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输出相关序列3784条 有待进一步筛选：限制物种来源( 输出相关序列3784条，有待进一步筛选：限制物种来源(小鼠 Mus musculus)、限制分子为mRNA (排除未经实验验证的预测 musculus) 限制分子为mRNA (排除未经实验验证的预测 序列) 序列)。
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蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(3) TrEMBL (translation of EMBL) 建立于1996年，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库。 建立于1996年，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库。 相似的还有GenPept GenBank) 相似的还有GenPept (GenBank)数据库。
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NM_148952： 小鼠E2F转录因子 NM_148952： 小鼠E2F转录因子-4。 转录因子-
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序列文件格式： 序列文件格式：FASTA 格式
GI号 号 登录号 名称 标题行
序列行
1. 2.
标题行：文件的第一行，以大于号“> 标题行：文件的第一行，以大于号“>”开始，不换行。内容可自 定义，包括基本信息和简单注释； 序列行：文件第二行起至结束，中间不得有空格。
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NCBI 数据库检索系统 Entrez
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Entrez 应用举例
检索主题：小鼠(mouse)转录因子 --E2F mRNA的核酸序列 转录因子(TF) 检索主题：小鼠(mouse)转录因子(TF) --E2F mRNA的核酸序列 检索过程：NCBI主页 Search对话框输入关键词 对话框输入关键词”E2F”， 检索过程：NCBI主页 All Databases 在Search对话框输入关键词”E2F”，
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核酸序列数据库
以核苷酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界三大核酸数据库
1. GenBank in USA ( ) 2. EMBL in Europe ( /embl ) 3. DDBJ in Japan ( http://www.ddbj.nig.ac.jp ) 1998年，GenBank, 1998年，GenBank, EMBL, DDBJ共同成立国际核酸序列数据库协会 DDBJ共同成立国际核酸序列数据库协会 (INSDC, )，实现了全球范围内的核酸序列的同步更 新和交换互享。
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NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网 Entrez为基于万维网 NCBI数据库检索 的NCBI数据库检索 系统， 系统，通过输入关 键词， 键词，运用布尔算 可在NCBI NCBI所有 符，可在NCBI所有 数据库中进行文本 搜索。 搜索。
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生物信息技术应用
分子序列比对分析
Sequence alignment
Contents
1 序列数据库 2 成对序列比对与 成对序列比对与BLAST工具 工具 3 多重序列比对与 多重序列比对与Clustal工具 工具 4 序列比对的应用
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1 序列数据库 基本类型： 基本类型： 初级数据库 收录、存储序列的基本数据资源，如核酸（蛋白质）序列、 收录、存储序列的基本数据资源，如核酸（蛋白质）序列、 蛋白质空间结构及基因组信息。 蛋白质空间结构及基因组信息。 次级数据库 在初级库资源基础上进行整理和标注， 在初级库资源基础上进行整理和标注，为特定专业领域服 务的派生数据库，如表达序列标记、微列阵（基因芯片）、 务的派生数据库，如表达序列标记、微列阵（基因芯片）、 代谢和信号途径、遗传疾病数据库、免疫数据库等等。 代谢和信号途径、遗传疾病数据库、免疫数据库等等。
Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
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GenBank
National Center for Biotechnology Information (NCBI) National Library of Medicine National Institutes of Health /
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蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(2) SwissProt 1986年始创于瑞士日内瓦大学 ，现由瑞士生物信息学研究所(SIB)和 1986年始创于瑞士日内瓦大学 ，现由瑞士生物信息学研究所(SIB)和 欧洲生物信息学研究所(EBI)共同管理和维护。 欧洲生物信息学研究所(EBI)共同管理和维护。 ( http://www.expasy.ch/sprot/ ) SwissProt数据库的特点：所有序列条目经过专家核实，可靠性与可 SwissProt数据库的特点：所有序列条目经过专家核实，可靠性与可 信度高；注释详细，包括蛋白质的功能、序列及结构域的结构、翻译后 修饰及其位点、突变体等
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最后命中168条 从中选中NM_148952，以待详细分析。 最后命中168条，从中选中NM_148952，以待详细分析。
直接进入序列文件，或点 直接进入序列文件，或点”reports”， ， 可选”Graphic”图形显示 可选 图形显示
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ห้องสมุดไป่ตู้
FASTA为最简单的序列（核酸或蛋白质）格式 FASTA为最简单的序列（核酸或蛋白质）格式
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序列文件格式： 序列文件格式： GenBank 格式
GenBank 格式注释信息丰富全面，属文本文件，包括4部分： 格式注释信息丰富全面，属文本文件，包括4 1. 头部：含名称、定义、识别码、物种来源等基本信息； 头部：含名称、定义、识别码、物种来源等基本信息； 2. 引文区：含相关文献信息。 引文区：含相关文献信息。 3. 序列特征表：含序列的编码区、非编码区、功能域、修饰或突变位 序列特征表：含序列的编码区、非编码区、功能域、修饰或突变位 点、翻译序列等众多注释信息 4. 序列区：序列本身 序列区：序列本身
TrEMBL、GenPept数据库的特点：序列条目来自核酸序列库的翻译， TrEMBL、GenPept数据库的特点：序列条目来自核酸序列库的翻译， 即时性强；但未经专家的注释、分析和核实，因而错误率和冗余度都较 高。
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蛋白质序列数据库
全球统一的蛋白质序列与功能数据库
UniProt (Universal Protein Resource, 通用蛋白质资源) 通用蛋白质资源) ( / ) 2002年，PIR、SIB、EBI合并了分属其下的PIR-PSD、Swiss-Prot和 2002年，PIR、SIB、EBI合并了分属其下的PIR-PSD、Swiss-Prot和 TrEMBL数据库，形成了统一的蛋白质数据库UniProt TrEMBL数据库，形成了统一的蛋白质数据库UniProt 截止2008年 月，UniProt共收录蛋白质序列 6,462,751个 截止2008年8月，UniProt共收录蛋白质序列 6,462,751个
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蛋白质序列数据库
以蛋白质氨基酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界主要蛋白质序列数据库
(1) PIR-PSD (Protein information resource-protein sequence database) PIRresourcefounded by NBRF of USA (美国国家医学研究基金会) in 1984 (美国国家医学研究基金会) ( / ) 1988年，日本国际蛋白质信息库(JIPID) 1988年，日本国际蛋白质信息库(JIPID)和德国慕尼黑蛋白质序列信 息中心(MIPS)加入PIR，合作成立了国际蛋白质信息中心（PIR息中心(MIPS)加入PIR，合作成立了国际蛋白质信息中心（PIRInternational）。PIR为较全面和权威注释的蛋白质数据库，具有非冗余、 International）。PIR为较全面和权威注释的蛋白质数据库，具有非冗余、 高质量注释和分类全面等特点。
头 区
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GenBank 格式
Locus 行信息： 行信息： 1. Locus name； name； 2. Sequence length; 3. Type of Molecule: DNA, mRNA, cDNA 4. Taxonomy：PRI – primate(灵长类) 、ROD – rodent(啮齿类)、 MAM Taxonomy： primate(灵长类) rodent(啮齿类) other mammalian (其它哺乳类)、VRT - other vertebrate(脊椎动物）、 (其它哺乳类) vertebrate(脊椎动物）、 INV – invertebrate sequences、PLN - plant, fungal, and algal; BCT sequences、 bacterial; VRL - viral, PHG - bacteriophage, SYN - synthetic; UNA bacteriophage, unannotated; unannotated; EST - expressed sequence tags … 5. Date: 上传或最近修改时间
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NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网的NCBI数据库检索系统， Entrez为基于万维网的NCBI数据库检索系统，通过输入关 为基于万维网的NCBI数据库检索系统 键词，运用布尔算符，可在NCBI NCBI所有数据库中进行文本搜 键词，运用布尔算符，可在NCBI所有数据库中进行文本搜 索。