129 来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件★B========================灰原哀登场162 飞天密室工藤新一最初的事件★S========================经典案件166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）X========================经典案件167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）X168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）X170 黑暗中的死角(前编) ==================新出医生登场171 黑暗之中的死角(下集)176 与黑暗组织的再会（灰原篇）B========================皮斯可登场，在后面多次提到177 与黑暗组织的再会（柯南篇）B178 与黑暗组织的再会（解决篇）B184 诅咒假面的冷笑★◆========================经典案件189 危命的复活名侦探负伤记X==================与FBI埋伏笔，新出医生形迹可疑190 危命的复活第三个选择X191 危命的复活黑衣骑士X/S192 危命的复活新一回来了X/S193 危命的复活约定的地点S212 蘑菇、熊与侦探队（前篇）========================经典案件213 蘑菇、熊与侦探队（后篇）217 目暮警官尘封在内心里的秘密（前篇）========================目暮戴帽子的原因218 目暮警官尘封在内心里的秘密（后篇）2001年（219－262）219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德★S/K========================经典案件220 满口谎言的委托人（前篇）========================服部母亲登场221 满口谎言的委托人（后篇）X222 人鱼失踪记（事件篇）X========================经典案件223 人鱼失踪记（推理篇）X224 人鱼失踪记（解决篇）X226 格斗游戏的陷阱（前篇）F========================疑似黑之组织人员茱蒂登场，枪法很好227 格斗游戏的陷阱（后篇）F230 神秘的乘客（前篇）B/F========================疑似黑之组织人员赤井秀一登场，新出医生保护柯南，茱蒂说出经典台词231 神秘的乘客（后篇）B/F238 大阪3K事件（前篇）X========================经典案件239 大阪3K事件（后篇）X249 偶像们的秘密（前篇）========================毛利案件250 偶像们的秘密（后篇）258 来自芝加哥的男子（前篇）F========================詹姆斯登场259 来自芝加哥的男子（后篇）F2002年（263－303）263 大阪双重谜团浪花剑士和太阁城★X========================经典案件服部父亲登场269 犯罪的遗物（前篇）270 犯罪的遗物（后篇）F================赤井秀一监视毛利侦探事务所271 情急之下的应变之道（前篇）F272 情急之下的应变之道（后篇）B/F=============提到FBI274 幽灵屋的真相（前篇）B275 幽灵屋的真相（后篇）277 英语教师VS西部名侦探（前篇）F/X========================怀疑茱蒂是组织里的人而进行的侦查278 英语教师VS西部名侦探（后篇）F/X284 中华街的雨中幻影（前篇）F========================经典案件+引出下集285 中华街的雨中幻影（后篇）286 工藤新一纽约事件（事件篇）B/S================组织贝尔摩德登场，为贝尔摩德放过新一埋伏笔287 工藤新一纽约事件（推理篇）B/S288 工藤新一纽约事件（解决篇）B/S/F301 恶意与圣者的游行（前篇）========================引出304302 恶意与圣者的游行（后篇）2003年（304－344）304 震动的警视厅1200万名人质★========================经典案件307 遗留下来的无声证言（前篇）B=====================程序制作师板仓死亡，引出下集308 遗留下来的无声证言（后篇）B/F309 与黑色组织的接触（交涉篇）B/F========================引出黑之组织在制作某种伟大的药物的信息310 与黑色组织的接触（追踪篇）B311 与黑色组织的接触（决死篇）B/F323 服部平次一筹莫展！（前篇）X========================经典案件324 服部平次一筹莫展！（后篇）X325 火焰中的红马（事件篇）X========================经典案件326 火焰中的红马（搜查篇）X327 火焰中的红马（解决篇）X333 相似的两位公主（前篇）========================经典案件，引出下集334 相似的两位公主（后篇）335 东都现象所的秘密（前篇）F========================赤井秀一跟踪灰原哀，暗示赤井秀一和灰原哀有关336 东都现象所的秘密（后篇）F338 四辆保时捷（前篇）F====================新出医生注意灰原哀，茱蒂注意到灰原哀339 四辆保时捷（后篇）F/B340 厕所里隐藏的秘密（前篇）B====================灰原哀母亲给灰原的录音，后面多次提到。

341 厕所里隐藏的秘密（后篇）B343 便利商店的陷阱（前篇）F============茱蒂辞去帝单高中老师344 便利商店的陷阱（后篇）F============兰发现茱蒂偷拍的照片2004年（345－383）345 与黑衣组织直面对决满月之夜的双重谜案★F/B/X========================解谜茱蒂、赤井秀一、詹姆斯均为FBI探员，解谜茱蒂儿时身世，解谜贝尔摩德假扮新出医生调查灰原哀，FBI正式和柯南站在同一队伍上346 寻找屁股上的印记（前篇）F================接上集扫尾347 寻找屁股上的印记（后篇）F356 怪盗基德令人惊异的空中漫步★K========================经典案件2005年（384－424）385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（前奏曲）======================柯南回忆出黑之组织boss的手机邮件地址386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（间奏曲）387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（尾奏曲）421 银杏色的初恋（前篇）========================阿笠博士的恋爱故事422 银杏色的初恋（后篇）2006年（425－459）425 黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间★B/F/C========================组织基尔水无怜奈登场，后昏迷被FBI控制，提升赤井秀一故事中的地位429 无法回头的二人（前篇）C=======================本堂瑛佑登场430 无法回头的二人（后篇）2007年（460－490）462 黑暗组织的影子小小的目击者B/F/C463 黑暗组织的影子奇妙的照明464 黑暗组织的影子谜样的高额报酬 B465 黑暗组织的影子珍珠流星 B484 黑色照片的去向（前篇）B/X========================调查基水无怜奈485 黑色照片的去向（后篇）B/C490 服部平次VS工藤新一滑雪场的推理对决★X/S========================工藤服部小时候的趣事2008年（491－520）491 红与黑的碰撞开端B/F/X/C========================提升赤井秀一故事中的地位，水无怜奈苏醒，揭秘水无怜奈身份为CIA探员卧底，是堂本圭佑的姐姐，堂本圭佑接受证人保护计划，水无怜奈作为卧底回到组织，赤井秀一殉职492 红与黑的碰撞血缘B/F/C493 红与黑的碰撞绝叫B/F/C494 红与黑的碰撞冥土B/F/C495 红与黑的碰撞昏睡B/F/C496 红与黑的碰撞侵入B/F/C497 红与黑的碰撞觉醒B/F/C498 红与黑的碰撞搅乱B/F/C499 红与黑的碰撞伪装B/F/C500 红与黑的碰撞遗言B/F/C501 红与黑的碰撞嫌疑B/F/C502 红与黑的碰撞洁白B/F/C503 红与黑的碰撞决死B/F/C504 红与黑的碰撞殉职B/F/C509 红白黄色与侦探团F/C========================水无怜奈提供消息，组织派了卧底波本潜入毛利身边调查灰原。

冲矢昴登场，波本嫌疑人之一511 推理对决！新一VS冲矢昴========================提升冲矢昴故事地位515 怪盗基德的瞬间移动魔术★X/K========================经典案件516 风林火山迷宫的铠甲武士★X========================经典案件517 风林火山阴和雷霆的对决X2009年（521－561）551 犯人是元太的父亲（前篇）========================元太父亲登场，经典案件552 犯人是元太的父亲（后篇）558 死亡之馆赤壁（三顾之礼）========================经典案件559 死亡之馆赤壁（掌中之物）560 死亡之馆赤壁（死者孔明）561 死亡之馆赤壁（空城之计）2010年（562－601）563 侦探团VS强盗团（骚乱）F/C=====================伤疤赤井秀一登场564 侦探团VS强盗团（沉默） F578 召唤危机的红色前兆F=======================组织得知赤井秀一可能没死，决定设计狙击伤疤赤井579 黑与13的暗示B/F/C580 逼近的黑色时刻B/F/C581 红色的摇摆目标B/F/C2011年（602－641）616 福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子）S========================新一第一次去伦敦，与小兰表白617 福尔摩斯的默示录（Love is 0）S618 福尔摩斯的默示录（撒旦）S619 福尔摩斯的默示录（Code break）620 福尔摩斯的默示录（草场女王）621 福尔摩斯的默示录（0 is Start）S2012年（642－）646 幽灵旅馆的推理对决（前篇）================世良真纯登场，波本嫌疑人之二647 幽灵旅馆的推理对决（后篇）648 侦探事务所笼城事件（勃发）================世良转入帝单高中649 侦探事务所笼城事件（狙击）650 侦探事务所笼城事件（解放）651 柯南VS平次东西侦探推理对决★F/X==================提升世良地位652 毒药与幻影的设计（EYE）X653 毒药与幻影的设计（S）X654 毒药与幻影的设计（Poison）X655 毒药与幻影的设计（Illusion）X656 博士的视频网站（前篇）=================冲矢昴、世良关注着阿笠博士家的情况657 博士的视频网站（后篇）。