也可用TMHMM分预测P14136是否存在跨膜区 http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/
P14136：GFAP
P14136预测结果
牛视紫红质蛋白（SwissProt/TrEMBL AC:P02699)存在7 个跨膜区,其跨膜区预测位置和 TMpred预测结果基本吻合。
蛋白质疏水区域可作为评判潜在跨膜区的依据，但预 测得到的疏水区并不一定就是跨膜区域。对于多次 的跨膜区，则以亲水残基区和较长的疏水残基区交 替出现；膜内外交界处多出现色氨酸，酪氨酸和苯 丙氨酸；胞外端末端多出现Asp、Ser、Pro；胞内末 端多出现Lys和Arg。
TMpred为EMBnet 开发的在线分析蛋白质跨膜区软 件. /software/TMPRED_fo rm.html 它基于对TMbase数据库的统计分析来预测蛋白质 跨膜区和跨膜方向。
UniProKB界面简介
实例： 对GFAP人胶质纤维酸性蛋白 （glial fibrillary acidic protein) 进 行结构与功能预测
网址：
点击Resource A...Z
点击UniPro
或直接点UniPro
输入 GFAP
选择物种：人
点击进入
命名与起源
或直接输入 /protscale/
GFAP亲疏水性分布图，横坐标为序列位置，纵坐标为氨基酸的标度值。 Hphob.kyte&Doolittle 标度（default)定义疏水性氨基酸较高的打分 值（>0值表示疏水性,<0值表示亲水性）构域与功能分析
结构域（domain）是蛋白质序列功能、结构和进化的
单元，通常由50-300个氨基酸组成，有空间构象特异 性。
4.1 Pfam是大规模收集蛋白质家族的数据库，网址 为
4.2 Prosite（/)
P14136无代谢通路注释
牛视紫红质蛋白（Unipro:P02699)代谢通路图
二、蛋白质一级结构分析
2.1 Blast ：序列比对，得到同源蛋白
BLAST是基本局部比对搜索工具（basic local
alignment search tool）的缩写。
是对生物不同蛋白质的氨基酸序列或不同的基因的DNA
序列极性比对。并从相应数据库中找到相同或相似序 列。
同源性(homology)： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同 祖先的结论，属于质的判断。说A和B的同源性为80％都是 不科学的。 相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系。比如说，A序列和B序列的 相似性是80％，或者4/5。 序列的相似性和序列的同源性有一定的关系，一般来说序 列间的相似性越高的话，它们是同源序列的可能性就更高， 所以经常可以通过序列的相似性来推测序列是否同源。 正因为存在这样的关系，很多时候对序列的相似性和同源 性就没有做很明显的区分，造成经常等价混用两个名词。 所以有出现A序列和B序列的同源性为80％一说。
蛋白质属性
OMIM链接
注释
序列相似性家族
细胞组分 编码序列多样性 翻译后修饰
完整的GO分析
基因本体（Gene Ontology，GO）数据库旨在建立注
释基因和蛋白质知识的标准词汇体系，涵盖基因细胞 组分（cellular component）、分子功能（molecular function）、生物学过程（biological process）3方面 信息。
建模部分结果
Anolea：以原子经验平均力势计算 每个氨基酸和周围环境的相互作用 能量，能量越高越不稳定（为正值， 红色表示），反之亦然（为负值， 绿色表示）。 Gromos：反映氨基酸位点的能量， 同样低能量对结构稳定性有利。
模板搜索结果：同源建模核心是参考模板蛋白的结 构信息来构建未知蛋白的结构，合适的模板增加预 测结构的可靠性
预测结果
三、蛋白质二级结构分析
蛋白质二级结构是指氨基酸残基形成的α -helix、β -
sheet、coil和motif等组件
常用软件：PSIPRED
/psipred/
KEGG数据库中对P14136 motif 分析 （可以直接从unipro找kegg链接）
也可以直接输入 /blast/
2.2 ProtParam：蛋白质理化性质分析
ProParam是计算氨基酸理化参数常用的工具，提供计
算蛋白质的分子量、理论等电点、氨基酸组成、原子 组成、消光系数（extinction coefficient）、半衰期、 不稳定系数、脂肪系数和总平均疏水性（GRAVY）等。
总结：GFAP为一中等分子量的酸性蛋白，分子中含有较多的Glu，每个 分子大约带9个负电荷。该蛋白无跨膜区域，并且亲水，不是膜蛋白。 GFAP是一种结构蛋白，属于IF家族，主要参与中间纤维的构成，在神 经元内环境的维持和血脑屏障中起着重要作用。到目前为止，该蛋白 的空间结构尚未完全解析出来，有待于进一步研究。
Protsite数据库是基于对蛋白质家族中同源序列多重序列
比对得到的保守性区域，这样区域通常与生物学功能有关， 例如酶的活性位点、配体或金属结合位点等。 Prosite数据库实际上是蛋白质序列功能位点数据库。通过 对Prosite数据库的搜索，可判断该序列包含什么样的功能 位点，从而推测其可能属于哪一个蛋白质家族。
TMpred分析预测结果
SignalP:预测蛋白质序列中信号肽的剪切位点 http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
信号肽作用：引导新合成的蛋白质进入内质网腔．而
信号肽序列则在信号肽酶的作用下被切除 。 信号肽结构：信号肽位于分泌蛋白的N端。一般由15～ 30个氨基酸组成。包括三个区：一个带正电的N末端， 称为碱性氨基末端；一个中间疏水序列．以中性氨基 酸为主，它是信号肽的主要功能区；一个较长的带负 电荷的C末端，含小分子氨基酸，是信号序列切割位 点．也称加工区。 SignalP的功能是预测给定的氨基酸序列中是否存在潜 在的信号肽剪切位点及其所在，原核生物和真核生物 都可以进行预测。
ISOFORM 比对信息
序列注释（特征）
多态性，SNP位点
三维结构分析
蛋白与蛋白相互作用数据库
翻译后修饰数据库
KEGG日本京都基因和基因组百科全书
全球影响力最大的代谢数据库之一，它的生物学途径 （pathway）数据库有细分成代谢（metabolism）、遗 传信息处理（genetic information processing）、环境 信息处理（environmental information processing）细 胞代谢（cellular process）和人类疾病（human disease） 5个方面
理论模式 [IV]-{K}-[TACI]-Y-[RKH]-{E}-[LM]-L-[DE] I - A -T -Y- R - K – L -L- E 实际序列 Examples : [AC]-x-V-x(4)-{ED} This pattern is translated as: [Ala or Cys]-any-Valany-any-any-any-{any but Glu or Asp}
消光系数—反映了蛋白在特定波长下吸收可见光或不
可见光的能力，可用来测蛋白浓度 不稳定系数—预测对应蛋白质在试验中稳定性。 小于40时，预测蛋白稳定 大于40时，预测蛋白不稳定 脂肪系数—计算球状蛋白脂肪族氨基酸侧链所占相对 体积，反映了蛋白质的热稳定性。
或直接输入 /protparam/
蛋白质的疏水性预测可以根据gravy值来预测。GRAVY值的范围在2 与2之间，正值表明此蛋白为疏水性蛋白，负值表明为亲水蛋白。疏水性 信息可被用于跨膜螺旋的预测，
2.3 ProtScale 蛋白质亲疏水性分析
蛋白质亲疏水性氨基酸的组成是蛋白质折叠的主要驱动力。 蛋白质折叠时会形成疏水内核和亲水表面，同时在潜在跨 膜区出现高疏水值区域，据此可以测定跨膜螺旋等二级结 构和蛋白质表面氨基酸的分布。
5、蛋白质三维结构分析 /
同源建模是蛋白质三维预测的主要方法。 对蛋白质数据库PDB分析可以得到这样的结论：任 何一对蛋白质，如果两者的序列等同部分超过30%
（序列比对长度大于80），则它们具有相似的三 维结构，即两个蛋白质的基本折叠相同，只是在 非螺旋和非折叠区域的一些细节部分有所不同。 这是同源建模方法预测蛋白质结构方面成功的保 证。
作业
MELAALCRWGLLLALLPPGAASTQVCTGTDMKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNL ELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNG DPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLA LTLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTRTVCAGGCARCKGPLPTDCCHEQC AAGCTGPKHSDCLACLHFNHSGICELHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCVTACP YNYLSTDVGSCTLVCPLHNQEVTAEDGTQRCEKCSKPCARVCYGLGMEHLREVRAVTSAN IQEFAGCKKIFGSLAFLPESFDGDPASNTAPLQPEQLQVFETLEEITGYLYISAWPDSLP DLSVFQNLQVIRGRILHNGAYSLTLQGLGISWLGLRSLRELGSGLALIHHNTHLCFVHTV PWDQLFRNPHQALLHTANRPEDECVGEGLACHQLCARGHCWGPGPTQCVNCSQFLRGQEC VEECRVLQGLPREYVNARHCLPCHPECQPQNGSVTCFGPEADQCVACAHYKDPPFCVARC PSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQPCPINCTHSCVDLDDKGCPAEQRASPLTSIISAVVG ILLVVVLGVVFGILIKRRQQKIRKYTMRRLLQETELVEPLTPSGAMPNQAQMRILKETEL RKVKVLGSGAFGTVYKGIWIPDGENVKIPVAIKVLRENTSPKANKEILDEAYVMAGVGSP YVSRLLGICLTSTVQLVTQLMPYGCLLDHVRENRGRLGSQDLLNWCMQIAKGMSYLEDVR LVHRDLAARNVLVKSPNHVKITDFGLARLLDIDETEYHADGGKVPIKWMALESILRRRFT HQSDVWSYGVTVWELMTFGAKPYDGIPAREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMIMVKCWM IDSECRPRFRELVSEFSRMARDPQRFVVIQNEDLGPASPLDSTFYRSLLEDDDMGDLVDA EEYLVPQQGFFCPDPAPGAGGMVHHRHRSSSTRSGGGDLTLGLEPSEEEAPRSPLAPSEG AGSDVFDGDLGMGAAKGLQSLPTHDPSPLQRYSEDPTVPLPSETDGYVAPLTCSPQPEYV NQPDVRPQPPSPREGPLPAARPAGATLERPKTLSPGKNGVVKDVFAFGGAVENPEYLTPQ GGAAPQPHPPPAFSPAFDNLYYWDQDPPERGAPPSTFKGTPTAENPEYLGLDVPV