如何依法管理设施农业用地设施农业用地包括直接用于经营性养殖的畜禽舍、种植大棚或水产养殖舍、农科试验基地、排灌渠、机耕路和畜禽养殖场内的道路等。
而农业产业化配套设施用地是指为农业生产服务的相关附属设施的用地，分为两类：第一类是未将地面硬化可恢复为农用地的农产品加工、临时交易的用地，例如直接为农业生产服务的晒场、堆场、绿化隔离带、简易的农资仓库和农具棚舍等配套设施，不属于永久性建筑物，土地非永久性固化，对耕作层不造成破坏，可视为农业用地，按照农用地管理，由农业部门审核，国土部门备案。
第二类是将土地永久固化的附属设施，包括管理和生活用房、厂房、疾病防控设施、仓储用房、农产品质量检测用房、科普培训场地等，其用地按农村集体建设用地管理，可不征收为国有土地，在符合土地利用总体规划的前提下，集中布置，经农业部门审核后，到国土部门依法办理农用地转用审批手续。
近年来，我旗各乡苏木镇在大力发展现代农业生产同时，有些精明的经营者在农村发展了“自摘品尝菜园”、“农家乐庄园”等名目繁多的经营项目，这种刚刚兴起的介于传统农业、现代农业、畜牧业服中间地带的新产业，其用地如何定性和管理，值得认真研究。
按照法律规定，无论是何种用途，只要是永久性建设，包括修建房屋、车间等建筑物和围墙、水池、道路等构筑物，都应依法办理农用地转用手续，否则应当依法查处。
因此，是否修建永久性建筑物、构筑物，是否对耕地造成永久性毁坏而难以复耕，是按农用地管理和建设用地管理的标准和界限。
目前在设施农业用地建设方面比较常见的违法形式有以下几种：一是以发展畜禽养殖建设畜禽舍为名，圈占农用地包括耕地建住宅用房；二是以发展畜禽养殖为名，圈占农用地包括耕地，先建设畜禽舍院，然后改建成住宅用于居住或者转让、出租，从事其他产业经营活动；三是以发展观光农业名义，圈占农用地包括耕地，建设旅游休闲度假村，从事餐饮住宿娱乐等服务经营项目；四是以发展水产养殖为名，圈占农用地包括耕地，挖塘养鱼，供游人垂钓，休闲娱乐等。
设施农业用地方面出现的违法问题，其最根本的原因是利益驱动。
实施农业项目一般都需要建设一定比例的附属设施，对部分项目来说,这些附属设施产生的直接经济价值要远远超过所经营农产品的价值，如果严格按照法定程序获得这部分土地，将大大增加企业成本。
所以不少企业在投产建设时，往往多占用土地，特别是多占土地搞生活类、管理类设施建设，以寻求更多的增值空间。
最为典型的就是打着“生态园艺”、“生态农业”等旗号，从事餐饮和其他等非农业生产的商业服务业生产，规避经营性用地招拍挂制度。
在设施农业用地管理和执法实践中，目前还存在一些具体操作层面的难题。
比如，在某设施农业具体用地项目中，设施用地、生活用房占地、管理用房占地、内部基础设施用地等规模究竟多大，由谁来认定，或者说国土部门根据哪个部门核定的占地范围办理建设用地手续，在具体实施中还存在一定的困难。
目前，设施农业的统一技术标准，设施农业用地管理涉及的用地规模、建设布局、集约节约、空间结构是否合理等方面，都缺乏明确的制度、标准或规范。
另外，设施农业管理涉及农办、园艺、畜牧、生产、农林、城乡建设、国土资源等部门，多头管理也对现行土地管理制度造成一定影响。
例如，农林部门在发展设施农业时往往只考虑其技术层面问题，而对是否占用破坏耕地则考虑不多，但国土部门在耕地保护方面就必须依法履行监督检查职责。
设施农业用地方面出现的违法问题，除了利益驱动、多头管理等原因之外，还与对违法行为查处乏力有关。
由于体制机制等方面的原因，一些地方对土地管理的高压态势和良好执法环境始终难以建立和保持，从而使土地执法监察部门不敢动真碰硬，特别是国土资源执法在体制上受地方政府领导，执法手段上没有强制执行权，导致在查处土地违法案件时干扰多、阻力大。
国土部门在设施农业用地管理方面应当充分发挥规范、引导和保障作用如何解决当前设施农业用地中出现的问题？发展设施农业与占地建设之间看似矛盾，实际上正确处理好这个矛盾是完全可能的。
国土部门在这方面应当充分发挥规范、引导和保障三个作用。
一是要发挥规范作用。
设施农业与土地管理存在密切联系。
在设施农业用地管理上，如何分类，如何办理审批或者备案手续，均有章可循。
近几年，国土资源部曾经陆续印发过《关于促进规模化畜禽养殖有关用地政策的通知》、《国土资源部关于促进农业稳定发展农民持续增收推动城乡统筹发展的若干意见》，《国土资源农业部关于完善设施农业用地管理有关问题的通知》（国土资发{2010}155号）我旗应结合上述文件精神和地方实际，抓紧制定切实可行的操作程序。
二是要发挥引导作用。
设施农业建设由农业主管部门规划部署。
多数情况下，农业部门在操作中并没有充分考虑国土部门对耕地保护的特殊要求。
一些地方政府倡导设施农业建设为口实，搭车进行与设施农业无关的非农建设，故意造成违法用地的事实。
作为国土资源管理部门，要通过扩大宣传、提早介入、调整规划等方式，对设施农业用地进行分类指导，科学配置建设用地，把现代农业与观光旅游产业有机结合起来，做到相辅相承、共同发展。
三是要发挥保障作用。
对于以发展现代农业为目标的设施农业建设，国土部门要从规划、用地指标和供地审批上给予优先保障；相反，对于假借设施农业建设名义，进行违法占地建设的行为，要坚决给予打击。
在设施农业用地问题上，要让守法者得实惠，让违法者付出高额成本。
对于已经形成的历史性违法用地，应当区别情况分类治理。
建议，对于符合城乡规划和土地利用总体规划的违法建设，可以在进行处罚后补办相关手续；对于涉及面较宽、人数较多并且可以进行规划调整的，有计划、有步骤安排部分用地指标，在作出行政处罚后补办手续；对于违反两个规划并且也没有调整规划可能的，应当坚决拆除，不留后患。
保障支持设施农业发展，规范设施农业用地管理，首先应将设施农业用地管理的有关政策上升到法律层次。
其次应明确设施农业管理组织机构，建立设施农业协调联席会议工作机制，制定稳定、统一的设施农业发展规划及设施农业建设标准；各地应根据实际情况，制定适合当地发展的产业政策，确定各类设施农业占地规模，特别是其中各类设施建设的占地比例。
再其次，结合农村土地制度改革，明确细化土地取得的过程、步骤，包括与土地规划协调等问题，对以设施农业建设为名开发的农村房地产项目等，必须依法予以查处。
建议在现有各种种粮直补政策的基础上，财政再列出一笔专项资金，对种粮的龙头企业、专业协会、种粮大户和农民给予更多的种粮补贴和奖励；同时建议尽快启动党的十七届三中全会提出的“永久基本农田保护金”制度，给予种粮者和耕地保护者更多的实惠，以缩小种粮与种其他经济作物以及搞商业、工业、养殖业、生态农业等产业的效益差距，从而调动种粮和保护耕地的积极性。
在舆论宣传方面应坚持正确的舆论导向，教育引导基层干部和广大农民知法懂法，在设施农业建设和土地承包经营权流转中，坚持耕地用途不变的原则。
在耕地上建设农业设施，尽量不要修建永久性建筑物和构筑物。
在设施农业用地管理方面，怎样依法依规建设设施农业用房？设施农业用地应从土地来源、投资强度、规模效益、用地标准、土地用途限制、设施房占地比例和法律责任等方面加以规范，使国土部门在执法过程中有更直接、更管用、更易于操作的规定和规程。
要依法建设设施农业用房需要把握三点：一是在选址时尽量不占用耕地，注重保护生态环境。
用地单位和个人在选址时，要积极向有关部门申请、咨询，获得批准后再依法建设农业设施。
二是在耕地上建设农业设施，尽量不要修建永久性建筑物和构筑物。
无论是种植业还是养殖业，都会受市场的影响，规模和效益都有一定周期性，修建永久性建筑物和构筑物投资大，且土地难以恢复耕种，最终容易造成耕地和建设资金的浪费，侵害农民自身的长久利益。
因此，在建设农业设施时，要尽量使用易于恢复地貌又能满足农业生产需要的围栏、板房和其他临时性建筑物和构筑物。
三是要及时依法办理农用地转用手续。
凡是修建永久性建筑物和构筑物的，都超出了按农用地管理的范畴，必须办理农用地转用手续。
申请兴办农业产业化项目的单位或者个人，须提交项目地址和面积、四至范围图、土地权属、项目类型、生产品种、配套设施用地布局等材料，经乡镇人民政府同意后，向旗级农业主管部门提出农业产业化项目申请，进行审核备案。
旗级农业主管部门审核同意后报旗国土部门备案或报批农地转用手续。
对其中涉及占用耕地的，应签订复耕保证书，原址不能复耕的，要依法另行补充耕地；对按照农村集体建设用地管理的配套设施用地，应按土地管理法律法规规定组织农用地转用和供地报批，依法取得集体建设用地使用权。
农业产业化项目生产用地要依据《土地承包法》、《土地管理法》等法律法规和有关规定，以出租、转包等合法方式取得，切实维护好土地所有权人和原使用权人的合法权益。
旗国土部门在农业产业化配套设施用地有关手续完备后，及时做好土地变更调查和登记工作。
执法人员要定期跟踪检查，对照现场建设情况及时核实其真实用途如何加强对设施农业用地的执法监察，及时发现和正确查处农业设施建设中的违法行为，建议从以下几个方面加强设施农业用地的规范管理。
首先，要有针对性地进行依法用地的法律法规宣传，提供优质服务。
旗国土局、国土所按照区域包村责任制，走进农家院落，深入田间地头，对于符合政策规定的，要尽快服务到位，完善用地手续；对不符合政策的要明确告知，及时警示，并指出应该如何规范办理用地手续。
其次，要把握标准，跟踪检查。
在实践中，有的设施农业用地刚开始建设，监管人员一时还难以搞清楚到底在建设什么，只能由用地者申请自报，但在建设中要定期到现场跟踪检查，对照现场建设情况及时核实其真实用途。
再其次，要依照规定，严格管理。
在办理农业结构调整用地的备案与审批手续时，就应该依据初期规划设计对用地进行区别鉴定，根据用地类型办理相关手续。
最后，执法监察人员要按照执法责任制，强化动态巡查，及时掌握管辖区域各种建设动工苗头，要在第一时间及时发现，及时处置违法用地。
在执法实践中，可以通过以下方法识别真假设施农用地。
一是注意当事人的主体特征。
一般来说，当事人为农民、农村经济合作组织、农业企业的，发展设施农业的可能性较大。
当事人为与农业不相关企业、个人的，发展设施农业的可能性不大。
二是查看现场区位的特征。
地处交通便利的城乡接合部或主干公路两侧的，用于非农业建设的可能性较大。
这样的位置土地取得成本较高，对发展种植业和养殖业也不利，一般适合发展工商业，真正发展设施农业的可能性较小。
三是查看建筑物和构筑物的特点。
现场只圈大院，迟迟不建设畜禽舍，不对土地进行平整、不建设灌溉等设施的，或建筑物明显为车间、住宅结构特点的，大量硬化路面、地面的，基本上可判断为虚假的农业设施建设。
四是查看项目前期准备情况。
当事人表示要进行农业设施建设的，要求当事人提供相关证明材料，如发展什么项目、与相关单位签订的农产品产销合同、设施农业项目设计方案、平面布置图等。