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1 超分子化学基础

应用有机化学超分子化学研究由两种以上的化学物质(分子、离子等)借分第一章 超 分 子 化 学 基 础子间力相结合而形成的超分子实体,这种有一定组 织构造的实体具有很好设定的性能。

分子化学:共价键的化学Wöhler合成尿素;Robert B. Woodward 和Albert Eschenmoser 在上百位合作者的参与下合成维他命B12超分子化学: 分子间键的化学,其目标是控制分子 间价键。

从分子化学到超分子化学:分子、超分子、分子和超分子器件三位超分子化学研究方面的科学家 获得1987年的 年的Nobel化学奖 获得 年的 化学奖美国的C. 美国的 J. Pederson、D. J. Cram教授 、 教授 法国的J. 教授。

法国的 M. Lehn教授。

教授11967 年Pederson 等第一次发现了冠醚。

原先想合成的是一个非环聚醚(多元醚),但在纯化过程中分离出极少 量产率仅0.4%的丝状有纤维结构并不溶于羟基溶剂的白色晶体。

受好奇心 驱使,他进行了深入研究,发现它是一种大环聚醚,即命名为冠醚,它是 由于非环聚醚前体与碱金属离子配位结合,阳离子使配体预组织后更有利 于环化而形成的。

这可以说是第一个在人工合成中的自组装作用。

Pederson 诺贝尔演说的题目就是“冠醚的发现”,他提到要是当年忽略了这 种并非期待的杂质,他可能就与冠醚失之交臂。

O O O O O O杯芳烃杯芳烃:苯酚衍生物与甲醛反应得到的一类环状缩合物。

杯芳烃:苯酚衍生物与甲醛反应得到的一类环状缩合物。

分子形状与希腊圣杯( 分子形状与希腊圣杯(Calixcrater)相似 )IUPAC: 含-O(CH2CH2O)n-结构的环状聚醚化合物 简称为(王)冠醚化合物(Crown ether)Cram 诺贝尔演说的题目是“分子主客体以及它们的配 合物的设计”。

受到酶和核酸的晶体结构以及免疫系统专一性的启发,从1950 年代起就想设计和合成较简单的有机化合物,来模仿自然界存在的一 些化合物的功能,他认识到高度结构化的配合物是中心,Pederson 的 工作一发表,他就意识到这是一个入口,由此开展了系列的主客体化 学的研究。

主客体也就是生物学中常采用的受体与基质,它们间的作 用是典型的自组装作用。

Lehn 诺贝尔演说的题目则是“超分子化学——范围与展 望、分子、超分子和分子器件”直接地提出了超分子化学的命题,他建议将超分子化学定义为 “超出分子的化学”(Chemistry beyond the molecule)。

早在1966 年, 对于神经系统中的过程的兴趣,促使他想到一个化学家如何为这 种最高生物功能的研究作出贡献,由于神经细胞运作与跨越细胞 膜的Na+ 和K+ 的分布变化有关,因而想设计合成环肽来监控膜间 K+ 的传递。

Pederson 工作发表后,Lehn 意识到这种物质可以将大 环抗菌素的配价能力与醚的化学稳定性结合起来,进一步考虑到 具有三维球形空腔的物质,能够整体包围离子,将形成比平面大 环更强的配合物,由此设计了大双环配体、多重识别配体等,研 究了它们的结构、催化性能、传递性能,并进一步进行分子器件 的设计。

新型超分子化合物超分子有三个重要特征:自组装、自组织和自复制 自组装、 自组装超分子化学作为化学的一个独立的分支,是一个交叉学 科,涉及无机与配位化学、有机化学、高分子化学、生物化 学和物理化学,由于能够模仿自然界已存在物质的许多特殊 功能,形成器件,因此它也构成了纳米技术、材料科学和生 命科学的重要组成部分。

多年前提出的许多拓扑结构: 多年前提出的许多拓扑结构: 轮烷( 轮烷(Roxtaxane) ) 索烃( 索烃(Catenane) ) 绳结( 绳结(Knot) ) 双螺旋( 双螺旋(Helix) ) 奥林匹克环( 奥林匹克环(Olympic Ring) ) 等新颖的超分子结构 已利用模板反应 模板反应有效地合成出来 已利用模板反应有效地合成出来2索烃 索烃是一种具有连环套拓扑结构的超分子化合 通常环与环之间没有共价键联系。

物,通常环与环之间没有共价键联系。

奥 林 匹 克 环螺旋状分子绳结 绳结是一种拓扑结构N N N N ON NN N NNN余年,终于在九十年代初首次合成出了绳结分子。

Sauvage 教授由此而荣获大环化学学术界的第一个Christensen奖。

N N O O N NN NNNN N准轮烷和轮烷 准轮烷(Pseudorotaxane): 由链状分子通过某种分子间识别或自组装穿越另一 个环状分子所形成的一种超分子结构。

超分子聚合物准轮烷聚合物( )3O OOOOCNH OCH2NH CO O ON+O O O +O O NO OH O O O( )3O O ONO O+N+轮烷:在链状分子穿越环状分子以后,再在链状分子的两端用 大基团封住,使环状分子不能脱落。

4PF6-N法国Sauvage小组:利用双铜离子的三维模板效应,历时十ONNNNN NN NO OH n3穴芳烷: 穴芳烷:Craptophane环三黎芦烃: 环三黎芦烃:Cyclotriveratrylenes CTV; ; veratryl:3,4-二甲氧苯甲基) 二甲氧苯甲基) : , 二甲氧苯甲基R R R' R'RR R'R'R R'R R'XYYXX1. X=Y=OCH3 = = 2. X=Y=OCH2O = = 3. X=OCH3,Y=OCD3 = = Y 4. X=H,Y=D = , = Cyclotriveratrylenesantisyn生色醚( 生色醚(Chromoacerands) )O O O O O O2 N NH CNMeHO NO2 O O N O OO O NO O(O O OO2 NONNMe)nMeO OMeOH O O2N N N NO2星球爆炸状化合物 (Starburst / Cascade dendrimers) ) 描述特殊几何结构: 描述特殊几何结构: Starburst dendrimers(树枝状化合物) (树枝状化合物) arborols, , cascade molecules hyperbranchedMe O O HO2NN Nn=1~4NO2壁龛( 壁龛(Niches) ) 1985,Rebek等成功制备了非环状的螯状分子: , 等成功制备了非环状的螯状分子: 等成功制备了非环状的螯状分子 分子龛 分子龛是与客体在尺寸上和形状上能够互补。

分子龛是与客体在尺寸上和形状上能够互补。

+分子龛 客体4一、自组装作用自组装通常涉及一个主体和一个或多个客体,沿用生 物学中的术语,前者即受体,后者为基质,两者在电子性 能和几何空间上互补。

例如:在生物过程中,基质和蛋白质受体的结合,酶反应中的锁钥关 系,蛋白质-蛋白质络合物的组装,免疫抗体抗原的结合,分子间遗 传密码的读码翻译和转录,神经递素诱发信号,组织的识别等,都涉 及这种自组装作用。

超分子化学不仅研究自然界中现实的自组装作 用,还要人工合成具有这种作用的组装体。

在形成组装体时,最基本 的功能是分子的识别、转化和移位。

1. 分子识别超分子化合物中的组分被命名为受体(ρ)和底物(σ), 其中底物通常指被结合的较小组分。

通过这一术语,与生物 学上受体一底物相互作用以及它们高度确定的结构和功能性 质联系了起来。

一个特定的底物σ与受体ρ选择性地结合后产生了超分子ρσ 电子性能和集合空间上互补的受体与基质的组装,就 是分子的互相识别,其中许多是一种锁和钥匙的关系,也 包含经过诱导移位后的组装,大双环穴状受体(cryptate),通过两个N 原子和六个 O 原子的作用,将Rb+ 离子组装其中,可以看作是一种 球体的分子识别。

大三环穴状受体, 正好组装一个+NH4,其中四个N 原子与+NH 的四个H形成N−H…N 4氢键,这是一种四面体识别。

+ NH4在组装后,其pKa 提高了6 个单位,这与酶的活性中心很类似。

受体如果预先二质子化,可以组装H2O 分子。

如果预先四 质子化,可以组装Cl−。

因而它好似一条变色龙,对介质的pH铷离子Rb+的穴状组装体,除Rb 和N 外,其它六个较深色球是O有灵敏的反应。

5一个轴对称的双位大二环穴状受体,由六个苯基亚胺结 构所构成,它同时将两个一价Cu+ 离子组装其中。

杂多位受体,底部是卟啉,可以结合一个金属离子( Zn2+ ), 左右的大环聚醚则结合NH3 基,这一受体同时组装了一个金属离 子和一个很大的二胺阳离子,可作为一个生物无机的模型系统。

2.催化作用组装后的超级分子常能催化某些特定的反应。

在一个大 环聚醚受体上,通过氨基结合了一个二肽的对硝基苯酚酯基 质。

由于空间的匹配,有一个半胱氨酰基上的SH 基正好作用 在基质的羧基上,它使对硝基苯酚基与二肽切断分离。

这一 过程对于旋光异构的二肽酯有很强的手性识别能力。

如果预 先有其它阳离子与受体结合,则将阻滞反应。

这种酯断裂过 程常见于酶反应中。

视网膜对光的反应: 膜中视紫红质的丝氨酸(ser)通过质子化的席夫碱与视黄醛连 接。

在光的作用下,视黄醛进行顺反变换,它使视紫红质发生构象 变化,酶与另一蛋白质Transducin 正好匹配,产生自组装作用。

活 化的Transducin 激活蛋白质的串级反应,结果使Na+ 进入视网膜杆 的通道被阻,因而使之极化,3.传递作用组装后的超级分子还常能促进光子、电子或离子的传递。

6二、自组织作用自组织通常指许多相同的分子,由于分子间力的协同作 用而自动组织起来,形成有一定结构但数目可以多少不等的 多分子聚集体。

单分子层、膜、囊泡、胶束、液晶等都是很 好的例子,三、自复制作用首先是DNA 双螺旋的两辫拆 开,两根母辫即形成模板。

一 根母辫上部的核苷中的杂环碱 与新生成的子辫间,以 N−H…N 和N−H…O 的形式生 成氢键而相互结合,其下部的 核苷则与游离的核苷酸单体以 同样方式相连,两个核苷间则 借π − π相互作用而定位。

新生成的结构使核苷酸单体上 的磷酸部位与子辫中戊糖的羟 基处于空间上有利的位置,它 们的相互作用生成和母辫一样 的在核苷之间的磷酸根桥,这 样子辫又长了一节,如此不断 进行,即复制了一个新的 DNA。

DNA 的自复制四、分子识别和聚集体组装中的主要超分子作用主要的非共价键作用: 氢键、 π-π堆积、配位……1 离子-离子相互作用氯化钠:典型的离子固体,立方晶格需要非常的想象力去把NaCl当作超分子 但是这种简单的离子晶格确实能解释Na+ 以何种方式把6个互补的供体分子组织在 其周围,从而最大化非共价离子-离子 相互作用。

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