在TMPred主页粘贴序列进行分析
分析蛋白质的跨膜区
直接输入http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED
采用的氨基酸标度 采用Tmbase作为跨膜蛋白数据库
最短和最长的跨膜螺旋疏水区长度 选择合适的输入格式
1、贴入蛋白质序列 2、选择合适的参数 3、运行计算
氨基酸数量 分子量 理论等电点
氨基酸组成
消光系数
预测半衰期 不稳定系数 脂肪氨基酸系数
GRAVY值
消光系数—反映了蛋白在特定波长下吸收可见光或 不可见光的能力，可用来测蛋白浓度。
不稳定系数—预测对应蛋白质在试验中稳定性。
小于40时，预测蛋白稳定
大于40时，预测蛋白不稳定
脂肪系数—计算球状蛋白脂肪族氨基酸侧链所占相 对体积，反映了蛋白质的热稳定性。
比对的数据库
该序列结构域信息 （PROSITE数据库信息）
图形化比对结果
可能匹配的序列列表
BLAST结果评价
Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是
对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来 说，匹配片段越长、 Score值越大，则相似性越高 。
E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或
选择“TMHMM”分析软件 （ http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/)
在TMHMM主页粘贴序列进行分析
分析蛋白质的跨膜区
直接输入 http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED
1、输入序列 2、运行软件
结果输出
1、胞外区 2、跨膜区 3、胞内区
选择“protparam”分析软件 （ /protparam/)
在protparam主页粘贴序列进行分析
计算蛋白质的氨基酸组成、等电点、 分子量、疏水性等
也可以直接输入 /protparam/
1、贴入蛋白质序列 2、运行计算
结果输出1
可能的跨膜区
相关性列表
起始 终止 得分 中心
位置 位置
位置
以P02699牛型 推荐备选模型 注意跨膜方向
结果输出3
图形化结果输出
横坐标为氨基酸位置，纵坐标为跨膜性得分
1.4.2. TMHMM：分析蛋白质跨膜区
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)
其跨膜区预 测位置和 TMpred预测 结果基本吻 合
1.5. SignaIP：分析蛋白质信号肽
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)
选择“SignaIP”分析软件 （ http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)
蛋白质序列分析
一、蛋白质一级结构分析
1、蛋白质序列比对 2、蛋白质的基本理化性质 3、疏水性分析 4、跨膜区预测 5、信号肽预测
EXPASY 资源预览
Database
EXPASY
Tools
•UniProtKB/Swiss-Prot •ENZYME •PROSITE •SWISS-2D PAGE •Swiss-Model Repository •etc
每个位置的得分
1.4.1. TMPred：分析蛋白质跨膜区
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)
选择“TMPred”分析软件 （ http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED/)
碱基）随机排列的序列进行打分，得到上述Score值的 概率的大小。E值越接近零，越不可能找到其它的匹配 序列，其背后的含义就是E值越小，则匹配度越好。
匹配序列的两两比对
1.2. ProtParam：蛋白质理化性质分析
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)
Gravy值—预测蛋白质的疏水性。Gravy值的范围在 -2 与2之间，正值表明此蛋白为疏水性蛋白，负值 表明为亲水蛋白。
1.3. ProtScale：分析蛋白质疏水性
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)
选择“ProtScale”分析软件 （ /protscale/)
选择“Blast”序列分析软件 （ /blast/ )
在blast主页粘贴序列进行分析
蛋白质的同源性
直接输入 /blast/
1、输入蛋白质序列
2、选择合适的数据库，限制物种
3、调整参数
4、运行Blast
1、贴入蛋白质序列 4、运行Blast
在ProtScale主页粘贴序列进行分析
分析蛋白质的疏水性
也可以直接输入 /protscale/
1、贴入蛋白质序列 2、选择合适的参数 3、运行计算
ProtScale参数设置 氨基酸标度
计算窗口7-11
是否归一化
相对权重值 相对权变化趋势
ProtScale结果输出
所用氨基酸标度信息 分析所用参数信息
图形化结果输出
>0值表示疏水性 <0值表示亲水性
横坐标为蛋白质氨基酸位置
氨基酸标度
表示氨基酸在某种实验状态下相对其他氨基酸在某些性质 的差异，如疏水性、亲水性等
Hphob. Kyte & Doolittle标度采用较为普遍
文本结果输出
最大最小值 分析所用参数信息
•Proteomics tool •Primary analysis •Sturcture prediction •Modification •Pattern search •Similarity search •etc
1.1. BLAST：分析蛋白质的同源性
进入ExPASy 的“Resource A…Z”网页 （/resources)