多数具鞭毛
隐藻为单细胞，细胞长椭圆形或卵形。
隐藻的光合作用色素有叶绿素a、c，β-胡萝卜素等。还有藻胆素。色素体1－2个、大形叶状。隐藻的颜色变化较大。多为黄绿色，黄褐色，也有蓝绿色、绿色或红色的。
贮藏物为淀粉和油滴
隐藻的生殖多为细胞纵分裂，不具鞭毛的种类产生游动孢子，有些种类产生厚壁的休眠孢子
有的具口沟
硅藻门
富含硅质，上排有整齐的花纹。外层为硅质内层为果胶质，细胞壁无色透明。底栖种类的细胞壁较厚，浮游种类较薄。
硅藻的细胞核一个,常位于细胞中央，在液泡很大的细胞中，常被挤到一侧。用甲基蓝或尼罗蓝稀溶液染色，可见到细胞核。
无
多单细胞、丝状体、群体（放射状、带状、链状）
含有叶绿素a、c、c2和α、β、ε胡萝卜素及硅甲藻素、硅黄素、岩藻黄素，色素体呈黄绿色或黄褐色，形状有粒状、片状、叶状、分枝状或星状等
1个
多数2条少数1或3条
色素除叶绿素a、c、b-胡萝卜素和叶黄素等以外，还有副色素，这些副色素总称金藻素。金藻的色素体仅一个或二个，片状，侧生。
同化产物为白糖素及脂肪
贮存物质为白糖素和油滴。白糖素呈光亮而不透明的球体，称白糖体，常位于细胞后部。
运动的单细胞，常以细胞纵分裂增加新个体群体种类则以细胞断裂或以细胞从群体中脱离而发育成一个新群体，不能运动的种类则产生金藻门特有的内生孢子
甲藻门
1.纵裂甲藻：细胞壁由左右两片组成无纵沟和横沟
2.横裂甲藻：细胞壁裸露或具纤维素细胞壁或细胞壁由许多小板片组成，板片有时具角刺或乳头状突起
细胞核大而明显，有念珠状色质线，有核仁和核内体
多数有2条不等长，排列不相称的鞭毛，极少数无鞭毛作变形虫状运动或不能运动
色素除叶绿素a、c、b-胡萝卜素和四种叶黄素（环甲藻素、新甲藻素、甲藻黄素，前三种为甲藻门独有的色素）此外还有棕红色的甲藻素、暗红色的多甲藻素，还有黄绿色的绿色素、墨角藻黄素。甲藻色素体常呈黄绿色、黄褐色、红褐色。纵裂甲藻的色素体少常呈片状，横裂甲藻的色素体小而多，常呈盘状
黄藻门
黄藻细胞大多数都具有细胞壁。单细胞和群体的个体细胞壁是两个“凵”形半片套合组成的，丝状体的细胞壁是两个“H”形的半片套合而成。化学成分主要是果胶质，有些种的细胞壁内沉积有二氧化硅。只有无隔藻属和黄丝藻属的细胞壁是由纤维素组成。最简单的黄藻是无壁的
细胞核很小，多数单核，也有多核的
运动的营养型细胞核生殖细胞具有2条不等的长鞭毛为短鞭毛的4—6倍，长鞭毛上有发达的侧生细毛
同化产物主要是油滴，显微镜下观察，油点常呈小球状，光亮透明
营养繁殖
复大孢子
小孢子
休眠孢子
细胞壁的构造像一个盒子，套在外面的较大为上壳，套在里面的较小为下壳
金藻门
多数金藻为裸露的运动个体，无细胞壁。有些种类在表质上具有硅质化鳞片，小刺或囊壳。有些种类含有许多硅质、钙质，有的硅质可特化成类似骨骼的构造。
藻类各个门的特征比较
细胞壁
细胞核
鞭毛
体制
色素和色素体
贮存物质和同化产物
生殖
特点
蓝藻门
由外层果胶质内层纤维质组成，以果胶质为主，在细胞壁上还含有黏质缩氨肽，这是蓝藻区别其它藻类的一个特征
在原生质体的中央区含有相当于细胞核的物质即核质，没有典型的细胞核结构，称作中央体
无
球形、圆球形、椭圆形、卵形、柱形、桶形、棒形、镰刀形、纤维形
叶绿素a、胡萝卜素、叶黄素及大量藻胆素。藻胆素是蓝藻的特征性色素包括蓝藻藻蓝素、蓝藻藻红素，别蓝藻素，无色素体
蓝藻的贮藏物质是蓝藻淀粉、还含有蓝藻颗粒，被碘液染色后变成淡红褐色
无有性生殖
1.细胞分裂2.段殖体3.厚壁孢子4.异形孢子5内生孢子和外生孢子
细胞外具胶被或胶鞘
具假空泡，内充满气体使植物体漂浮
色素除叶绿素a、c、b-胡萝卜素和一种未知名的叶黄素
色素体多数，一般呈盘状、也有片状、星状的
贮存物质为副淀粉（裸藻淀粉）
裸藻以细胞纵裂的方式进行繁殖。细胞分裂可以在运动状态下进行，也可以在胶质状态下进行
副淀粉的数目形状和排列是裸藻门分类的依据
黄藻类色素体为黄绿色，光合色素主要成份是叶绿素a、c、e、β－胡萝卜素和叶黄素
贮存物质为油滴及白糖素
丝状藻由断裂进行生殖，游动种类以纵分裂进行生殖，多数黄藻无性生殖产生动孢子，似亲孢子或不懂孢子，少数种类为有性生殖为同配生殖或卵配生殖
隐藻门
种类细胞不具纤维素细胞壁，细胞外有一层周质体，柔软或坚固
内含一个细胞核，核圆球形，有明显的核膜，一个大的核质核染色体，通常位于细胞的中部和后半部
贮存养分为淀粉、淀粉状物质或脂肪
淡水甲藻的通化产物均为淀粉
最普遍的生殖方式为细胞分裂。有些以纵分裂生殖，有的是斜分裂生殖。此外有的是产生动孢子和不动孢子。还有同配生殖和异配生数的有2条或3条也有无鞭毛的
细胞呈纺锤形、圆柱形、圆形、卵形、球形、椭圆形、卵圆形等