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PubMed数据库检索


PubMed基本检索
自由词检索时 PubMed自动 将不规范的词 转换成规范的 词进行检索
自动词汇转换
PubMed基本检索
逻辑与(AND) --检出记录中同时含有检索词A和检索词B. 如:A AND B
A B 布尔逻辑组合 检索,常用的 逻辑关系词有 AND,OR, NOT等
逻辑或(OR) --检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。 如:A OR B A B
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hypertension[mh] AND 1995/01:1996/12[DP] AND review[pt]
检索 1995 年 到 1996 年出 版的关于高血 压方面的综述 性文献
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强制检索功能
PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。
如:在PubMed主页的检索提问框中键入“single cell”,并用 双引号引起来。点击“GO”按钮,系统会将其作为一个不可分 割的词组在数据库的全部字段中进行检索。 如果不使用双引号进行强制检索,系统就会将其分成2个词: single和cell检索,其检索表达式为:single AND cell. 很明显这 样的检索结果是不符合要求的。
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"cell"[ta]
期刊的标准检 索,是在期刊 名后面加字段 限定[TA]. 比 如:"cell"[ta]
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期刊数据库在 PubMed首页 导航栏的右下 角部分
期刊数据库
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截词检索 截词检索的作用:扩大检索范围,提高查全率。 截词符:用*表示,代表多个字符,将*加在检索词后可以表 示对所有以该词开头的词进行检索。 如:bacter*,可以检出bacter,bacteria, bacteriophage , bacterium,等最多600个单词。
如果一个杂志名恰好是主题词或关键词,如:cancer, science,cell等,PubMed会首先将这些词转换成MeSH词表中的 主题词进行检索。因此,需要将检索请求进行标准化处理,即 在杂志名后面加[TA]。如:"cell"[ta]
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Eur J Immunol
期刊的一般检 索,是在检索 输入框中键入 期刊名或期刊 的ISSN号
PubMed 数据库检索 石金
PubMed 数据库检索
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PubMed及NCBI相关数据库 认识PubMed PubMed检索方法 PubMed定题推送服务
PubMed 及相关数据库
• NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物 技术信息中心)
逻辑非(NOT) --在含检索词A的记录中,去掉含检索词B的索
作者姓名检索 按照姓+名缩写(不用标点)的格式键入作者姓名,如: smith ja或jones k, 系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一 个字母可用大写也可用小写,姓前名后,姓用全称,名字一般用 缩写。 考虑到作者姓名的不同形式,PubMed采用自动转换功能进 行作者姓名检索,如:smith j将检索成smith ja, smith jb, smith jr 等。 精确检索:可以用双引号将作者名引起来,再加作者字段 限定[AU],如:"smith j"[au],这样可避免PubMed自动转换,实 现精确查找。
PubMed基本检索 PubMed高级检索 PubMed主题检索 临床查询检索
PubMed 基本检索
• 在检索框中键入一个或多个英文单词(大写或小写均可),点击GO按钮, PubMed系统会自动在主题词表,期刊名表,短语表及作者索引中查询 与输入的词相匹配的形式,这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。
• 提供生物医学的分析与计算工具,协助研究人员了解生物的语言--DNA在健 康与疾病中所扮演的角色 • 发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程, 包括建立储 存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统;促进研究与医学社群使 用数据库与软件;协调生物技术信息的传递与管理;执行以计算机为基础的 进阶信息分析过程,用以分析生物重要分子的结构与功能。
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bacter*[TI]
截词检索可以 扩大检索范围 提高查全率。
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字段限制检索 采用字段限制方式进行检索,其规则是: 检索词1[字段标识] 逻辑运算符 检索词2[字段标识] 如:查找作者为crick在1993年发表的有关DNA方面的文献. DNA[mh] AND crick[au] AND 1993[dp]
/pubmed
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结果筛选
Summary
检索提示
作者AU 篇名TI 出处SO
文献类型(状态)
显示摘要
排序模式 显示数量
调整显示设置 可改变显示模 式,显示数量 及检索结果排 序
文献篇名 文献作者
作者地址
文献摘要
全文链接
在摘要显示模 式下可以看到 详细的文献信 息
英文文献
非英文的文献 篇名上有中括 号[ ]且注明 有语种
[ 篇名 ] 土耳其语 英文文献
电子优先
电子优先即最 新文献,一般 比印刷出版提 前三个月以上
2009年5月
2008年9月
PubMed 检索方法
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字段限制检索 其规则是:检 索词+[字段 标识]
DNA[mh] AND crick[au] AND 1993[dp]
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常用检索字段描述和标识 Title[ti]:篇名字段 Abstract[ab]:摘要字段 Affiliation [ad]:著者地址字段。 Author name[au]:文章的作者,检索格式:姓+名。如:"smith ja"[au] Journal title[ta]:期刊名称。如:cell[ta] Language[la]:论文出版语种。语种检索时可只输入前3个字母, 如:chi[la]=chinese[la];English[lang]=eng[la] 比如:检索文章题目中含有高血压的中文文献 检索式:hypertension[ti] AND chi[la]
• 例如:检索肿瘤 (cancer)方面的文章。 • 在检索框中输入:“cancer”,再点击“Go”按钮。 PubMed将自动 地利用它的“自动词汇匹配”功能将重要的词语结合在一起,并将不规范 的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索,比如,检索“cancer” 将自动转换为:"neoplasms"[MeSH Terms] OR "neoplasms"[All Fields] OR "cancer"[All Fields]
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hypertension[ti] AND chi[la]
检索文章题目 中含有高血压 的中文文献
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常用检索字段描述和标识 Publication date[dp]: 出版日期。 日期检索的形式为:YYYY/MM/DD[DP] 检索一段时期内的文章,日期之间可以加冒号,如: 1993/01:1995/06[DP] Publication type[pt]: 出版类型。有综述,新闻,传记,临床试验等。 如:review[pt] MeSH terms[mh]:主题词字段。如:hypertension[mh] Subheadings[sh]: 副主题词。与主题词组配检索. 比如:检索1995年到1996年出版的关于高血压方面的综述性文献 hypertension[mh] AND 1995/01:1996/12[DP] AND review[pt]
可检索的数据库
• Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM),人类遗传疾病相关文献数据库 • PopSet,族群演化分析相关研究资料 • Protein sequence database,蛋白质序列数据库(包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数 据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料) • PubChem BioAssay,化学成分之生物活性筛选资料 • PubChem Compound,小分子化学物质结构 • PubChem Substance,具生物活性之化学物质筛选数据 • PubMed,科学文献报导数据库 • PubMed Central,科学文献数字全文数据库 • Site Search,可搜寻NCBI的网页与FTP • SNP,单点核酸多样性数据库(dbSNP) • Structure,分子模型数据(MMDB) • Taxonomy,以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 • UniGene,人类unique基因序列数据库 • UniSTS,unique序列卷标地址数据库
可检索的数据库
• Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库 • Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据 • Conserved Domain Database(CDD),蛋白质功能区块保留序列数据库 • 3D Domains,蛋白质功能区块立体结构数据 • Gene,包含许多物种的基因数据库 • Genome,包含超过800种物种的基因组数据库 • GENSAT,小鼠中枢神经系统基因表现图谱 • GEO Datasets,基因表现实验与生物芯片数值结果数据 • GEO Profiles,基因表现图谱 • HomoloGene,同源基因批注数据库 • Journals,期刊文献(包含PubMed) • MeSH,医学主题词数据库 • NCBI Web Site,所有NCBI网页 • NLM Catalog,美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录 • Nucleotide sequence database,核酸序列数据库(包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列 数据库)
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