【精品】溶菌酶的作用机制
起初, Fleming对这种有杀死细菌活性的 物质的实验不过是出于一种兴趣。但在目 睹了一战中大量的士兵死于外伤感染之后, Fleming开始试图倾其毕生来寻找一种能够 有效杀死细菌,同时又能对人类保持相对 的无毒性的药剂。不象Fleming在1928年发 现的青霉素(penicillin),溶菌酶不能证 明有临床价值。但是在酶机制的研究学习 方面,溶菌酶扮演了一个很重要的角色。
溶菌酶是一种葡糖苷酶,能催化水解NAM 的C1和NAG的C4之间的糖苷键,但不能水 解NAG C1和NAM C4之间的β(1-4)糖苷
键。几丁质是甲壳类动物甲壳中所含的多 糖,仅由NAG残基通过β(1-4)糖苷键连 接而成,几丁质也是溶菌酶的底物。
溶菌酶的内部几乎全部是非极性的 (nonpolar) 。疏水的相互作用在溶菌 酶的折叠构象中起重要作用。在溶菌酶 分子的表面,有一个比较深的裂缝,其 大小恰好能容纳多糖底物的6个单糖, 这是溶菌酶的活性部位。
一侧。
这两个酸性侧链具有明显不同的微 环境。Asp52是在一个明显的极性 环境中,在那里它在一个复杂的氢
键网络中起着氢键受体的作用。相 反,Glu35位于非极性区。这样, 在pH5下,这是溶菌酶水解几丁质 的 最 适 pH , 即 溶 菌 酶 活 性 最 大 。 Asp52侧链羧基为解离的COO-形式, 而 Glu35 则 为 质 子 化 未 电 离 的 COOH形式。侧链基团的氧原子与 这个糖苷键的距离大约是0.3nm。
在结合底物时,酶迫使底物采取了接近
于过渡态的构象。
随着DNA技术的新技术的发展,使以前 被分解的基因的任何多肽的中间缺失、 添加或替换成为了可能。通过定点诱变 技术的使用,DNA的核苷酸序列可以特 殊地变更以至多肽的氨基酸可以被任何 调查者选择的氨基酸代替。蛋白质中的 任何氨基酸可以被替代,并且调查者能 确定所有蛋白质分子产生的持续的变更。
最早把定点诱变使用到溶菌酶研究的 在1989年被发表。在论文中,Asp52 和Glu35都被作为对象研究,研究是 测试那些氨基酸残余被代替的突变蛋 白质的活性。像先前研究的预期结果 一样,这些突变蛋白质只有很少甚至 没有催化活性。
Phillips根据晶体学研究提出的底物结 合方式和催化作用机制,曾在各种化 学实验中受到检验。所有实验结果都 支持这个晶体学假设。
多糖恰好具有NAM-NAG键,所以水解部位 只能发生在D-E之间。
用X射线晶体结构分析法研究了竞争性抑制 剂(NAG)3仅仅占据了大约半个裂缝。从 活性部位的几何大小看出酶的最小底物应 该是(NAG)6。实验中用(NAG)6为底 物,确实能被酶迅速水解。酶活性部位刚 好能容纳一个六糖分子,A、B、C、D、E、 F表示6个糖残基的位置,只是第4个糖残基 D环因空间的原因必须由正常的椅式变形为 能量较高的半椅式或“沙发”构造。因此
在1965年,David Phillips和他在牛 津的同事以0.2nm分辨率的X射线 晶体(X-ray crystallography)结
构分析法阐明了溶菌酶的三维结 构(tertiary structure)。
溶菌酶是从鸡蛋清中提炼的,蛋清里的
溶菌酶可以保护胚胎在发育过程中免受 细菌的感染。溶菌酶溶解细菌是通过水 解细菌细胞壁多糖(the polysaccharide of the bacterial cell wall)的糖苷键 (glycosidic bonds)。
对多种传染性疾病的 治疗作用,荣获1945 年诺贝尔生理学或医 学奖。
1922年的一天,正在感冒的英国细菌学家 Alexander Fleming发现,把一些鼻粘液加入 细菌的培养基后会引起细胞的溶解。而这种
存在于鼻粘液中的能杀死细菌的重要物质被 认为是一种酶, Fleming命名其为溶菌酶 ( Lysozyme )。
糖苷键的稳定性减低,键就容易从这里断
裂。
进一步的问题是酶的催化 作用,究竟键是在糖苷键 原子的哪一侧被裂解的?
回答这个问题可以在H218O溶液中酶促水 解底物(NAG)6,发现只有D糖C1上含 有18O,而E糖的C4羟基只含普通的O, 由此可知这个键断裂在D糖基的C1和E残 基的糖苷键的O之间。分析D-E键周围的 微 环 境 , 最 活 泼 的 基 团 显 然 是 Asp52 和 Glu35 , 它 们 分 别 位 于 糖 苷 键 两 侧 。 Asp52位于糖苷键的一侧,而Glu35在另
(BN-CA糖G苷)键3是均溶不菌可酶能的是竞被争水抑解制的剂键,。因C此环A-的B, 空间对NAM来说体积太大,只能是NAG。 C-D 也 不 可 能 成 为 裂 解 的 部 位 , 而 NAM 不 能适合到部位C中,进一步排除了另外一个 裂解部位:E-F键。胞壁多糖是一个NAM和 NAG交替的高聚物,从而NAM不能占据部 位C时也就不能占据部位E。细菌的细胞壁
上述的催化机制中,关键要素为:
(1) 广义的酸催化,Glu35以酸的 形式提供质子,他的糖苷键氧原子的距 离为0.3nm,正式合适的作用距离。
(2) 正碳离子中间产物的形成与稳
定,一方面由于Asp52带有负电荷的羧 酸基通过静电相互作用稳定D环中C1的 正电荷;另一方面由于D环的形变,由 椅式构象变为半椅式,使D环上C1、C2、 C5和O都在一个平面上,氧原子的负电 性可以使正碳离子稳定。因此可以说,
底AG寡聚体作底物测定被溶 菌酶水解的相对速率,结果发现,少于4个 糖的寡聚体水解速率甚小,当由四聚体增 加到五聚体时,水解速率猛增500倍,五聚 体增加到六聚体,速率增加近8倍,六聚体 增加到八聚体,速率不再变化。这种情况 与X射线晶体结构分析结果一致,活性部位 所在的裂缝(cleft)正好被6个糖残基所装 满。
Phillips等人根据上述研究资料提出溶 菌酶的催化作用机制,要点如下:
(1) Glu35的—COOH提供一个H+ 到D环和E环间的糖苷键O原子上。H+ 的转移使D环的C1键与糖苷键O原子 间的键断开,并形成正C离子过渡态 中间产物。
(2) 含有E及F残基的NAG二聚体离开 酶分子。
(3) 正碳离子中间产物进一步与来自 溶剂的OH-发生反应。Glu35质子化,由 A、B、C和D残基组成的NAG四聚体通 过扩散离开酶分子,然后溶菌酶为新一 轮催化过程做好了准备。
我们可以下结论的是三十多年 前Phillips所提出的反应过程是 经得起时间的考验。
谢谢!
r$u(x+A2E5H8KcNfRiUlXp#s% v) y0C 3F6IaLdOgSjVnYq!t*w-z1D4G8JbM eQhT kWoZr% u( x+B2E5H9KcNfRi U mXp#s&v) y0C3F7IaLdPgSjVnYq$t* w-A1D4G8J bNeQhTl WoZr %u( y+ B2E6H 9KcOfRjU mXp!s&v)z 0C4F7IaMdPgSkVnYq$t* x- A1D5G8JbNeQiTl Wo#r%u( y+B3E6H9LcOfRjU mYp!s&w)z0C4F7JaM dPhSkVnZq$u* x-A2D 5G8KbNfQiTl Xo#r% v( y+B3E6I9Lc OgRjU mYp!t&w)z1C4F7JaM ePhSkWnZq$u* x+A2D5H8KbNfQi UlXo#s % v( y0B3F6I9LdOgRjVmYq!t&w-z1C4G7JbMePhT kWnZ r$u* x+ A2E5H 8KcNfQiUlXp#s% v) y0B3F6IaLdOgSjVmYq!t*wz1D4G7JbMeQhTkWoZ r$u( x+ B2E5H 9KcNfRiU mXp#s&v) y0C3F6IaLdPgSjVnYq!t*w-A1D4G8JbMeQhTl WoZr%u( x+B2E6H9KcOfRiU mXp!s&v)z0C3F 7IaMdPgSkVnYq$t*x-A1D5G8JbNeQiTl Wo#r%u( y+B2E6H9Lc OfRjU mXp!s&w)z0C 4F7IaM dPhSkVnZq$t* x-A2D 5G8KbNeQiTl Xo#r% v( y+B3E6I9Lc OgRjU mYp!t&w)z1C 4F7JaMdPhSkWnZq$u* x-A2D5H8KbNfQi TlXo#s z0C4F7IaMdPhSkVnZq$t*x- A2D5G8KbNeQiTlXo#r% v( y+B3E6I9LcOgRjU mYp!s&w) z1C4F 7JaMdPhSkWnZq$u* x-A2D 5H8KbNfQiTlXo#s% v( y0B3E6I9LdOgRjVmYp!t&wz1C4G7JaMePhTkWnZ r$u* x+ A2D5H 8KcNfQiUlXo#s% v) y0B3F6I9LdOgSjVmYq!t&w-z 1D4G7JbMePhT kWoZr$u( x+A2E5H9KcNfRiUlXp#s&v) y0C3F6IaLdOgSjVnYq!t*w-z 1D4G8JbMeQhT kWoZr%u( x+B2E5H9Kc OfRiU mXp#s&v)z0C3F7IaLdPgSkVnYq$t* w-A1D5G8JbN eQhTl Wo#r% u( y+B2E6H9KcOfRj U mXp!s&v)z0C4F7IaMdPgSkVnZq$t* x-A1D5G8KbNeQi Tl Wo#r % v( y+ B3E6H 9LcOgRnYq$t* w-A1D 4G8JbNeQhTl WoZr %u( y+B2E6H9KcOfRj U mXp!s&v)z0C4F7IaMdPgSkVnZq$t* xA1D5G8KbNeQiTlWo#r% v( y+ B3E6H 9LcOgRjU mYp!s&w) z0C4F7JaMdPhSkVnZq$u*x-A2D5G8KbNfQiTlX