6.picornaviral蛋白上的酶切位点（NetPicoRNA） 7.叶绿体传递蛋白（ChoroP） 8.跨膜螺旋（TMHMM） 9.跨膜螺旋的位臵（TOPPRED） 10.跨膜螺旋的位臵和方向（DAS） 数据库搜索： 1.基于预测的线程方法与完全基于序列的数据库搜 索（FRSVR） 2.查找远源同源蛋白序列的Markov model method （SAMT98）
评估： 1.二级结构预测准确性评估（EvalSec） 2. EVA：预测方法自动评估
PP工作原理
• PredictProtein是一项在因特网上提供氨 基酸序列分析,蛋白质结构和功能预测的服 务。通过电邮或因特网，您可以提交单一 蛋白序列或序列比对,PP将返回结果.
1.PP总流程
2. 序 列 分 析 流 程
• SWISS-MODEL反馈的第1封邮件 (Welcome to SwissModel) • SWISS-MODEL反馈的第2封邮件 (SwissModel-Fold-Recognition) • SWISS-MODEL反馈的第3封邮件 (SwissModelSecondaryStructureP...) • SWISS-MODEL反馈的第4封邮件 (SwissModel_TraceLog_AAAa06Zd K) • SWISS-MODEL反馈的第5封邮件 (SwissModel-Model-AAAa06ZdK) 中附有可用大分子结构展示软件 显示的文件AAAa06ZdK.pdb: • SWISS-MODEL反馈的第6封邮件 (SwissModel WhatCheck AAAa06ZdK...) • SWISS-MODEL反馈的第7封邮件 (PredictProtein results)
• META-PP提供单页界面，发送预测查询，到其他蛋白结 构预测服务器。在此界面提交待分析序列，选择所需要 的服务，您将以电子邮件的形式收到答复。在META-PP 提供的序列分析服务包括预测内容： 1.二级结构（JPRED） 2.模拟三维结构（automated modelling，SWISS-MODEL） 3.通过一系列方法和数据库推导三级结构（CPHmodels） 4.信号肽的剪切位点（SignalP） 5.哺乳动物体内黏蛋白的O-GalNAc（突变型）糖基化作用 位臵（NetOglyc）
3.所用数据库
4.使用方法
可溶性和跨膜螺旋 预测跨膜折叠 相似序列比对 每个残基的可溶性 蛋白成对比较 预测螺旋卷曲 功能模体库 识别比结构域明显短的区域 预测非球状蛋白 基于线索化的 预测方法 预测核定位信号 将多重序列比对结果转化为HTML形式的输出 PP结果转化为图像 预测二硫键
META PredictProtein
结果
• 以如下序列为例: • NIDRPKGLAFTDVDVDSIKIAWESPQGQVSRYRVTYSSPEDGIHELFPAP DGEEDTAELQGLRPGSEYTVSVVALHDDMESQPLIGTQSTAIPA • 域值选择:0.0000000001 • 结果选项:Swiss-PdbViewer mode • 根据前面选项不同，可能会收到多封邮件。
•
Alignment Interface(比对界面) 简介
SWISS-MODEL的这个比对界面允许将多重序列比对输入到SWISSMODEL服务器。在多重序列比对中，序列的数目并不重要，但比对 过程TA，MSF，CLUSTALW，PFAM和SELEX。
PP提供的服务
• 数据库搜索：
• 1.多序列一致性分析 （MaxHom） • 2.功能性模体分析 （ProSite） • 3.区段复杂性分析（SEG） • 4.蛋白质结构域分析 （PRODOM） • 5.基于预测线程的折叠结 构识别（AGAPE）
• 预测内容：
• 1.二级结构（PHDsec， PROFsec） • 2.残基可溶性（PHDacc， PROFacc） • 3.跨膜螺旋区及拓扑学 PHDhtmPHDtopology • 4.球状蛋白（GLOBE） • 5.卷曲螺旋（COILS） • 6.二硫键（CYSPRED） • 7.结构转换（ASP）
您会见到一个新网页，告知您的序列已经被递交而且正在处理，过 一段时间，在您提供的e-mail里可以看到预测结果（如果在一天之 内没有收到结果，说明系统可能出现错误，您需要再次提交预测序 列）。或者，在这个新网页的最下面，您可以选择所需要的其它服 务器的服务，图示如下：
优势与不足
一.优点
1.CASP测评结果的分析: 对于富含α螺旋的或序列较长并且α螺旋 和 β折叠含量均较丰富的蛋白质的预测准 确度较高 ,与同类服务器相比有一定优势。
如何使用PP
1.进入PP主 页，点击 Help
2.进入默认页面提交序列
在默认的提交页面，点击‘Click here’可以分别查看输入格式和输出结 果的举例。PP要求提交的氨基酸序列为单字母密码子，允许空格，非标准氨 基酸以‘X’表示。提交后，PP会给出提交成功的提示页面。
3.成功提交提示页面
蛋白质高级结构预测
目录
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一.蛋白质二级结构预测
PredictProtein
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二.蛋白质三级结构预测
Swiss model
蛋白质二级结构预测
• 目前常用的软件 • PredictProtein - 蛋白质二级结构预测 • Garnier-Robson-Osguthorpe Secondary Structure Prediction利用Garnier等建立的模型进行蛋白质二级结 构预测 • NAMD Illinois大学中的理论生物物理学会建立的提供高 可信度的分子动力学模拟软件包 • nnPredict - 蛋白质二级结构预测 • PSSP - 蛋白质二级结构预测 • Predator 来自单序列或一套序列的蛋白质二级结构预测 • SIMPA96 SECONDARY STRUCTURE PREDICTION 二级结构预 测 • SOPMA • SSPRED:二级结构预测
蛋白质三级结构预测
Swiss model
1、模板选择
2、比对
3、建模 侧链建模
4、能量最小化
常用观看蛋白三级结构的软件
RasMol
WPDB
Cn3D
SWISS-MODEL服务器可以反馈给用户以下结果选项,spdbv模式、普通模式和简短 模式。这里，建议使用SWISS-MODEL默认的spdbv模式，这种模式可以用SwissPDBViewer程序打开，可以根据需要对结果进行多种操作。
2.EVA测评结果的分析
• 对于结序列短小并且α螺旋连续性较好的蛋白质 的预测结果较好，与同类服务器相比有一定优势。
二、不足
• 1.含α螺 旋）或复杂程度低的蛋白的预测结果不够 理想，与同类服务器相比有一定差距。
2.EVA测评结果的分析
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对于结序列短小并且有α螺旋和β折叠的 预测结果不够理想，常常把β折叠预测成 α螺旋，与同类服务器相比有一定差距。
返回结果
SwissModel的EVA评价及与其它服务器的比较
PredictProtein
• 简介： PredictProtein蛋白质结构预测服务器，
可根据要求的方法对所提交的蛋白质序列给出蛋 白质多重序列对比的结果，预测二级结构、残基 可溶性、跨膜螺旋位臵、折叠拓扑类型等。平均 准确率超过72％：最佳残基预测准确率达90％以 上。
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