引物查询方法
一共有两种查询引物的方法,包括primerbank和primer3,当我
们查到引物时,我们需要用Pubmed来验证。
详细说明见下文。
1.Primerbank
用引物银行查询引物时,我们只需要输入引物的名称,种属
网址:
1.将search by 修改为
keyword
2.将species修改为您
所需要的种属,如
mouse
3.输入您所需查的基因
的名字,如atg5
4.点击submit
您将得到所需查的基因的引物
的结果
点击这里,您将看到引物在编码
序列中的位置
点击这里绿色的部分,您可
以看到这个引物的Qpcr的
结果
2.primer 3
使用这个工具之前您需要在Pubmed中查到您的目的基因的序列,然后黏贴到
primer3中,软件便会自动设计引物。
Pumed的使用方法如下:
网址:
修改为nucleotide
输入您的目
的基因,如
atg7
最后单击search 点击这里选种属
筛选符合您需求的,我们
是自噬相关的atg7,因此
选这个
点击fasta选项
这就是您所要的序列,
复制
Primer3
网址:打开primer3的网址
修改为None
黏贴如在pubmed中查到
的基因序列
选中pick left和pick right
修改为您所需产物的大小
范围
点击这个选项
这就是结果的页面
这个是软件默认的最
好的引物,下面还有其
他引物
完成引物的设计后,我们可以用pubmedblast来验证引物
Blast
网址:
输入网址会显示以下页面,按照以下步骤便可验证
下拉页面,您将看到软件
对您的基因锁设计的全部
引物
.输入网址后选择网页下面的这个
地方,primer blast
输入查得的上下游引物的序
列
修改您所期望得到的扩增产物
的大小,如qpcr 一般在200以
内
修改种属
最后点击页面最下的此选项
点击这个紫色的,这是引物的一
个编号,您会看到详细的介绍
大概就是这样,不足之处还望大家给予建议和谅解。