A、2002年年底前已经登记，并在2003年发生进、出口业务的跨年手册；
B、2003年1月1日以后新登记的手册。
对于2002年年底前已经登记，但在2003年以后无发生任何进、出口业务的跨年手册不需要进行登记处理。
企业在手册登记后发生变更的，企业不需要进行补充或变更原来的登记容（因为新申报系统目前仍不支持手册的变更操作），所发生变更的容由手册的最后核销来调整。
（1）进料加工：有进料加工业务的企业必须选择“有进料加工业务”。
（2）一致性检查：必须选择“检查商品代码”。
（3）补税时限：选定为“6个月”。
3、自用商品码的设置。计算机操作：系统维护—〉代码维护—〉海关商品码。单击“自用商品”按钮进入自用商品设置。选择“当前记录”， 单击“设为自用代码”按钮便将当前记录设置为自用代码。这样在企业录入明细申报数据时便可在“商品代码”栏中采用下拉的方式找到企业的自用商品代码，从而提高企业录入的速度。若选择“当前筛选条件下的所有记录”，即将全部商品代码设为自用商品代码。
进口报关单整理、检查无误后，将装订好的进口报关单按装订顺序在“进口料件明细申报录入”窗口中全部录入。录入的进料登记册号（进口报关单的备案号）必须正确，否则将会影响以后手册核销数据的准确性。
采用实耗法后，进料明细数据的录入应注意如下容：
①对“贸易方式”为“进料对口”、“进料非对口”、“进料深加工”、“进料余料结转”等进口报关单，企业应作为当期进料录入。
4、企业明细数据录入。
（1）进料加工手册登记录入。
进料加工手册录入是进料加工进、出口明细数据录入的前提，因此企业必须先将进料加工登记手册在申报系统进行手册登记录入申报。
企业进入“进料加工手册登记录入”窗口，将应登记的全部手册在该窗口进行录入操作。具体由企业根据合同备案表的相关项目对应手册登记项目进行准确录入，即将合同备案表中的币别代码、“进口总值”、“出口总值”、“合同有效期限”在手册登记的相应项目中准确录入。此外企业还必须准确录入手册登记，每本手册对应一条记录。手册登记的具体围包括：
生产企业出口退税新申报系统操作说明
各生产型出口退税企业：
按照国家税务总局国税函[2003]015号文件的要求，生产型出口退税企业（以下简称企业），自2003年1月1日起报关出口的货物必须使用生产企业出口退税新申报系统（以下简称申报系统）向主管国税机关进行免抵退税申报。现将新申报系统有关操作说明如下：
企业当期收齐本月出口单证，单证不齐标志栏为空，若该单证预审有电子信息则作为当期单证齐全销售额参与免抵退税额的计算。因此企业当期收齐本月的单证应在读入预申报反馈信息后，查看这些单证是否有电子信息，有电子信息的才参与当期免抵退税额的计算，无电子信息的，企业必须在撤消原申报数据，做反馈信息处理后，进入“出口货物明细申报录入”窗口，对这些原来单证不齐标志为空，但由于无电子信息不能参与免抵退税额计算的单证，将其单证不齐标志修改录入“BH”，若为委托代理出口录入“BHD”，即将这些当期已经收齐单证但由于信息不齐的单证视作单证不齐处理。修改时若出现“不能更新临时表”的提示，请进入“C:\出口退税电子化管理系统\生产企业出口退税申报\code”目录，鼠标右键单击“BICODE.DBF”文件，修改文件属性，将“只读”和“隐藏”标志清空。企业修改单证不齐标志后才能进行正式的免抵退税电子数据申报。
一、免、抵、退税申报总体流程
企业每月的免抵退税申报必须按照申报流程进行，并充分利用新申报系统的操作向导，一步一步地进行免抵退税申报。
二、新申报系统的操作说明。
1．系统配置的设置。计算机操作：系统维护—〉系统配置—〉系统配置设置与修改
（1）计税计算方法：一般企业选择“1.免抵退”。对于按照规定不计算当期应退税额的企业（如发生首笔出口业务至今未满一年的企业和新办企业），选择志调整为“1.免抵退”。
②对“贸易方式”为“进料成品退换”、“外资设备物资”、“一般贸易”等进口报关单，企业不能作为当期进料录入。
③对“贸易方式”为“进料余料结转”、“进料料件退换”、“进料料件复出”等出口报关单，企业必须冲减当月进料，即在取得出口报关单的当月按报关单上的金额录入负数记录。
④对发生“进料料件转销”和“边角料转销”的，企业必须按照海关补征增值税的完税价格来冲减当月的进口料件金额，具体处理是：录入的进口报关单为“海关代征增值税的完税证”上的报关单，数量不录入，录入的金额为海关代征增值税的完税价格的负数。
（2）进料计算方法：根据系统特点，为了减少企业工作量，我市统一采用“1.实耗法”。
（3）分类管理代码：一般企业选择“C”，经税务机关认定为退税分类管理B类企业的选择“B”。
（4）税务机关代码：“4420000”+ 两位镇区代码。
（5）税务机关名称：录入主管税务机关名称。
2．系统参数设置与修改。计算机操作：系统维护—〉系统配置—〉系统参数设置与修改。
（3）出口货物明细申报录入。
企业在每月纳税申报前，将上月的免抵退税出口货物全部在“出口货物明细申报录入”窗口中录入。企业录入报关单出口额时要检查报关单的成交方式，以FOB价成交的才可以将报关单注明的金额录入，若成交方式为CIF价，必须按报关单注明的金额减去运费、保险费后的余额作为免抵退税出口额录入。合计录入的免抵退税出口额应与企业当月纳税申报表的第7栏“免抵退税出口额”一致，不一致的必须在当期纳税申报调整。企业录入当月免抵退税出口明细时其报关单不能为空。一般贸易的出口明细录入，其“进料登记册号”为空，进料加工的出口货物其“进料登记册号”（出口报关单的备案号）必须准确录入，否则影响日后手册核销数据的准确性。
（2）进口料件明细申报录入。
企业在每月增值税纳税申报前，将上月收到的免税进口报关单复印件进行整理、检查。整理包括按手册号进行分类，并按手册号顺序装订成册，贴上进口报关单装订封面。检查容包括报关单是否属于本企业的进口报关关单，与以前申报的进口报关单是否有重复，进口报关单是否有海关签盖的单证审核章或验讫章，是否加盖了企业的报关专用章等。将整理、检查后的进口报关单整理装订成本，作为免抵退税申报的留存备查资料。