基因组从头测序
Schematic overview of the assembly algorithm
基因组从头、调查基因组情况（ GC含量、重 复序列、基因组大小、杂合度 等）； 3、为后续改善组装提供依据。
基因组从头测序
1、基因组调查
GC含量与Depth关联分析
把组装出的contigs或scaffolds从大到小排列，当其累计长度刚刚超过全部组 装序列总长度50%时，最后一个contig 或scaffold的大小即为N50的大小，N50 对评价组装序列的连续性、完整性有重要意义； N70和N90的计算方法与N50类 似，只是百分数变为70%或90%。
Q3：如何了解研究物种是否有参考基因组序列？
K-mer分析
基因组从头测序
真菌denovo
Clean Reads rRNA & tRNA
组装
非编码RNA预测
组装结果评价
组装结果
重复序列分析
重复序列
分泌蛋白预测
基因预测
参考基因 共线性分析
基因组调查：只进行 粗略组装，一次调试， 不承诺组装指标。
精细图：进行精细组 装，多次调试，承诺 组装指标。
查询网址：/genome/?term=
Conten
基因组从头测序
细菌基因组注释分析
编码基因预测方法 基因组注释方法
基因组重测序
宏基因组学分析
细菌基因组注释意义
自然现象
个体功能 （表型）
个体特征
个体特有 物质
特有基因
基因：有遗传效应的DNA片段，是控制生物性状的基本遗传单 位。特有基因的存在导致个体有特殊的功能。
基因组从头测序
细菌denovo
基因组调查 研究平台 Hiseq2000 精细图 Hiseq2000 完成图 Hiseq2000+(454) +(OM)+Sanger
测序深度 测序策略 建库策略
承诺指标
100X 91PE 500bp
无
150X 91PE 500bp+2K/5kb
Scaffold No. ≦ 60

产品概述
从头测序即de novo 测序，不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测 序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序 列图谱。
全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的 后基因组学研究搭建一个高效的平台，为后续的基因挖掘、功能验证提供 DNA 序列信息。
ORFs 基因家族分析 基因功能预测
KEGG/COG/SwissProt/TrEMBL/NR/GO
基因组从头测序
真菌denovo
基因组调查 研究平台 Hiseq2000 精细图 Hiseq2000
测序深度 测序策略 建库策略
承诺指标
50X 91PE 500bp
无
100X 91PE 170bp+500bp+5 kb
Scaffold N50 ≥ 300kb
信息分析 项目周期
简单评估 40工作日
精细组装+高级 70工作日
基因组从头测序
细菌denovo
基因组调查：只进 行粗略组装，一次 调试，不承诺组装 指标。
组装结果评价 测序数据 前噬菌体预测 De novo组装 基因组岛预测
CRISPR预测 rRNA & tRNA Repeat
基因组从头测序
FAQ
Q1：什么是Read、Contig、Scaffold？
Read：测序读到的碱基序列片段； Contig：由reads通过对 overlap区域拼接组装成的没有 gap的序列段； Scaffold：通过pair ends信息确定出的contig排列，中间有 gap。
Q2：什么是N50，N70，N90？
微生物基因组测序分析

研究对象 简单基因组（质粒、支原体、衣原体等）、细菌、真菌、环境Meta

研究领域：

研究层面：基因组（DNA）、转录组（RNA）、表观（组蛋白修饰 和DNA甲基化）

相关仪器：Hiseq2000/2500/4000，Miseq (Illumina)；CG；Optical mapping (Opgen)；TripleTOF 5600、AB Sciex QTRAP 5500, etc...

BGI Trans-omics
基因组学
第一部分
基因组学研究 真菌
基因组调查 精细图 重测序 ITS测序
细菌
基因组调查 精细图 完成图 重测序
16s rDNA测序
Conten
基因组从头测序
细菌基因组注释分析
编码基因预测方法 基因组注释方法
基因组重测序
宏基因组学分析
基因组从头测序
细菌基因组注释意义
利
弊
基因组学（genomics。研究基因组的结构、功能及表达产物的学科。） 括 两 方 面 的 内 容 ： 以 全 基 因 组 测 序 为 目 标 的 结 构 基 因 组 学 （ structural genomics ）和以基因功能鉴定为目标的功能基因组学 （ functional genomics) ，又被称为后基因组（ postgenome ）研究。 功 能基 因组 学的 主要 任务 之一 是进 行基 因组 功能 注释 （ genome annotation），了解基因的功能，认识基因与疾病的关系，掌握基因 的产物及其在生命活动中的作用等。
组装结果
Non-coding RNA注释 重复序列注释
精细图：进行精细 组装，多次调试， 承诺指标： scaffold < 45
完成图：进行精细 组装，多次调试、 补洞，承诺指标： 1 contig, 0 gap
COG注释
基因组环形图分析
基因预测
共线性分析 ORFs 基因家族分析 Ref_gene KEGG/COG/SwissProt /TrEMBL/NR/GO 基因功能注释
>150X 91PE 170bp+500bp+2K /5kb
1 contig, 0 gap
信息分析 项目周期
简单评估 40工作日
精细组装+高级 45工作日
完整组装+高级 75工作日
基因组从头测序
细菌denovo
细菌完成图（1 contig,0 gap）
多种策略综合运用： 1、Hiseq 1小2大片段数据组装 2、Optical mapping（可选） 3、454（可选） 4、补洞及验证（sanger平台） …