1、修改文件权限sudo chmod 600 ××× #(只有所有者有读和写的权限)sudo chmod 644 ××× #(所有者有读和写的权限，组用户只有读的权限)sudo chmod 700 ××× #(只有所有者有读和写以及执行的权限)sudo chmod 666 ××× #(每个人都有读和写的权限)sudo chmod 777 ××× #(每个人都有读和写以及执行的权限)sudo chmod u+x ××× #这种方式修改文件权限比较好，是给user加执行chmod +x test #给test问价增加可执行属性2、建立执行窗口screen -dmS zw001 #建立了一个窗口screen -ls #查看系统所分配的窗口的名字screen -r xxx.zw001 #进入建立的窗口进行运算Ctrl + A then D #关闭当前窗口返回主窗口，转入后台运行Ctrl + D3、软件安装步骤：1). 下载文件之后需要解压缩文件：tar -zvxf nginx-1.2.3.tar.gz2). 创建安装文件目录，例如：cd ~mkdir nginx3). 转到解压后安装文件的存放目录，然后配置cd xxx./configure --prefix=/xxx/yy/nginx4). 编译make #如有问题，把解压的文件放到刚建好的目录中再make5). 安装make install正常情况下这样就成功安装了。
和有root权限安装的区别在于./configure需要指定安装文件的目录。
4、在没有Root权限的情况下安装R Package(可以用，但是不方便)mkdir /data/Rpackages/#建立一个存储数据包的目录install.packages("ggplot2", lib="/data/Rpackages/") #在安装的过程添加安装路径library(ggplot2, lib.loc="/data/Rpackages/") #在加载数据包时也需要指明安装路径5、在没有Root权限的情况下安装R Package(！！！很方便！！！)1)先建立一个 .Renviron 文件，于用户的目录下。
2)打开文件，在里面设置Package的环境变量：R_LIBS=/home/zengqingyin/liuyanjing/zhaoweiAna3)安装所需要的程序包。
6、R CMD INSTALL MCMCpack_1.3-3.tar.gz #Linux下安装已经下载好的程序包。
7、给经常执行的程序建立佚名，可以直接打佚名启动。
1)、在终端输入cd $HOME #进入用户根目录2)、输入 touch .bashrc #这个是建立一个.bashrc文件。
3)、用vim编辑刚建立的文件，输入"alias vim=mvim" #这里的例子是打vim就可以启动mvim4)、终端输入"source .bashrc" #使刚才建立的文件生效5)、在终端输入"vim"即可直接打开mvim #至此佚名进入程序方式完成8、xargs 的用法!1、delete all the sra filesfind . -name "*.sra" | xargs -0 rm9、常用Linux命令passed #修改用户密码pwd #查看当前工作目录cd #回到用户目录cd .. #返回上层目录cd - #返回上次所在的目录cd ~ #回到用户目录ls -a #列出所有子目录和文件，包括隐藏文件ls -l #长格式ls -r #按字母逆序显示结果ls -t #按修改时间(最近优先)排序，时间相同，按字典顺序ls -R #递归的显示各个子目录中的文件数后可以直接创建一个路径mkdir -v test #每次操作会给出创建信息touch #创建空文件&更新时间戳cat filename #显示filename文件的内容cat file1 file2>file3#合并file1和file2到file3cat<<EOF #<<EOF是文件定界符，可以告诉系统什么时候输入> ha #结束了，这样输入就停止了。
EOF输出：hacat<<EOF>out.txt #和上面相同的意思，只是把结果输入到out.txt中cat>out.txt<<EOF #不同的写法cat>filename #将标注输入的内容写入filename中，以Ctrl+D结束less [filename]#head [-n] [filename]#显示文件开头的n行tail [-n] [filename]#显示文件结尾的n行wc–cwlm[filename] #字节数、字数、行数，字母数；参数可单独用也可以合并用cp[option] [source] [destination] #如过加上-R，递归复制目录的子目录和文件cp /WPS/guest/data/linux/reads.fq /WPS/guest/guoyangrm[option] [file or directoryname] #rm是删除文件，可选参数为-rf。
mv [source] [destination]#这个是文件移动命令mv mv_rm_test.txt rm_test.txt #移动并且重命名find [path] [expression]#查找文件find . -name reads.fqln[options] [source] [destination] #链接命#加上此参数是软链接，不加是硬；但都是同步改变alias [别名]=[指令名称] #设置别名命令sort -r -n -t : -k 2 sort_test.txt #排序-u #输出行中去除重复行-r #改默认升序为降序-n #以数值来排序-t #设定分割符-k #指定排序域tar [option] [file or directoryname] #打包压缩命令，参数为-zjcxvf-j #调用bunzip2，生成tar.bz2-c #是表示产生新的包-z #调用gzip，生成tar.gz-x #解压#list all filestar –jcvf[filename.tar.bz2] [filename] #压缩文件tar –zcvf[filename.tar.gz] [filename] #压缩文件tar -zxvf [filename] #解压文件| #管道awk -F '\t' '{print $2}' awk_test.txt | uniq #-F 是域分隔符awk -F '\t' '$1 == "I" {print $2}' awk_test.txtawk -F '\t' '{if($1 == "I") print $2}' awk_test.txtctrl-c #止一个进程ctrl-z #起一个进程bg #入后台运行fg #唤醒10、Linux命令进阶split -l 300 large_file.txt new_file_prefix #产生的分割是有顺序的，可以直接用cat合并-a #用多长的后缀，默认为2#分割单元，支持k,m-C #和b类似，但是会尽量保持行的完整性-d #用数字作为后缀-l #按行来分割paste file1 file2 #默认是以tab或空格分割，按列合并两个文件paste file2 file1 #可以通过改变文件顺序来决定前后顺序paste -d: file1 file2#可以用-d参数来指定分隔符号，最好用''界定paste -s file1 file2#这样是以行的形式合并ls /etc | paste -d" " - - - - - - #把标准输入得到的数据产生以n(-的个数)列显示cut-b #以字节为单位进行分割-n #取消分割多字节字符。
仅和 -b 标志一起使用-f #与-d一起使用，指定显示哪个区域。
-d #自定义分隔符，默认为制表符。
#以字符为单位进行分割。
who|cut -b 3 #取了第三个字符who|cut -b 3-5,8 #第3，4，5，8个，先排序再取。
who|cut -b -3 #开始到第三个who|cut -b 3- #第三个到最后who|cut -b -3,3- #整行cut -bc 3 cut_ch.txt#处理中文时，bc要连用，一个中文三个字节cut -c 3 cut_ch.txt #处理中文时，中文和空格都算一个字符cat /etc/passwd|head -n 5|cut -d : -f 1 #-d指明分割，-f指明区域，提取不规则数据cat /etc/passwd|head -n 5|cut -d : -f 1,3-5 #同理，也可以使用简写的范围表达式cut -d ' ' -f 1 filename.txt #设定空格为分割。
默认为tab分割，可直接用ffind [指定查找目录] [查找规则] [查找完后执行的action]find path -option [-print ] [ -exec -ok command ] {} \; #注意{} \之间的空格-print #将匹配的文件输出到标准输出#对匹配的文件执行该参数所给出的shell命令-ok #与-exec的作用相同，更安全的模式执行find . -name .svn | xargs rm -rf #只用find命令就可以实现，现在更好find ./ -name "[A-Z]*.txt"find . -name "[a-z][a-z][0–9][0–9].txt" #当前目录，两个小写字母两个数字开头的文件find /tmp -name wa* -type l #在/tmp下找wa开头且类型为符号链接的文件find . -type f -exec ls -l {} \; #查找完文件以后，执行了ls函数diff [options] file1 file2#检查两文件或目录的差别,用-代表标准输入 -a #将所有文件当作文本文件来处理。