的，而第一个氨基酸残基已事先连接在树脂上。

选择Amide（氨基）表明合成是从C端的第一个氨基酸合成开始的。

2．1．11 文件说明（File Descritption）操作者可以在文件说明编辑框中对文件进行注释和描述。