A. RNA-seq B. 全基因组测序 C. 靶向测序 D. ChIP-seq
6. 以下哪一个不属于世界三大生物序列信息数据库_______
A. NCBI B. DDBJ C. EMBL D. KEGG
7. 下列不属于新一代测序技术的平台是_______
A. Illumina B. Ion Torrent C. Sanger Sequencing D. SOLID
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10. 下列不可以预测蛋白质三维结构的软件是_______
A. MOE B. HHpred C. MODELLER
D. PSIPRED
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宁波大学 2020 年博士研究生招生考试初试试题(B 卷)
(答案必须写在考点提供的答题纸上)
科目代码： 3824 总分值： 100 科目名称：
生物信息学
二、选择题（每题 2 分，共 20 分）
1. 下列哪种实验方法不能测定 DNA 甲基化数据________
A. SNP 芯片 B. Illumina 测序 C. western blot D. 454 测序
2. 下列哪种实验方法不能获得真正意义上的基因组范围组蛋白修饰数据________
A. ChIP-chip B. ChIP-SAGE C. Affymetrix tiling arr30 分）
1. 列举 UCSC 基因组浏览器所能显示的基因组内容。 2. NCBI 数据库 BLAST 有 5 种不同的序列搜索类型，列举并解释。 3. 简述几种常见的 miRNA 靶基因预测方法。
四、综合分析题（20 分）
阅读如下材料，回到下列问题。 2019 年，Clinical Cancer Research 期刊上发表了题为“Multi-Omics Profiling Reveals Distinct
宁波大学 2020 年博士研究生招生考试初试试题(B 卷)
(答案必须写在考点提供的答题纸上)
科目代码： 3824 总分值： 100 科目名称：
生物信息学
一、名称解释 （每题 6 分，共 30 分）
1. CGAP 数据库 2. 转录组测序（RNA-seq） 3. 蛋白质结构域 4. 系统发育分析 5. RefSeq 数据库
8. 下列不属于系统发生树的建树方法的是_______
A. Neural Network B. Neighbour Joining C. Maximum Parsimony D.UPGMA
9.下列不属于序列的数据格式的是_______
A. PDB B. Fastq C. GenBank D.fasta
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宁波大学 2020 年博士研究生招生考试初试试题(B 卷)
(答案必须写在考点提供的答题纸上)
科目代码： 3824 总分值： 100 科目名称：
生物信息学
图 1. 基于 24 种微环境细胞亚群数量对 TNBC 患者的 k-means 聚类结果 1. 什么是 k -means 聚类方法？此研究中，选择的 k 为几？（6 分） 2. 请描述材料中 k-means 聚类的结果。（6 分） 3. 结合文中材料，说明 k-means 聚类分析方法在表达谱数据分析中的作用。 （8 分）
3. 下列数据库中，可以直接下载新一代测序数据资源_______
A. SRA B. mirBase C. OMIM D. PDB
4. 下列哪种软件能够用于 RNA-seq 数据的比对______
A. Cufflinks B. TopHat C. Scripture D. EdgeR
5. 以下不能用于识别融合基因的技术是_______
Microenvironment Characterization and Suggests Immune Escape Mechanisms of Triple-Negative Breast Cancer”的研究论文。该研究对国内某医院 386 例三阴性乳腺癌（TNBC）女性患者的原始多组学 数据集进行了免疫原性分析，探讨三阴性乳腺癌微环境的不同特征和预后意义，并且进一步分析了三阴 性乳腺癌的潜在免疫逃逸机制。首先，作者基于 364 个代表 24 种微环境细胞亚群的基因，评估每例三阴 性乳腺癌患者癌症组织中 24 种微环境细胞亚群的数量，并基于这些特征对 386 例患者进行了 k-means 聚类分析，得到 3 类三阴性乳腺癌亚型（图 1）。描述如下：第一类，“免疫沙漠型”： characterized by relatively low microenvironment cells infiltration, which represented low immune infiltration. 第二类，“免疫失活型”：characterized by the infiltration of inactivated innate immune cells, fibroblasts, and endothelial cells, which indicate moderate immune infiltration. 第三类，“免疫炎症型”：characterized by relatively high innate and adaptive immune cells infiltration, which indicate abundant immune infiltration.