高通量测序技术及其应用
• 目前,高通量测序开始广泛应用于寻找疾 病的候选基因上
• 内梅亨大学的研究人员使用这种方法鉴定 出Schinzel-Giedion 综合征中的致病突变, Schinzel-Giedion综合征是一种导致严重的智 力缺陷、肿瘤高发以及多种先天性畸形的 罕见病。他们使用Agilent SureSelect序列捕 获和SOLiD对四位患者的外显子组进行测序, 平均覆盖度为43倍,读长为50 nt,每个个 体产生了2.7-3 GB可作图的序列数据。他们 聚焦于全部四位患者都携带变异体的12个 基因,最终将候选基因缩小至1个。
目前高通量测序的主要平台代表有罗氏公司(Roche)的454测序(Roch GS FLX sequencer),Illumina公司的Solexa基因组分析仪(Illumina Genome Analyzer)和ABI的SOLiD测序仪(ABI SOLiD sequencer)
• 三个厂家的高通量测序仪器在原理上很多的共同之处:
高通量测序技术及其应用
二组 :宗克远
基因测序
• 基因测序,或称DNA测序,是指分析特定 DNA片段的碱基序列,也就是腺嘌呤(A)、 胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)与鸟嘌呤的 (G)排列方式。 • 现今的用于测序的技术主要有Sanger等 (1977)发明的双脱氧链末端终止法和 Maxam和 Gilbert(1977)发明的化学降解 法。
高通量测序技术
• 高通量测序技术(Highthroughputsequencing)又称“下一代”测 序技术("Nextgeneration"sequencingtechnology),以能一 次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序 列测定和一般读长较短等为标志。
• 目前,第二代测序技术的迅猛发展,基因测 序技术已经广泛应用到生物学各个问题的解 决上来。比如:在基因组水平上对还没有参 考序列的物种进行从头测序(de novo sequencing),获得该物种的参考序列,为后 续研究和分子育种奠定基础;对有参考序列 的物种,进行全基因组重测序 (resequencing),在全基因组水平上扫描并 检测突变位点,发现个体差异的分子基础。 在转录组水平上进行全转录组测序(whole transcriptome resequencing),从而开展可变 剪接、编码序列单核苷酸多态性(cSNP)等 研究。
• 1 将目标DNA剪切为小片段 • 2 单个小片段DNA分子结合到固相表面 • 3 单分子独立扩增 • 4 每次只复制一个碱基(A,C,T,G)并检测信号 • 5 高分辨率的成像系统 • 高通量测序以其高输出量与高解析度的特性,不仅为我们提供 了丰富的遗传学信息,而且使得测序的费用和时间大大缩短。 在高通量测序发展的过程中,也有很多的问题需要我们去解决: 数据在临床诊断上的作用,测序数据的储存和分析,数据的安 全和信息隐私等。
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