真核细胞基因表达受到转录因子的精确调控，转录因子的结合位点预测是生物信息学中的研究热点。

转录因子结合位点的预测方法主要有：基于一致性序列的方法，基于位置权重矩阵的方法，利用物种之间保守性的遗传印记方法以及利用基因芯片的方法，当然也可以是多种方法的综合应用。

现有方法的基础都是利用已知的转录因子结合位点来预测未知的，都受已知转录因子结合位点的数量和质量的限制。

由于目前对真核生物顺式调控模块积累的实验数据还太少，相应的数据库资源也不多。

因此大规模地从文献中搜集挖掘转录因子结合位点，构建顺式调控模块相关的数据库，对实验和计算都有重要的意义。