Pymol作图的实例
这是一个只是用鼠标操作的初步教程
Pdb文件3ODU.pdb
打开文件
pymol右侧
All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象
按钮A:代表对这个对象的各种action，
S：显示这个对象的某种样式，
H：隐藏某种样式，
L：显示某种label，
C：显示的颜色
下面是操作过程：
点击all中的H，选择everything，隐藏所有
点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质
点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择
点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体
点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选
择rename selection，窗口中出现，更改sele
为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调
整窗口使此分子清楚显示。

寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键：
IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in
object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择
red red，把氢键显示为红色。

接着再显示跟IDT形成氢键的残基
点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。

注意此时selecting要是
residures。

选择的时候要细心。

取消选择可以再次点击已选择的残基。

使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。

点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键
，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。

在all 行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。

点击w行s 选择nb-spheres.
到目前为止已经差不多了
下面是一些细节的调整
残基名称位置的调整：点击右下角是3-button viewing
转变为3-button viewing editing，这样就可以编辑修改
pdb文件了，咱们修改的是label的位置。

按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。

然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，file>>save image as>>png
这样的图片勉强能用，为了得到更高质量和更漂亮得图片在作如下处理
Setting >> cartoon>>highlight color
Setting >> cartoon>>fancy helix
Setting >> transperency>>cartoon>>50% 调节透明度
Setting >>label>>size 可以调节label字体大小
Display>>background color>>white 背景设置为白色
此时窗口中的图像应该不怎么好看，点击右上角的ray
，等待一会，完成后就发现图片好多了，这时千万不要再在图片上点击了，赶快保存图片。

最后再介绍几个命令，还是命令更厉害
set label_size,28 设置字体大小
在最后一步ray的时候，可以输入命令ray，要得到其他分辨率的图片可以打命令ray x,y
如ray 2000,1400就生成2000*1400分辨率的图片。

打包的文件包括3ODU.pdb 3ODU.pse 1.png 2.png打开pse文件可以直接看到制作完成时的样子
飞毛腿2011-4-18 六年级上册语文第一次月考（三）
一、看拼音，写词语。

（5分）
xiǎo xiàng（）里传出了yōu yáng（）的琴声，是谁在为路人yǎn z òu（）？连那qí n miǎn（）的蚂蚁也停下了奔忙的脚步。

二、给带点的字选择正确的读音画上“”线。

（3分）
唱和．（héhè）吟诵．（yǒng sòng）刚劲．（jìn jìng）
哈．达（hāhǎ）要挟．（xiá xié）沮丧．（sāng sàng）
三、写出同音字，把词语补充完整。

（4分）
mì静（）奥（）蜂（）（）集
yùn 音（）（）含（）船（）育
四、请你为“肖”字加上偏旁，组成新的字填在空格里。

（3分）
陡（）的悬崖胜利的（）息俊（）的奶娘
（）好的铅笔弥漫的（）烟畅（）的商品
五、用“和”字组词并填空。

（2分）
中国经济发展需要良好的外部环境，只有国际（），国内（），两岸和解，才能实现中国的和平崛起。

六、把下面的成语补充完整。

（3分）
（）崖峭壁行色（）（）（）（）讥笑
（）（）安席（）（）望重可见一（）
七、“俏丽、斑斓、粗壮、优美”是《草虫的村落》中的词语，请让它们走进新的语境。

（4分）
（）的大树旁，有一片色彩（）的野花，蝴蝶穿着（）的彩衣来了，高兴得在花丛中跳起了（）的舞蹈。

八、在括号里填上带点词语的反义词。

（3分）
1、我对母亲的怀念之情竟越发增强
．．，丝毫没有因为岁月的流逝而（）。

2、天空逐渐暗下来，原来清晰
．．的景物，一下子都变得（）。

3、京张铁路的提前竣工，极大地鼓舞
．．了中国人民的士气，给藐视中国人帝国主义者一个沉重的（）。

九、按要求写句子。

（7分）
1、我就不相信，这些小精灵会不爱我们祖国的海岛，会不愿在这里安居乐业。

改为肯定句：
2、它们的村子散布在林边缘的小丘上。

缩句：
3、我随手把生日礼物郑重地交给妈妈。

修改病句：
4、根据《詹天佑》课文内容用“虽然……但是……”说一句话：
5、有些战士灰心了，撅着嘴巴，说：“西瓜嫌我们的岛艰苦，不愿在这里安家。

”
改为第三人称转述：
6、仿写句子。

（2分）
你好，清凉的山泉！你捧出一面明镜，是要我重新梳妆吗？
十、学以致用。

（4分）
1、我捡起一朵落花，拾起一片落叶，我看到了它们蕴含的生命的奥秘，这时不禁想起龚
自珍的诗
句：。

2、秋天来了，树叶一片片往下落，唯有野菊花在山中开得正欢，难怪元稹用
“
”来表达自己对它的喜爱之情。

3、母爱是世界上最伟大的爱，做儿女的怎么能够报答得了母亲的爱呢？这使我们想起了
诗
句：。

4、关于爱国的名言，我记住了邓小平爷爷的一句
话：。

十一、回想课文内容填空。

（11分）
1、《草虫的村落》一文中的“游侠”指，村落
指。

（2分）
2、“彩色的翅膀”借指蝴蝶等小昆虫，也象
征。

（1分）
3、《山中访友》：山中的古桥、、等朋友给了“我”好心情，好记忆。

4、詹天佑是我国杰出的爱国工程师。

课文
从、、三个方面叙述詹天佑主持修筑京张铁路的过程，他根据居庸关、八达岭不同的山势创造性地设计
了、两种施工方法。

作为一名中华少年，我想对詹天佑说：。

（6分）
十二、选择题。

（5分）
1、下列说法错误的一项是（）。

A、“望”按部首查字法，应查部首“王”部，在“德高望重”中的理解为“名望”。

B、“水”字应按“先中间后两边”的笔顺规则写。

C、“亚”和“凸”两个字笔画数都相同。

D、“甲”按音序查字法，应查音序“J”，“花甲”指六十岁。