检索语法
• 1.自然语言检索 （topics)
在检索栏中输入一个或多个检索词 (系统默认空格为AND 检索） 如：placenta growth oxygen
布尔逻辑运算式：AND OR NOT (运算符须大写） 如：common cold AND vitamin C 将检索出同时包含感冒和维生素C两个检索词的文献。
检索语法
• 自动扩展检索 系统自动对主题词、副主题词进行扩展检索 输入 “hypertension therapy（高血压治疗）
("hypertension"[MeSH Terms] OR "hypertension"[All Fields]) AND ("therapy"[Subheading] OR "therapy"[All Fields] OR "therapeutics"[MeSH Terms] OR "therapeutics"[All Fields])
检索语法
• 2.著者检索(authors)： 著者姓名,姓在前,名首字母在后 限定加字段符 如: genbacev o[AU] smith ab [AU]
检索语法
• 3.期刊检索(NLM Catlog)： 刊名输全称 new england journal of medicine Medline认可的标准缩写形式 如：clin exp immunol[so] 国际标准期刊号 如：1059-1524
▫ 来源于全世界70多个国家和地区的近5000种生物医学期刊， 这些期刊大都经美国卫生健康研究院的文献选择技术评估委 员会Literature Selection Technical Review Committee (LSTRC)评估挑选, 以及美国国立医学图书馆和数据协作采集 专家 （各专业协会）推荐。 ▫ 近年数据涉及37种语种，回溯至1950年的数据涉及60种语种。 数据库47%为美国本土出版的文献， 90%为英文文献，79% 的文献有著者撰写的英文文摘。（以上数据根据2007年11月 数据库提供）。
检索界面
检索结果
①
②
③ ④
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检索结果的处理
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• 检索策略保存 使用My NCBI，登录后保存检索策略
NCBI与Entrez
• NCBI凭借其雄厚的科技技术力量以及在生命技术 方面的巨大影响，创办了一个生物技术和生命科 学的优秀网站，建立了一系列的生物信息事实数 据库和文献数据库，并提供基于因特网的免费的 信息服务。 • Entrez是NCBI网站基于多种数据库的集成检索系 统，也是网上最大的免费检索生物医学资源的网 站。
Pubmed检索系统
• • • • • • • （一）概述 （二）主要数据收录 （三）基本检索 （四）高级检索 （五）PubMed其它检索服务 （六）结果处理 （七）获取原文及相关资源链接
（一）概述
• PubMed（）是由美国国立医学 图书馆（NLM）下属美国生物技术信息中心（NCBI） 研制的基于Web的文摘数据库，是NCBI整合检索系 统Entrez中数据库之一。 • 通过NCBI整合检索系统PubMed可以链接到分子生 物信息学数据库文件，获取核酸序列、蛋白质序 列； 从核酸序列翻译到蛋白质的序列；获取基因组和染色 体图谱；蛋白质三维结构等其他生物信息数据库信息。 • Pubmed是目前世界上使用最广泛的免费Medline检 索系统，它提供Medline、PreMedline等数据库的检 索。
检索语法 • 运算符
字段限定符：[] （教材86页） 例如：Stem[ti] AND neuroscience
截词符：”*”作为通配符进行截词检索。(教材89页) 例如：bacter* （系统会找到前一部分是bacter的单词， 如： bacteria、bacterium等） 强迫短语符：用双引号来强制系统进行短语检索。（教 材89页） 例如： “oxygen free radicals” （不再自动转换匹配和 扩 展检索）
学、健康专业所需要的化学、生物工艺学，基础研究和临床、护理、公共 卫生、卫生政策发展或者相关教育活动的内容。2000年起增加收录对生 物医学的实习者、研究员和教育家至关重要的专业内容，包括生物、环境 科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面 的研究内容。
（二）主要收录数据
• Medline文献来源
高级检索
• Search Builder：协助编写检索式 • Index：索引
• Search History：检索史
高级检索界面
限定(Limits)
检索限定：字段限制：著者、刊名、篇名、滤过 （filter原文收藏处）等 数据输入时间：默认检索可回溯到1950年，限制 选择30天-10年 文献类型限制 语种限制 子文档
Entrez检索平台
• Entrez是NCBI为广大生物研究人员提供的一个 基于文本的集成检索系统。通过该平台可检索到 NCBI提供的28个数据库，这些数据库包含文献 数据库、DNA和蛋白质序列数据库、三维蛋白质 结 构数据库、种群研究库、表达库、完全人类 基因组库、分类信息库。 • 其中，Pubmed属于文献数据库。文献数据库主 要收藏生物医学方面的期刊、图书等。
摘自上海交通大学-生命医药学科博客： /lam/article.asp?id=269
The end
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检索结果
使用Mesh检索

查找主题词
主题词
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款目词
树状词表
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检索结果
期刊数据库
• 通过输入刊名、缩写名、ISSN等,浏览期刊文献。 • 提供电子原文的超链键。
特定文献检索
• Single citation mathcer 输入题录信息，查找特定文献进行补缺。 刊名要准确，缩写要标准 著者姓名大小写不敏感 如：已知：第一著者是Challis DE，出处是 Pediatric Research；2000，47（3）：309-15， 要求写出其他合著者
Pubmed
南京医科大学图书馆
了解Pubmed • NIH、NLM、NCBI与Entrez
• NIH(National Institute of Health)：美国国立卫 生研究院 • NLM(Natioanl Library of Medicine)：美国国立 医学图书馆 • NCBI(National Center for Biotechnology Information，美国生物技术信息中心) • Entrez
PubMed特点
1.免费提供题录和文摘 2.提供与原文的网址链接(部分免费获取） 3.提供检索词自动转换匹配 4.操作简便、快捷
（二）主要收录数据
• Medline
美国国立医学图书馆创建的医学文献数据库
• 收录内容：
▫ 主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关领域的文献，包括行为科
检索语法
• 自动转换匹配检索词 （教材88页） 对常用医学名词进行自动在MeSH转换表 （教材26页）、 刊名转换表、短语表、著者索引及所有记录字段中转换匹 配。 如：renal failure （肾衰竭） 转换为 "renal insufficiency"[MeSH Terms] OR ("renal"[All Fields] AND "insufficiency"[All Fields]) OR "renal insufficiency"[All Fields] OR ("renal"[All Fields] AND "failure"[All Fields]) OR "renal failure"[All Fields]
• Medline数据题录标有[PubMed-indexed for Medline]
（二）主要收录数据
• In process数据
▫ 1996年8月开始，PubMed每天收录由Medline的期刊出 版商提供的尚未经规范处理的数据，该库中的记录只有 简单的书目信息和文摘。该库中的数据每周一次转入 Medline。当进入Medline时就会被标入Medline。当进 入Medline时就会被标引MeSH(数据库规范控制词表详 见MeSH Database内容)词、文献类型及其它数据。
Mesh主题词表
• 功能： 确定规范检索词 查看词义注释、树状结构表 副主题词、扩展、主要主题词 • 特点： 一般检索逻辑关系粗浅、修饰概念匹配不特定、 检索词涵盖不全面 规范检索逻辑关系紧密、修饰概念匹配特定、下 位词检索全面
示例
• 例：欲查肾衰竭（renal failure）饮食疗法(diet therapy) 的相关文献？
输入已知条件
快速得到结果
PMC（Pubmed Center）
• 生命科学期刊资源中心（教材105页） • 免费提供近200种期刊的10多万篇全文（不包括 PubMed动态免费全文）
My NCBI
• 个性化服务 • 定制医学信息传递
GoPubmed
• Gopubmed是一种Pubmed检索工具，是对于 Pubmed资源的另一种组合检索方式，它比 Pubmed的优点集中在于对于某一方面的研究我 们能够直观得知研究时间、研究者、地域、研究 过程、研究动态和各种信息之间的相关性