主线剧情必看：001云霄飞车杀人事件（组织）043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)048~049外交官杀人事件(平次登场，第一次恢复)054电玩公司杀人事件（组织）057，058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)128黑衣组织10亿元抢劫事件129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（组织）170，171暗阁中的死角（新出登场）176，177，178与黑暗组织的再会（组织）188－－193危命的复活（新一，兰）226，227格斗游戏的陷阱（朱蒂登场）230，231谜一样的乘客（赤井登场）258，259来自芝加哥的男子（詹姆斯登场）269，270犯罪的纪念品（有提到警察局关于毛利的案卷被偷一事）271，272紧急隐藏的省略（朱蒂）277，278英语教师VS关西侦探（朱蒂）284~285中华街雨中的似曾相识286，287，288工藤新一NY事件（不用多说了吧）307，308无声的证据（组织相关，下一集的引子）309，310，311与黑色组织的接触（组织）335，336东都显影所的秘密（有神秘人）338，339 4辆保时捷（朱蒂和贝尔摩德假扮的新出发现哀）340，341隐藏在厕所里的秘密（更多关于哀父母的消息，找到明美藏起来的录音带）343，344便利店的陷阱（最后一段是小兰发现朱蒂藏的照片，怀疑朱蒂）345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案（不多说了）346，347寻找P股上的印记（上集案件的扫尾，关于哀拒绝证人保护计划的事）385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不xx音425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间(水无怜奈登场，小五郎受到怀疑，若不是秀一就挂掉了)429--430无法回到从前的两个人(本堂)462 黑衣组织的影子年幼的目击者463 黑衣组织的影子奇妙的照明464 黑衣组织的影子谜样的高额报酬465 黑衣组织的影子珍珠的流星466 坚不可摧的雪人（前篇）467 坚不可摧的雪人（后篇）484 黑色照片的行踪（前篇）485 黑色照片的行踪（后篇）491 红与黑的碰撞开端492 红与黑的碰撞血缘493 红与黑的碰撞疾呼494 红与黑的碰撞冥土495 红与黑的碰撞昏睡496 红与黑的碰撞侵入497 红与黑的碰撞觉醒498 红与黑的碰撞扰乱499 红与黑的碰撞伪装500 红与黑的碰撞遗言501 红与黑的碰撞嫌疑502 红与黑的碰撞洁白503 红与黑的碰撞决死504 红与黑的碰撞殉职507 卡拉OK房间的死角（前篇）508 卡拉OK房间的死角（后篇）507 卡拉OK包房的死角（前篇) 508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一，说FBI发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。
使赤井秀一的死更假了） 509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。
冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样） 510 柯南VS W暗号之谜（案子破解，柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报，要好好看家；昴成功躲过兰的攻击，并伪装的像被踢到一样，搏击技术应该不错） 511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下；昴喝波本酒） 521 杀人犯工藤新一 522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复） 523 真正想问的事 524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（交代上一集的结果） 525 令人憎恨的蓝色火花（后篇）（顺利破案，柯南和昴配合默契） 542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，遇上案件） 543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感；结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……） 563 侦探团VS强盗团(骚乱)（朱蒂被卷入强盗案） 564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似秀一的人登场，并用右手开枪救了柯南；少年侦探团知道朱蒂身份) 578 召唤危机的红色预兆（FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花大厦） 579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑）580 紧迫黑色的时限（Kir被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人） 581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为‘笨狼’，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的；狙击失败，bos s命令撤退）563 侦探团VS强盗团（前篇）（赤井秀一在此登场）564 侦探团VS强盗团（后篇）（赤井秀一在此登场）还有些集案件本身没什么，其间就一两句话和组织的事有点关系或者哀的话暗藏玄机130--131竞技场无差别胁迫事件(故事内容和主线情节无关，但灰原讲的一句话曾让广大柯南迷浮想联翩：“工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了”。
这究竟是怎么一回事？半个世纪前优作大概都没出生呢！看来只有等青山来解释了。
)222--224招致死亡的人鱼传说（人鱼小岛签名册有宫野志保的名字）242元太的灾难（好像提到GIN是左撇子)246--247网中的谜事件（哀和兰握手）253－-254本厅刑事恋爱物语(本身案件无意义，不表。
有两个值得注意的地方是，一是小兰在饭店里看到赤井秀一居然有似曾相识的感觉，二是柯南和新出合力扮演了高木警官，一个出身材和动作，一个出配音。
望月以为，有可能就是从这集开始，柯南对新出的身份产生了怀疑。
因为他注意到了新出超强的模仿能力。
)279--280迷宫的阴暗（这集哀说了很多话;主线情节只被带到了一点。
博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息。
发现她就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。
在母亲的葬礼上，面对记者的追问，克里斯曾神秘的回答道：A SECRET MA KES A WOMANWOMAN.另外，有希子也出现在了莎隆的葬礼中，但是她的帽檐压的很低，所以美国的网站上显示当时并没有人认出有希子的身份，只是谣传说日本的前人气女明星也出席了葬礼。
）289--290迷惘森林中的光彦（上下集）（有提到哀对组织气味已经不敏感了。
和沼渊已一郎是组织一员的事。
）312--313染上夕阳的布偶（哀说了关于夕阳的话）329-－330金钱买不到的友情(本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。
原来他是化学领域非常有名的科学家，被称为“被科学界放逐的疯狂科学家”，待人和气有礼，并且是阿笠博士的旧识。
)精彩剧集：第一部：1997 引爆摩天楼(时计じかけの摩天楼/A Clockwork Skyscraper) 1997/04/23第二部：1998 第十四个目标(14番目の标的/The Fourteenth Target) 199 8/04/15第三部：1999 世纪末的魔术师(世纪末の魔术师/Last Wizard of the Cent ury) 1999/04/14第四部：2000 瞳孔中的暗杀者(曈の中の暗杀者/Captured In Her Eyes) 2 000/04/12第五部：2001 通往天国的倒计时(天国へのカウントダウン/Count Down To Heaven) 2001/04/11第六部：2002 贝克街的亡灵(ベイカー街の亡霊/The Phantom of Baker S treet) 2002/04/17第七部：2003 迷宫的十字路(迷宫の十字路/Crossroad in the Ancient Ca pital) 2003/04/19第八部：2004 银翼的魔术师(银翼の奇术师）/Magician of the Silver Sky) 2004/04/17第九部：2005 水平线上的阴谋(水平线上の阴谋/Strategy above the Dept hs) 2005/04/09第十部：2006 侦探们的镇魂歌(探侦たちの镇魂歌/The Private Eye's Requiem) 2006/04/15第十一部：2007 绀碧之馆(绀碧の棺/Jolly Roger in the Deep Azure) 200 7/04/21第十二部：2008 战栗的乐谱(戦栗の楽谱/Full score of Fear) 2008/04/19日本上演再推特别编，几乎个个精彩：特别篇01-011 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件1小时特别篇特别篇02-052 雾天狗传说杀人事件1小时特别篇特别篇03-076 柯南vs怪盗基德1小时特别篇特别篇04-096 走投无路的名侦探！连续两大杀人事件2小时特别篇特别篇05-118 浪花连续杀人事件1小时特别篇特别篇06-129 来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件2小时特别篇特别篇07-162 空中飞行的密室工藤新一最初的事件1小时特别篇特别篇08-174 20年的杀意圣佛尼号连续杀人事件2小时特别篇特别篇09-184 诅咒的假面在冷笑1小时特别篇特别篇10-208 迷宫的入口巨大神像的愤怒1小时特别篇特别篇11-219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德2小时特别篇特别篇12-263 大阪双重谜团浪花剑士和太阁之城2小时特别篇特别篇13-304 震动警视厅1200万名人质2小时特别篇（隆重推荐，同属恋爱物语系列）特别篇14-342 豪斯登堡的新娘1小时特别篇特别篇15-345 与黑衣组织正面对决满月之夜的二元推理 2.5小时特别篇特别篇16-356 怪盗基德的惊异空中步行1小时特别篇特别篇17-383 甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔2小时特别篇特别篇18-425 黑暗冲击！被组织的魔爪触碰的瞬间 2.5小时特别篇特别篇19-449 本厅的刑警恋爱物语虚假的婚礼1小时特别篇特别篇20-452 金比罗剧院的怪人1小时特别篇特别篇21-479 和服部平次在一起的3天2小时特别篇特别篇22-487 本厅刑事恋物语8 左手的无名指1小时特别篇特别篇23-488 电视台的恶魔1小时特别篇特别篇24-489 法庭的对决Ⅲ目击者是检察官1小时特别篇特别篇25-490 服部平次vs工藤新一滑雪场的推理对决1小时特别篇三推KID：076《柯南对怪盗基德》132《魔术爱好者杀人事件（事件篇）》133《魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）》134《魔术爱好者杀人事件（解决篇)）》219《名侦探大集合工藤新一VS怪盗基德》356《怪盗基德之奇异的空中步行》394《奇异屋宇的大冒险（封印篇）》395《奇异屋宇的大冒险（机关篇）》396《奇异屋宇的大冒险（解决篇) 》469《基德与四幅名画（前篇) 》470《基德与四幅名画（后篇) 》473《工藤新一少年时的冒险》剧场版：三《世纪末的魔术师》八《银翼的魔术师》十《侦探们的安魂曲》四推恋爱物语系列：146-147本厅刑事的恋爱物语柯南他们去录口供之类的，正式与佐藤见面，高木猜测佐藤到底喜欢谁的时候很有意思。