肠道菌群是肠道中存在的所有微生物的总称，包括细菌、病毒、噬菌体等多种生物，其中细菌是最具代表性的成分。人体肠道内寄居着大量细菌，它们按一定的比例组合，各菌间互相制约、互相依存，形成一种生态平衡。肠道菌群约有100余种菌属，400余菌种，主要以厌氧和兼性厌氧菌为主，需氧菌较少。这些细菌中，有对人体有益的生理性细菌，如双歧杆菌等，它们与宿主共生，是肠道的优势菌群；也有条件致病菌，如肠球菌、肠杆菌等，它们在特定条件下可能引发疾病；还有病原菌，如变形杆菌等，它们大多为过路菌，数量少时不会致病，但数量超出正常水平时可能引发疾病。肠道菌群在人体中发挥着重要的高免疫力等。此外，肠道菌群还参与到糖尿病、肥胖等疾病的代谢过程中，通过代谢产物和生理功能影响人体健康。