表观遗传相关的数据资源
常用表观遗传数据库
Epigenomicigenomics/ /diseasemeth
MethDB MethyCancer PubMeth TCGA Data Portal
ChromatinDB SysPTM GEO HEP
/ChromatinDB/ /SysPTM/ /geo /
支持向量机实现是通过某种事先选择的非线性 映射（核函数）将输入向量映射到一个高维特 征空间，在这个空间中构造最优分类超平面。 使用SVM进行数据集分类工作的过程首先是通 过预先选定的一些非线性映射将输入空间映射 到高维特征空间（如下图）
基于酶切获得训练数据
甲基化 区域 VS 非甲基化区域
CpG岛 VS 非CpG岛
医用 多因素分析
哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院 统计遗传学教研室 &系统生物学教研室
课程内容
计算表观遗传学的多因素分析 多因素分析软件及绘图
专题1
计算表观遗传学的 多因素分析
哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院 系统生物学教研室 刘洪波
本专题的主要内容
第一节 引言 第二节 支持向量机预测DNA甲基化 第三节 实验测定多样本DNA甲基化 第四节 基于熵的差异甲基化区域筛选 第五节 甲基化数据实例分析
符合条 件的样 本列表
Advanced Search（高级搜索）
Epigenomics数据可视化
视图工具
Epigenomics数据下载
Epigenomics数据比较分析
输入要比较的数据ID
也可参考例子
Epigenomics的帮助文档
DNA甲基化数据的检测技术
引自Peter W. Laird（2010）
第一节 引言
表观遗传学的研究内容
引自PLoS Med. 2010 Oct 26;7(10):e1000356. Epigenetic epidemiology of common complex disease: prospects for prediction, prevention, and treatment.Relton CL, Davey Smith G.
Epigenomics是NIH Roadmap Epigenomics的重要组成部分，有 利于不同表观基因组研究机构之间的信息共享，促进了当前各 方面的表观遗传研究。
Epigenomics是当前较为全面的表观基因组数据库。该数据库提 供了DNA甲基化、组蛋白修饰等各种全基因组尺度的表观基因 组数据的存储、下载、可视化等功能。
符合条件的实验数目
特征 类型
分析 物种 类型
细胞 类型
组织 类型
细胞 系
细胞 群
分化 阶段
符合条
件的实 验列表
Browse Samples（搜索样本）
当前数据库所有实验数
实验关键词（如Cancer等）
物种
生物学来源
特征类型
符合条件的实验数目
样本 ID
物种
细胞 类型
组织 类型
细胞 系
细胞 群
分化 阶段
Epigenomics的使用
Epigenomics访问方式 Epigenomics数据搜索 Epigenomics数据可视化 Epigenomics数据下载 Epigenomics数据比较分析
Epigenomics访问方式
1、通过NCBI首页
htt2p、://w通w过w.地ncb址i.n直lm接.nih访.g问ov/epigenomics
新方法-----香农信息熵 香农信息熵是一种度量差异和不确定性的定量化指标。 开发定量筛选差异甲基化区域的方法(QDMR)。
方法
优化信息熵定量甲基化差异
方法
QDMR软件
QDMR的安装与使用
全基因组的甲基化检测
第四节 基于信息熵的甲基化数据分析
组 织 间 的 差 异 甲 基 化
癌 症 差 异 甲 基 化
非 肿 瘤 疾 病 的 甲 基 化 差 异
表观遗传标记
引自Manel Esteller（2011）
DNA甲基化的改变
DNA甲基化
差异甲基化区域
差异甲基化特征筛选方法
常用的方法 两样本 (T检验 、Z值、卡方检验) 多样本统计方法 (ANOVA 、Kruskall-Wallis) 多样本非统计方法 (Fan’s，Rakyan’s)
模型应用及评估
第三节 实验测定多样本DNA甲基化
DNA甲基化图谱绘制
Epigenomics
表观基因组学数据库
Epigenomics 表观基因组学数据库
/epigenomics
Epigenomics简介
NIH Roadmap Epigenomics
Epigenomics数据搜索
Browse Experiments（搜索实验） Browse Samples（搜索样本） Advanced Search（高级搜索）
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当前数据库所有实验数
）
实验关键词（如Cancer等）
物种
生物学来源
特征类型
实验 ID
计算表观遗传学
第二节 支持向量机预测DNA甲基化
DNA甲基化发生
甲基化对转录的调控
DNA甲基化影响转录的机制
1. DNA甲基化阻碍转录因子的结合 2．DNA甲基化识别染色质标记 3. DNA甲基化募集其他蛋白引起染色质沉默 4. DNA甲基化影响核小体定位
支持向量机预测DNA甲基化
Human histone modificationdatabase
http://www.methdb.de /dataportal /hhmd