6
2、数据结构
结构记录
名称、参考文献、 序列、一级结构、 二级结构和原子坐 标等信息。
显式序列 信息
隐式序列 信息
以关键字SEQRES 作为显式序列标 记，以该关键字 打头的每一行都 是关于序列的信 息。
即为立体化学 数据，包括每 个原子的名称 和原子的三维 坐标。
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3、数据查询 是pdb文件在数据库中的编号, 从PDB数据库下载结构常会得 到一个以这个编号命名的 pdb文件，如1LDM.pdb
5
1、数据
来源 主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电
子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。
主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质 与核酸复合物的三维结构。
信息
原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-
sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的
ligand、参与生化功能的residue等。
REMARK 2 最大分辨率
REMARK 3 用到的程序和统计方法
REMARK 4 其他注解
DBREF 其他序列库的有关记录
SEQADV PDB与其它记录的出入
16
PDB数据库的详细字段说明
MODEL 多亚基时显示亚基号
ATOM
标准基团的原子坐标
SIGATM 标准差
ANISOU 温度因子
SIGUIJ 各种温度因素导致的标准差
TER
链末端
HETATM 非标准基团原子坐标
ENDMDL 亚基结束
CONECT 原子间的连通性有关记录
MASTER 版权拥有者
END
文件结束
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详细信息
18
三维结构
配体小分子
β-折叠
α-螺旋
19
三、结构模型显示
生物大分子三维立体结构显示的软件：PyMol、 RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等
10
相关介绍
下载氨基酸序列及 二级结构的信息
配体不同
分辨率不同
11
PDB数据库文件
包括分子类别、发布日期，PDB-ID
关键字列表 测定结构所用的试验方法
12
以关键字SEQRES打头 306个氨基酸的显式序列信息
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X轴坐标 原子
Y轴坐标
Z轴坐标
氨基酸
14
PDB数据库的详细字段说明来自HEADER OBSLTE TITLE CAVEAT COMPND SOURCE KEYWDS EXPDTA
蛋白质结构数据库
/pdb/home/home.do
4
一、基本概况
➢ 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构 数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Date Bank)。
➢ PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 负责。
•
17、一个人即使已登上顶峰，也仍要 自强不 息。下 午2时15分52秒 下午2时15分14:15:5220.10.6
谢谢大家
22
分子类，公布日期，ID号 注明该ID号已改为新号 说明试验方法类型 可能的错误提示 化合物分子组成 化合物来源 关键词 测定结构所用的实验方法
15
PDB数据库的详细字段说明
AUTHOR 结构测定者
REVDAT 修订日期及相关内容
SPRSDE 已撤销或更改的相关记录
JRNL
发表坐标集的文献
REMARK 1 有关文献
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14、抱最大的希望，作最大的努力。2020年10月6日 星期二 下午2时15分52秒14:15:5220.10.6
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15、一个人炫耀什么，说明他内心缺 少什么 。。2020年10月下午2时15分 20.10.614:15October 6, 2020
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16、业余生活要有意义，不要越轨。2020年10月6日 星期二 2时15分52秒14:15:526 October 2020
通过这些软件可以对此三维结构进行查看、编辑， 进一步应用于研究。
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9、 人的价值，在招收诱惑的一瞬间被决定 。20.10.620.10.6Tuesday, October 06, 2020
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10、低头要有勇气，抬头要有低气。14:15:5214:15:5214:1510/6/2020 2:15:52 PM
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11、人总是珍惜为得到。20.10.614:15:5214:15Oct-206-Oct- 20
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12、人乱于心，不宽余请。14:15:5214:15:5214:15Tuesday, October 06, 2020
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13、生气是拿别人做错的事来惩罚自 己。20.10.620.10.614:15:5214:15:52October 6, 2020
PDB数据库简介
1
生物数据库的种类
2
生物数据库的种类
➢序列数据库
• 核酸序列数据库 (EMBL、GenBank、DDBJ) • 常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)
➢结构数据库
• 蛋白质结构数据库( PDB ) • 蛋白质分类数据库(SCOP、CATH )
➢其它数据库
3
Protein Data Bank
PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符 串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成，如 1LDM。
PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询， 可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓 名、结构表达）进行检索。
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二、简单使用
高级搜索
搜索栏
9
检索CDK2 搜索到408条结果
精化搜索结果