《Perl语言入门实战习题》一、计算FASTA文件中每条序列的长度；输入文件，FASTA格式：注：如果输入文件在windows下产生，在Linux系统下操作时，宜先用dos2unix处理：用法：dos2unix 输入文件输出文件：Perl代码：#!/usr/bin/perl -wuse strict;unless (@ARGV==2) { # @ARGV 传给脚本的命令行参数列表die"Usage: perl $0 <input.fa> <out.len>\n"; # 当命令行参数不是2的时候输出使用说明}my ($infile,$outfile) = @ARGV; # 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件open IN,$infile || die"error: can't open infile: $infile"; # 打开输入文件句柄INopen OUT,">$outfile" || die$!; # 打开输出文件句柄OUT$/=">";<IN>; # 设置输入记录分隔符为”>”，并去除第一个”>”while ( my $seq = <IN>){ # 把序列ID行和序列赋值给$seqmy $id = $1 if($seq =~ /^(\S+)/); # 获取序列IDchomp $seq; # 去掉末尾的”>”$seq =~ s/^.+?\n//; # 删除第一行$seq =~ s/\s//g; # 删除序列中的空白字符my $len = length($seq); # 计算序列长度print OUT "$id\t$len\n"; # 输出结果到输出文件}$/="\n"; # 把输入记录分隔符改为默认值close IN; # 关闭输入文件句柄close OUT; # 关闭输出文件句柄二、计算FASTA文件中每条序列的GC含量；输入文件同上，输出文件：Perl代码：#!/usr/bin/perl -wuse strict;unless (@ARGV==2) {# @ARGV 传给脚本的命令行参数列表die"Usage: perl $0 <input.fa> <out.gc>\n";# 当命令行参数不是2的时候输出使用说明}my ($infile,$outfile) = @ARGV;# 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件open IN,$infile || die"error: can't open infile: $infile";# 打开输入文件句柄INopen OUT,">$outfile" || die$!;# 打开输出文件句柄OUT$/=">";<IN>;# 设置输入记录分隔符为”>”，并去除第一个”>”while (<IN>){# $_=<IN>，把序列ID行和序列赋值给$_，$_= 可以省略不写my $id = $1 if(/^(\S+)/);# 获取序列IDchomp; # 去掉末尾的”>”s/^.+?\n//;# 删除第一行s/\s//g; # 删除序列中的空白字符my $GC = (tr/GC/GC/);#计算G或C碱基个数my $AT = (tr/AT/A T/);#计算A或T碱基个数my $len = $GC + $AT;# 计算序列非N长度my $gc_cont = $len ? $GC / $len : 0; #计算GC含量，如果长度为0，GC含量算0 print OUT "$id\t$gc_cont\n"; # 输出结果到输出文件}$/="\n";# 把输入记录分隔符改为默认值close IN; # 关闭输入文件句柄close OUT;# 关闭输出文件句柄三、求反相互补序列；输入文件同上，输出文件也是FASTA格式Perl代码：#!/usr/bin/perl -wuse strict;unless (@ARGV==2) {# @ARGV 传给脚本的命令行参数列表die"Usage: perl $0 <input.fa> <out.gc>\n";# 当命令行参数不是2的时候输出使用说明}my ($infile,$outfile) = @ARGV;# 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件open IN,$infile || die"error: can't open infile: $infile";# 打开输入文件句柄INopen OUT,">$outfile" || die$!;# 打开输出文件句柄OUT$/=">";<IN>;# 设置输入记录分隔符为”>”，并去除第一个”>”while (<IN>){# $_=<IN>，把序列ID行和序列赋值给$_，$_= 可以省略不写my $id = $1 if(/^(\S+)/);# 获取序列IDchomp; # 去掉末尾的”>”s/^.+?\n//;# 删除第一行s/\s//g; # 删除序列中的空白字符$_ = reverse $_; # 序列方向tr/ATCG/TAGC/; # 序列互补print OUT ">$id\n",$_,"\n"; # 输出结果到输出文件}$/="\n";# 把输入记录分隔符改为默认值close IN; # 关闭输入文件句柄close OUT;# 关闭输出文件句柄四、列表信息整合；输入列表1：序列长度文件输入文件2：序列测序覆盖深度文件输出文件：把上述两个列表的信息整合成一个列表，并且最后一行给出汇总结果：Perl代码#!/usr/bin/perl -wuse strict;(@ARGV==3) || die"Usage: perl $0 <list1> <list2> <combine.list>\n";# 当命令行参数不是3的时候输出使用说明my ($infile1,$infile2,$outfile) = @ARGV;# 把命令行参数赋值给输入文件1、输入文件2和输出文件my %id_len; # 定义一个哈希open IN1,$infile1 || die$!; # 打开第一个文件句柄while(<IN1>){my ($id,$len) = split /\s+/,$_; # split函数用空白符号切割每一行的内容$id_len{$id} = $len; # 哈希赋值：id => length}close IN1; # 关闭第一个文件句柄open IN2,$infile2 || die$!; # 打开第2个文件句柄open OUT,">$outfile" || die$!; # 打开输出文件句柄my $tol_len = 0; # 定义总长度变量，并赋值为0my $tol_depth = 0; # 定义总深度变量，并赋值为0while (<IN2>){my ($id,$depth) = split; # split函数用空白符号切割每一行的内容my $len = $id_len{$id}; # 序列长度print OUT join("\t",$id,$len,$depth),"\n"; # 输出整合信息到输出文件$tol_len += $len; # 长度累加$tol_depth += $len * $depth; # 深度累加}$tol_depth /= $tol_len; # 计算总体平均深度print OUT "Total\t$tol_len\t$tol_depth\n"; # 输出汇总结果到输出文件close IN2; # 关闭第二个输入文件句柄close OUT; # 关闭输出文件句柄五、串流程；Perl在工作中常用于串流程，现有同事写了3个perl脚本分三步将输入文件，infile.txt处理成最终的final.result：第1步：perl step1.pl infile.txt output1第2步：perl step2.pl infile.txt output2第3步：perl step3.pl output1 output2 final.result为提高工作效率，现需要写一个脚本使用infile.txt 作为输入文件，直接得到final.result，中间产生的文件结果不保留。

#!/usr/bin/perl -wuse strict;unless (@ARGV==2) {# @ARGV 传给脚本的命令行参数列表die"Usage: perl $0 <infile> <out.result>\n";# 当命令行参数不是2的时候输出使用说明}my ($infile,$outfile) = @ARGV;# 把命令行参数赋值给输入文件和输出文件my $temp_file = “temp.$$”; # 临时文件，$$为进程号，这样可以保证文件名字的唯一性system“perl step1.pl $infile $temp.1perl step2.pl $infle $temp.2perl step3.pl $temp.1 $temp.2 $outfilerm $temp.1 $temp.2”#使用system调用3个perl脚本进行处理。