第二章核酸化学2-讲义
(一)DNA的二级 结构
1953年,J. Watson和 F. Crick 在前人研究工 作的基础上,根据DNA 结晶的X-衍射图谱和分 子模型,提出了著名的 DNA双螺旋结构模型, 并对模型的生物学意义 作出了科学的解释和预 测。
腺嘌D呤NA的二级胸结腺嘧构啶(双螺旋)
1.DNA碱基互补原则
减色效应(低色效应) —— 复性时紫外吸收减少
用Cot1/2表示复性的速度
Co:代表DNA的原始浓度 t:复性时间 Cot1/2复性一半所需时间与DNA浓度的乘
积 单位:mol s/L
提问:为什么核酸有紫外吸光性? 答案:碱基含有共轭双键,最大吸收波长260nm 提问:什么是DNA的变性? 答案:DNA双螺旋二级结构的破坏 提问:变性因素有哪些? 变性因素:高温(一般>75℃)、强氧化剂、
机理:双链间氢键断开,成为两条单链
(3)增色效应
完全变性后核酸紫外吸收值增加: 天然DNA 25-40%、RNA 约1.1% ——这种由于变性或降解引起紫外吸收
增加的现象称为增色效应. 实质:碱基暴露
RNA变性:从螺旋到线团之间的转变
RNA的变性引起的性质变化没有DNA明显
DNA变性
(4)DNA热变性的特征
答案:压缩分子空间
(二)原核生物以及真核生物细胞器环状 DNA的超螺旋三级结构
染色 体
质粒
叶绿体中 含有环状 DNA
细菌等原核生物
线粒体中含 有环状DNA
环状 DNA
右旋
反之,则为正超螺旋 自然界通常为负超螺旋。
负超螺旋
固定 (右手拓扑结构)
第四节 核酸及核苷酸的性质
一、核酸的溶解性
RNA和DNA 均微溶于水, 不溶于一般的有机溶剂
强酸、碱、尿素等; 变性机理是什么? 机理:双链间氢键断开,成为两条单链;
提问:什么是核酸的复性?
答案:一定条件下,去除变性因素后,核酸恢复二级结构及 生物活性的现象。
缓
慢
冷
高温变性
却
热复性
急
速
冷
却
复性失败
五、核酸的降解
化学降解(酸/碱水解)和酶解 作用于磷酸二酯键和糖苷键 DNA/RNA对酸/碱耐受程度有差别
二、核酸的两性性质及等电点
核酸分子中含有酸性基团(磷酸基)和碱性基团 (氨基),也具有两性性质。
DNA等电点为4~4.5; RNA等电点为2~2.5
三、核酸的紫外吸收性质
碱基含有共轭双键 独特的紫外吸收光谱:
最大吸收峰260nm左右 ——核酸及其组份定性
和定量测定的依据。
四、核酸的变性、复性
其他组合易相互排斥 例 如 G:T
胞嘧啶
鸟嘌呤
*因 此 , DNA 的 双 股 系 藉 着 A:T 和 G : C的 配 对 关 系互相结合。
2. Chargaff定则/碱基等比定律: 嘌呤总数等于嘧啶总数 A+G=C+T; 6位上含氨基的碱基= 6位上含羰基的碱基;
A+C=G+T 腺嘌呤和胸腺嘧啶的摩尔数相同 A=T, 胞嘧啶和鸟嘌呤的摩尔数相同 C=G DNA分子的碱基组成具有种属特异性,而不具 有组织器DNA分子上核苷酸的排列顺序
浏览书上关于基因(组)的概念
(二)DNA的二级结构(高级结构)
1. DNA的碱基组成:
具有生物种的特异性: 不同物种DNA有其独特的碱基组成; 同一物种不同组织/器官/DNA碱基组成一样, 不受生长发育、营养状况及环境条件的影响。
A对T,GC连,配对时, 靠氢键, AT2,GC3, 十碱基,转一圈,螺距 34点中间。
碱基力和氢键,维持螺 旋结构坚。
(AT2,GC3是指之间二个氢 键GC间三个.螺距34点中间即 3.4)
其他类型的DNA双螺旋
在真/原核细胞皆有 证据显示短的Z型 DNA 存 在 。
Z 型 DNA左旋、细长
1、变性(denaturation)
(1)变性的实质 某些理化因素破坏了氢键和碱基堆积力, 使核酸分子高级结构改变、理化性质及 生物活性发生改变。 不涉及磷酸二酯键断裂,一级结构不变
降解:核苷酸骨架上3’,5 ’-磷酸二酯键的断裂
(2)变性因素
高温(一般>75℃)— 热变性 强酸、碱 — 酸碱变性 强氧化剂 尿素(PAGE中DNA )
不易用稀电解质保存DNA
核酸的复性(renaturation)
变性DNA在适当的条件下,两条彼此分开的 单链重新缔合成双链——复性。
复性的程度、速率与复性条件有关: 热变性DNA骤然冷却(淬火)不能复性 将变性DNA缓慢冷却(退火)可以复性
DNA复性
分子量越大复性越难; 浓度越大,复性越容易; DNA复性也与它本身组成和结构有关 (有很多重复序列DNA,复性也快)。
变性过程是“跃变式”的,而非渐变,是一 种协同的过程。
Tm
引起DNA变性的温度称为熔点——Tm
指增色效应达50%时的温度 DNA变性一半所需的温度
一般DNA Tm 值在85 - 90 C之间。
Tm值大小与下列因素有关:
(1)DNA的均一性:越均一Tm的范围愈小 (2)G-C含量:越多Tm越高
经验公式: XG+C=(Tm-69.3)×2.44 (3)介质中的离子强度:愈高Tm愈高
3.二级结构—B型双螺旋结构
5`
3`
1.反向,平行,右手螺旋,
大沟,小沟 2.链间碱基配对相连
小沟
3.每10个碱基对上升一周
4.疏水碱基位于内部
5.相邻碱基平面互相平行, 垂直于螺旋轴
大沟
3`
5`
大 部 分 DNA 所 具 有 的 双 螺 旋 结 构 , 亦 称 为B型
DNA,双螺旋,正反向, 互补链。
1、碱水解
0.3 M NaOH溶液中: • RNA磷酸酯键被水解生成2’/3’ -核苷酸 •DNA则不受影响 无2’-OH不形成碱水解中间产物
2、酸水解
糖苷键比磷酸酯键更易被酸水解; 嘌呤碱比嘧啶碱的糖苷键对酸更不稳定; 对酸最不稳定的:嘌呤与脱氧核糖间糖苷键
双螺旋结构的稳定因素
提问:起稳定作用的有哪些力呢?
答案:疏水作用力(碱基堆积力) 氢键 范德华力
三、 DNA的三级结构
(一)真核细胞染色体的DNA念珠状三级结构
DNA的存在形式
人体每个体细胞DNA长2m,细胞直 径0.1mm,细胞核0.05mm
提问:DNA形成 三级结构及染色 体的意义何在?