第01卷出版（日本）：1994年6月18日[2] ISBN 4-09-123371-61 现代的福尔摩斯（平成のホームズ，Heisei no Hōmuzu）2 变成小孩子的名侦探（小さくなった名探偵，Chīsaku natta meitantei）3 失去声援的名侦探（仲間はずれの名探偵，Nakama hazure no meitantei）4 第6个的烟囱（6本目の煙突，Ropponme no entotsu）5 另一个歹徒（もう一人の犯人，Mō hitori no han'nin）6 迷糊侦探变成名侦探（迷探偵を名探偵に，Meitantei o meitantei ni）7 沾血的青春偶像（血ぬられたアイドル，Chi nurareta aidoru）8 和你相像的人（あなたに似た人，Anata ni nita hito）9 不幸的误会（不幸な誤解，Fukō na gōkai）对应动画版：1 云霄飞车杀人事件（动画第1话）2-5 董事长千金绑架事件（动画第2话）6-9 偶像密室杀人事件（动画第3话）为了庆祝毛利兰获得东京都空手道大赛冠军，工藤新一和小兰去了游乐园，结果在云霄飞车上遇到了杀人事件，事件解决后，新一跟踪可疑的黑衣男子并目击了他们的交易，但被同伙从背后攻击，灌下实验中的毒药变成小孩。
变成小孩后为隐藏身份化名江户川柯南，在阿笠博士的提议下，寄住在私家侦探毛利小五郎家中。
之后又解决了董事长千金绑架事件和偶像密室杀人事件。
第02卷出版（日本）：1994年7月18日[4] ISBN 4-09-123372-410 好赚的跟踪（割のいい尾行，Wari no ii bikō）11 完美的不在场证明（完璧なアリバイ，Kanpeki na aribai）12 照片说话了（写真は語る，Shashin wa kataru）13 行踪不明的男子（行方不明の男，Yukue fumei no otoko）14 可怜的少女（かわいそうな少女，Kawaisō na shōjo）15 追踪高大的男子（大男を追え!，Ō otoko o oe!）16 象恶魔一样的女人（悪魔のような女，Akuma no yō na onna）17 恐怖的鬼屋（恐怖の館，Kyōfu no yakata）18 消失的孩子们（消える子供達，Kieru kodomo-tachi）19 地下室的恶梦（地下室の悪夢，Chikashitsu no akumu）对应动画版：10-12 红鬼村火祭杀人事件（动画第38话）13-16 奇怪的寻人事件（动画第13话）17-19 鬼屋杀人事件（动画第20话）毛利小五郎接到委托去跟踪一名男子，任务完成的第二天却发现了那名男子烧焦的尸体，最大的嫌疑人却有着完美的不在场证明……毛利小五郎接到一个女孩广田雅美的委托去寻找父亲，找到后第二天他竟吊死在家里，还发现有另一名侦探接到了同样的委托……柯南和他的小学同学去一间闹鬼的屋子探索，接连发生奇怪的事情，原来有人还住在那里……第03卷出版（日本）：1994年10月18日[5] ISBN 4-09-123373-220 旗本家一族（籏本家の一族，Hatamoto-ke no ichizoku）21 密室的秘密（密室の秘密，Misshitsu no himitsu）22 遗产的去向（遺産の行方，Isan no yukue）23 一族灭门（一族抹殺，Ichizoku massatsu）24 黑暗中的杀手（暗闇の仕掛人，Kurayami no shikakenin）25 无法实现的梦（かなわぬ夢，Kanawanu yume）26 来路不明的赠礼（奇妙な贈り物，Kimyō na okurimono）27 同一人物（同一人物，Dōitsujinbutsu）28 8月3日之谜（8月3日の謎，Hachi-gatsu mikka no nazo）29 千钧一发（眼前セーフ，Ganzen sēfu）对应动画版：20-25 豪华客轮连续杀人事件（动画第22-23话）26-29 每月一件礼物威胁事件（动画第7话）假日里，小五郎、小兰和柯南上了即将举行婚礼的旗本家的豪华客船，不料发生了杀人事件，新郎成为了嫌疑人被家人关了起来，但是接下来又发生了第二起杀人事件……一名外科医生从两年前开始每月都收到未署名的钱和使用过的玩具，于是找小五郎求助……第04卷出版（日本）：1995年2月18日[6] ISBN 4-09-123374-030 盔甲骑士（甲冑の騎士，Kacchū no kishi）31 遗书之谜（ダイイング・メッセージ，Daīngu messēji）32 原子笔之谜（書けないペン，Kakukenai pen）33 风声跃起的二人组（はちあわせた二人組，Hachiawaseta futarigumi）34 特色车厢上的四个人（グリーン車の四人，Gurīn-sha no yonin）35 倒数10秒的恐怖（ラスト10秒の恐怖，Rasuto jū byō no kyōfu）36 意外的藏宝图（暗号表入手!!，Angō hyō nyūshu!!）37 译解暗号的ABC（暗号解読のABC，Angō kaidoku no ABC）38 解答与另一个解答（答えもうひとつの答，Kotae to mō hitotsu no kotae）39 发光的鱼之谜（光る魚の正体，Hikaru sakana no shōtai）对应动画版：30-32 美术馆杀人事件（动画第8话）33-35 新干线大爆破事件（动画第5话）36-39 大都会暗号地图事件（动画第4话）美术馆的保安在晚上看见中世纪的铠甲走动，兰为了知道真相而和小五郎、柯南一起去了美术馆，却发生杀人事件，通过监控录像看到穿着铠甲的犯人模仿一副画的场景杀人……柯南在新干线列车上看到了黑衣人，于是装了窃听器，听到了他们炸新干线的计划……柯南和同学们偶然获得了一张暗号，怀疑是藏宝图，于是在东京到处寻找暗号上的地点，找到后却落入意大利的强盗团手中……第05卷出版（日本）：1995年4月18日[7] ISBN 4-09-123375-940 裹着绷带的怪男子（怪人...包帯の男，Kaijin... hōtai no otoko）41 第一个受害者（第一の犠牲者!，Daīchi no giseisha!）42 面临危机的小兰（蘭ピンチ!，Ran pinchi!）43 暗夜的袭击（暗闇の襲撃!，Kurayami no shūgeki!）44 杀人魔的真面目（殺人鬼の正体!，Satsujinki no shōtai!）45 卡拉OK杀人事件（カラオケ殺人!，Karaoke satsujin!）46 是他杀还是自杀（自殺か他殺か?，Jisatsu ka tasatsu ka?）47 隐藏在歌曲内的谜团（歌に秘められた謎，Uta ni himerareta nazo）48 擦肩而过的两人（すれちがい...，Surechigai...）49 陌生的访客（見知らぬ来訪者。
，Mishiranu raihōsha.）50 逃脱、寻线、追踪三部曲（脱出そして追跡。
，Dasshutsu soshite tsuiseki.）对应动画版：40-44 山庄绷带怪人杀人事件（动画第34-35话）45-48 啦OK厅杀人事件（动画第42话）49-51 江户川柯南诱拐事件（动画第43话）（未完）柯南和小兰来到铃木园子的别墅，别墅内正有园子的姐姐的大学同学聚会，他们看到了裹着绷带的男子，接下来又发现了其中一人被分尸的尸体……园子获得和超人气组合REX一起唱卡拉OK的机会。
小兰和柯南也受邀一同前去，REX的主唱木村达也唱完后却被毒死了……一位自称柯南母亲的女人来到毛利侦探事务所，将柯南带走并绑架，她竟然知道柯南的真实身份……第06卷出版（日本）：1995年7月18日[8] ISBN 4-09-123376-751 面具下的真相（仮面の下の真実，Kamen no shita no shinjitsu）52 3名拜访者（三人の訪問客?，San'nin no hōmonkyaku?）53 3人的不在场证明（三人のアリバイ，San'nin no aribai）54 电话答录机之谜（留守番電話の謎，Rusuban denwa no nazo）55 柜子的秘密（タンスの言葉，Tansu no kotoba）56 少年侦探队成军（結成!少年探偵団，Kessei! Shōnen tantei-dan）57 谜样的两兄弟（ナゾの兄弟，Nazo no kyōdai）58 尸体消失之谜（動く死体の謎，Ugoku shitai no nazo）59 祭典之夜（祭りの夜，Matsuri no yoru）60 无懈可击的不在场证明（アリバイは完璧!?，Aribai wa kanpeki!?）对应动画版：51 江户川柯南诱拐事件（动画第43话）（续）52-55 古董收藏家杀人事件（动画第16话）56-58 消失的尸体（动画第15话）59-60 天下第一夜祭杀人事件（动画第9话）（未完）小五郎去一位古董收藏家的家里交外遇调查报告，委托人中途离开，然后被杀，墙上、家具上甚至天花板上划满刀痕……元太和柯南他们组成少年侦探团，接到的第一个案件是寻找猫咪，随后从窗户看到一户人家的浴室里有尸体，报警后等警察赶到尸体却消失了……柯南、小兰、小五郎去参加天下第一夜祭，中途遇到一位男子请求帮忙拍照，随后警察将这位男子以杀人事件嫌疑人的身份带走，但他却有完美的不在场证明……第07卷出版（日本）：1995年11月18日[9] ISBN 4-09-123377-561 照片内的陷阱（写真のワナ，Shashin no wana）62 月影岛的邀请函（月影島への招待状，Tsukikage-jima e no shōtaijō）63 钢琴的诅咒（ピアノの呪い，Piano no noroi）64 秘密乐谱（残された楽譜，Nokosareta gakufu）65 烈火中的秘密（業火の秘密，Gōka no himitsu）66 染血的案件（血染めのボタン，Chizome no botan）67 名字的秘密（名前の秘密!!，Namae no himitsu!!"）68 新一的恋人（新一の恋人!!，Shinichi no koibito!!）69 名侦探小兰（名探偵蘭!?，Meitantei Ran!?）70 性命攸关（命の時間切れ!?，Inochi no taimu rimitto!?）对应动画版：61 天下第一夜祭杀人事件（动画第9话）（续）62-67 钢琴奏鸣曲“月光”杀人事件（动画第11话，1小时特别版）68-70 职业足球选手恐吓事件（动画第10话）（未完）小五郎接到一个叫麻生圭二的人的邀请到月影岛，但到了之后却发现此人十年前就死了，在钢琴奏鸣曲“月光”的伴奏下发生了连续杀人事件……一位慌称是新一恋人的女子赤木量子拜访毛利侦探事务所，于是兰和柯南去她家调查……第08卷出版（日本）：1995年12月9日[10] ISBN 4-09-123378-371 水落石出（ついに見つけた!!，Tsui ni mitsuketa!!）72 暗夜男爵（闇の男爵，Naito baron）73 可怕的病毒（恐怖のウイルス，Kyōfu no uirusu）74 面具之下（仮面の下，Kamen no shita）75 小兰的眼泪（蘭の涙，Ran no namida）76 风的恶作剧!?（風のいたずら!?，Kaze no itazura!?）77 落下地点的秘密（落下地点の秘密，Rakka chiten no himitsu）78 新婚的悲剧（花嫁の悲劇，Hanayome no higeki）79 禁果般的柠檬茶!?（禁断のレモンティー!?，Kindan no remon tī!?）80 杀人的理由（殺しの理由，Koroshi no riyū）对应动画版：71 职业足球选手恐吓事件（动画第10话）（续）72-77 暗夜公爵杀人事件（动画第68-70话）78-80 六月新娘杀人事件（动画第18话）柯南等人代替阿笠博士参加“伊豆神秘之旅”，找出伪装成暗夜公爵犯案的主办人就可以免费住宿，并获得一个包含某种程序的磁盘，但是却发生了真实的案件……兰等人去参加中学老师松本小百合的结婚仪式，但是小百合在喝她喜欢的柠檬茶时突然吐血倒地……第09卷出版（日本）：1996年1月18日[11] ISBN 4-09-123379-181 危险的捉迷藏（危ないかくれんぼ，Abunai kakurenbo）82 追逐声音（声を追え!!，Koe o oe!!）83 怎么会这样!?（えっ!本当!?，Ē! Hontō!?）84 小五郎的社团同学会（小五郎の同窓会，Kogorō no dōsō-kai）85 意外的启发（意外なヒント，Igai na hinto）86 弁庆的金刚立姿（弁慶の仁王立ち，Benkei no niōdachi）87 选婿盛宴（花婿選び，Hanamuko erabi）88 悄悄逼近的黑影（忍び寄る影，Shinobi yoru kage）89 第2具尸体（死体がもうひとつ...，Shitai ga mō hitotsu...）90 借水杀人（無差別殺人!?，Musabetsu satsujin!?）对应动画版：81-83 步美被绑架了（动画第12话）84-86 小五郎同学会杀人事件（动画第26-27话）87-90 企业家千金杀人事件（动画第40-41话）（未完）少年侦探团在公园完捉迷藏，步美躲进了一辆汽车的后备箱，竟在其中发现了一个被砍下的人头，随后汽车突然发动，侦探团开始追寻步美……小五郎参加大学时柔道社的同学会，原本快乐的同学会却有曾担任柔道社经理的女子握着枪死去……毛利等人参加完四井集团会长千金丽花的生日派对要回去时，客人们的汽车突然爆炸了，随后有一人被溺死，小兰也遭到袭击……第10卷出版（日本）：1996年4月18日[12] ISBN 4-09-123380-591 用水混淆时间的诡计（水の時間差トリック，Mizu no jikan-sa torikku）92 西方的名侦探（西の名探偵，Nishi no meitantei）93 两人的名推理（二人の推理，Daburu no suiri）94 东部的名侦探（東の名探偵...!?，Higashi no meitantei...!?）95 东部的名侦探现身（東の名探偵現る!?，Higashi no meitantei arawaru!?）96 浑身发热（熱いからだ，Atsui karada）97 潜伏身后的杀人魔（忍び寄る殺人鬼，Shinobi yoru satsujinki）98 另一位乘客（もう一人の乗客，Mō hitotsu no jōkyaku）99 暴风雪里的惨案（吹雪が呼んだ惨劇，Fubuki ga yonda sangeki）100 最后的遗言（最後の言葉，Saigo no kotoba）对应动画版：91 企业家千金杀人事件（动画第40-41话）（续）92-95 外交官杀人事件（动画第48-49话）96-98 图书馆杀人事件（动画第50话）99-100 雪山山庄杀人事件（动画第46话）（未完）关西名侦探服部平次来访，同时，一位外交官的妻子来委托小五郎调查儿子的女朋友，他们去了外交官的家里，却发现外交官已经死了，于是两个名侦探开始了推理对决……图书馆的职员失踪，柯南觉得可疑就和侦探团一起潜入图书馆调查……小五郎等人去滑雪，却不慎弄丢了出租别墅的钥匙，医学教授大山将邀请他们去了他自己的别墅，第二天，大山将以反绑了手的姿势被杀害……第11卷出版（日本）：1996年7月18日[13] ISBN 4-09-125041-6101 会说话的桌布（話すテーブルクロス，Hanasu tēburu kurosu）102 现场直播时之死（生放送中の死，Namahōsō-chū no shi）103 虚幻之路（幻の道，Maboroshi no michi）104 临时推理秀（緊急推理ショー，Kinkyū suiri shō）105 重要的人!?（大事な人!?，Daiji na hito!?）106 凶器的下落（凶器のありか，Kyōki no arika）107 二道迷（二つの謎，Futatsu no nazo）108 修行室（修行の間，Shugyō no ma）109 樱花与壁上的洞（桜と壁の穴，Sakura to kabe no ana）110 浮在空中的力量（宙に浮く力，Chū ni uku chikara）对应动画版：101 雪山山庄杀人事件（动画第46话）（续）102-104 电视台杀人事件（动画第31话）105-107 咖啡店杀人事件（动画第32话）108-110 雾天狗传说杀人事件（动画第52话）小五郎被邀请参加电视直播，之后制作人诹访道彦在会议室被枪杀，但是最有嫌疑的主持人却没有时间到达现场……小兰谎称和新一约会去了咖啡店，柯南便偷偷跟去调查她约会的对象，在小兰离开的时候，有人在厕所发现了尸体……小五郎一家开车上山赏樱花，车却爆胎了，于是来到了一间寺庙。