pbs常用命令和选项
2009-05-01 22:24一、基本选项
pbs是Protable Batch System的缩写，是一个任务管理系统。

当多个用户使用同一个计算资源时，每个用户用PBS脚本提交自己的任务，由PBS对这些任务进行管理和资源的分配。

下面是一个简单的PBS脚本：
#PBS -l nodes=20
#PBS -N snaphu
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l cput=1:00:00
#PBS -q dque
cd $PBS_O_WORKDIR
cat $PBS_NODEFILE $PBS_NODEFILE> NODEFILE
mpirun -hostfile NODEFILE -np `cat NODEFILE |wc -l` ./mpiTest
将这个脚本保存成submit
然后qsub submit就将这个mpiTest的任务提交给了系统。

脚本中#PBS为脚本选项，用于设置一些参数。

#PBS -l表示资源列表，用于设定特定任务所需的一些参数。

这里的NODES表示并行环境下可以使用的节点数，而walltime表示任务最大时限，而cput表示cpu时间的最大时限，运行时间和cpu使用时间超过对应的时限，任务就会以超时退出。

这三个参数不是PBS脚本参数，而是并行环境所需的参数。

#PBS -N表示任务名称
#PBS -j表示系统输出，如果是oe，则标准错误输出(stderr)和标准输出(stdout)合并为stdout，如果是eo，则合并为stderr，如果没有设定或设定为n，则stderr和stdout分开。

#PBS -q表示当前任务选用的队列。

在并行环境下，一个系统中往往有多个队列，任务提交后，将在所选的队列中排除等候。

系统中有哪些队列可以用qstat -q查看。

二、简单命令
任务提交后，需要查看任务信息和环境信息，有如下常用命令。

qstat 查看本用户提交的任务
qstat -n 同上，输出内容稍有不同
qstat -q 查看系统中所有的队列，以及每个队列中任务的运行和等候情况。

showq 查看系统中所有运行的任务。

qdel id 删除JOBNAME为id的任务。

该任务如果在等待，则可以有这个命令删除，如果已经开始运行，则无法删除。

三、参数传递
qsub submit -l nodes=4 -v x=1,y=2
其中，-l nodes=4本来就是一个#PBS选项，既可以放在submit文件中，又可以放到命令行上。

-v x=1,y=2为一个变量列表，和shell命令一样，在submit文件中可以用$x,$y来调用这两值。