GI number Accession number
版本号
Definition: 标题
/mrs
GenBank数据主要字段及其含义
字段
LOCUS ACCESSION DEFINITION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENTS MEDLINE FEATURES BASE COUNT ORIGIN //
二 级 数 据 库
/mrs
生物信息数据库的产生
染色体 基因组作图 核酸 序列测定 蛋白质序列 蛋白质 结构测定 蛋白质结构 数据库
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基因组图谱
基因组 数据库 生 物 信 息 学 数 据 库 工 具
ftp:///genbank/gbrel.txt
/Genbank/genbankstats
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GenBank收录的物种
/Taxonomy/txstat.cgi
MRS： Maarten’s Retrieval System
They are the Googles of the biological database world
/mrs
主要内容
1
2 3 MRS数据库检索系统介绍 MRS数据库检索系统的使用 MRS数据库检索系统的Blast功能 操作演示 问题讨论
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2.1 Swiss-Prot
SwissProt数据来源：
（1）从核酸数据库经过翻译推导而来； （2）从蛋白质数据库PIR挑选出合适的数据； （3）从科学文献中摘录；
（4）研究人员直接提交的蛋白质序列数据。
/mrs
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2.1 Swiss-Prot
所有条目都经过有经验的分子生物学家和蛋白质化 学家通过计算机工具并查阅有关文献资料仔细核实， 因此又称蛋白质专家库(ExPASy)。
SwissProt涉及已知蛋白质的功能、序列（包括 一些蛋白质片断序列）、结构域（如跨膜区等） 结构、翻译后修饰（如磷酸化与去磷酸化等） 及其位点、突变体等。 SwissProt蛋白质序列数据库在国际上比较权威， 一般任何蛋白质序列数据搜寻和比较都应从 SwissProt开始。
DNA序列
核酸序列 数据库
二 级 数 据 库 复 合 数 据 库
蛋白质序列 数据库
蛋白质结构
生物数据库的几个明显特征
数据库的更新速度不断加快，数据量呈指 数增长趋势 数据库使用频率增长更快
数据库的复杂程度不断增加
数据库网络化
面向应用
先进的软硬件配置
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/mrs
GenBank中20种测序最多的物种
mrs
（11年4月15日 第183.0版）
ftp:///genbank/gbrel.txt
Genbank数据格式
序列长度 数据类型
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数据库分类介绍2 蛋白质序列及相关数据库：
SwissProt： 经过注释的蛋白质序列数据库 trEMBL： 计算机注释的蛋白质数据库 UniProt： 整合的蛋白资源数据库 /
Interpro： 蛋白质结构域和功能位点的整合 数据库 /interpro/
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1.2 EMBL简介
EMBL数据库是，由德国海德堡的欧洲分子生物学实 验室（EMBL）创建，现由英国的欧洲生物信息学研 究所（EBI）维护管理。 包括多个子库：
表达序列标签（ESTs）、病毒（Viruses）、噬菌体 （Bacteriophage）、原核生物（Prokaryotes）、真菌 （Fungi）、植物（Plants）、无脊椎动物 （Invertebrates）、脊椎动物（Vertebrates）、啮齿动物 （Rodents）、哺乳动物（Mammals）、人类 （Human）、细胞器（Organelles）、高通量基因组序 列（HTG）等。
解释
序列名称、性质描述 序列接受号 序列定义 关键词 来源种属 来源分类 参文条目 参文作者 参文题目 参文出处 交叉索引 MEDLINE号 序列性质表头数据 碱基数目 序列开始标志 序列终止标志
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Termination line
/Genbank/
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Genbank数据增长情况
Genetic Sequence Data Bank April 15 2011 , Release 183.0 126,551,501,141 bases, from 135,440,924 reported sequences
注释的详尽程度
支撑数据
数据质量 集成性
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生物信息数据库的分类
一级数据库：
数据库中的数据直接来源于 实验获得的原始数据，只经 过简单的归类整理和注释
生物信息学数据库
二级数据库：
对原始生物分子数据进行整 理、分类的结果，是在一级 数据库、实验数据和理论分 析的基础上针对特定的应用 目标而建立的。 一 级 数 据 库
MRS ：整合的数据库检索系统
GeneBank
PDB
EMBL
MRS
Interpro
RefSeq
OMIM
Swiss-Prot
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MRS 目前整合的数据库
DBEST DSSP INTERPRO IPI
PROSITE
REBASE REFSEQ SPROT
2.2 TrEMBL
TrEMBL 是与SWISS-PROT相关的一个数据库。
包含从EMBL核酸数据库中根据编码序列(CDS)翻译而 得到的蛋白质序列，并且这些序列尚未集成到SWISSPROT数据库中。
TrEMBL有两个部分：
SP-TrEMBL(SWISS-PROT TrEMBL):包含最终将要集 成到SWISS-PROT的数据，所有的SP-TrEMBL 序列 都已被赋予SWISS-PROT的 登录号。 REM-TrEMBL(REMaining TrEMBL):包括所有不准备放 入SWISS-PROT的数据，因此这部分数据都没有登录 号。
目前整合了20多个重要的生物数据库，以后还将不断添加。
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数据库分类介绍1
核酸序列数据库：
Genbank：核酸序列数据库（美国生物技术信息中心）
/embl/
EMBL ： 核酸序列数据库（欧洲生物信息学研究所）
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4
5
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什么是MRS?
MRS是可以通过互联网直接连接的在线生物数据检 索平台。此平台整合了多种生物数据库，能够实 现生物数据的方便、快捷检索。
特点：
多数据库整合 数据实时性好 方便快捷 开放性好，容易整合新的数据库
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1.1 Genbank 简介
由位于马里兰州Bethesda的美国国立卫生 研究院（NIH）下属国立生物技术信息中心 （NCBI）建立和维护。
数据来源有三种：
直接来源于测序工作者提交的序列； 与其它数据机构协作交换的数据； 美国专利局提供的专利数据。
EMBL
ENZYME GenBank GO GOA GPCRDB HSSP
MIMIMAP
OMIM Oxford PDB PDBFinder2 PFAM PRINTS
TAXONOMY
TREMBL UNIGENE UNIPROT UNIUNIQ
通用检索系统
Search everywhere for everything
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生物学领域检索系统
Entrez：An integrated database search and retrieval system
SRS： Sequence Retrieval System
MRS数据库检索系统使用
第三军医大学生物信息中心
生物信息数据库
分子生物学 及相关领域研究人员 迅速获得最新实验数据
生物分子数据 高速增长
建立生物分子数据库
/mrs
对生物信息数据库的主要需求
时间性
1.5 面向基因聚类的数据库UniGene
UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的 序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一 基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以 便研究基因的转录图谱。
每个UniGene群包含:
代表一个唯一基因的多个序列，附有该基因相关的信 息， 如基因表达的组织类型、定位图谱 除了基因的序列之外，还包括大量的EST序列。
/Genbank/
dbEST： 表达序列标签数据库
/dbEST/
Refseq： 参考序列数据库（专家审核）
/RefSeq/
UniGene： 非冗余的基因数据库 /entrez/query.fcgi?db=unigene
/mrs
EMBL网站
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三大核酸序列数据库的关系
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1.3 表达序列标签数据库dbEST
DbEST是GenBank的一个部分，该数据库包括不 同生物的EST序列数据及其它相关信息，主要是 从大量不同组织和器官得到的短mRNA片段。
/mrs
1.4 参考序列数据库RefSeq
提供校正的序列数据和相关的信息，给同 行提供使用的标准 专家审核的核酸和蛋白质数据，提供高质 量的，无冗余的，完整的序列信息；
包括基因组的DNA,转录成的RNA以及蛋白 质序列信息。
/mrs
含义
Identifier Accession number Description Keywords Organism(species) Organism(classification) Reference number Reference authors Reference title Reference location Database cross-reference Medline number Feature table header data