——胆囊癌相关基因变异及其致病机理
材料与方法： 57对胆囊癌患者的癌组织和相应 的癌旁正常组织，外显子组测序。 Illumina测序平台
甲基化测序
DNA甲基化过程会将甲基(CH3)添加到DNA分子的胞嘧啶 环的5’碳上。甲基化能在不改 变DNA序列的前提下，使甲基 化的基因沉默化。
案例分析
➢Bvht在心血管基因共表达网络的激活中 不可缺少。
与对照组比较，沉默bvht之后0、3、 6、9天后组织中表达量改变3X以上 基因转录本热图
转录组测序
➢差异表达基因KEGG信号通路注释
具体医学研究中解决方案的选择
Biomarker，生物技术服务专家
Illumina Hiseq 2500 大型测序平台
——胆囊癌相关基因变异及其致病机理
材料与方法： 57对胆囊癌患者的癌组织和相应 的癌旁正常组织，外显子组测序。 Illumina测序平台
TP53、ERBB3基因在胆囊癌病人中出现C>T碱基的高频颠换，颠 换率分别为47.1%、11.8%
胆囊癌ErbB信号通路
案例分析
Loss-of-Function Mutations in APOC3,Triglycerides, and Coronary Disease
➢ 筛选调控蛋白靶位点
分析内容
➢ 靶基因注释
案例分析
High-resolution chromatin immunoprecipitation (ChIP) sequencing
reveals novel binding targets and prognostic role for SOX11 in mantle
Biomarker，生物技术服务专家
丰硕的学术成果
谢谢！
Thanks for your attention！
整体甲基化水平
CpGs甲基化水平
Non-CpGs甲基化水平
甲基化抑制基因表达
差异甲基化基因
甲基化水平的改变影响很多成神经管细胞瘤相关基因（如 RUNX2）及一些新发现的基因（如LIN28b），这些甲基化水 平的改变与相应基因表达水平相关，可能是肿瘤发生发展的 重要原因。
染色质免疫共沉淀测序
分析内容
高通量测序在医学研究中的应用
传统研究思路的局限
猜想式的研究
需要大量先期知识 只能研究已知位点 结果评估容易受预判影响
高通量测序技术带来新的思路
基因变异变异
全基因组重测序
检测全基因组范围内所有突变类型
外显子组测序
➢基因突变
案例分析
Whole-exome sequencing of gallbladder carcinoma identifies recurrent mutations in the ErbB pathway
cell lymphoma
——套细胞淋巴瘤SOX11蛋白作用
材料与方法： 套细胞淋巴瘤细胞株Granta-519等、套细胞淋 巴瘤病人组织、正常细胞系。染色质免疫共沉 淀测序。 Illumina测序平台
非编码RNA测序
案例分析
Braveheart , a Long Noncoding RNA Required for Cardiovascular Lineage Commitment
Decoding the regulatory landscape of Medulloblastoma using DNA methylation sequencing
——成神经管细胞瘤是一种高度恶性原发性脑肿瘤
材料与方法： 34个人成神经管细胞瘤组织及8个正常组 织对照。Illumina测序平台
研究目的：探究Long Noncoding RNA 对于心血管功 能的调控作用。
材料与方法：对小鼠多分化阶段的胚胎干细胞与成年 小鼠大脑、肝脏和骨骼肌肉组织进行长链非编码RNA 测序。Illumina测序平台。
研究结果：
➢鉴定出了47个在ESCs中高表达但在其他 三种组织中中等表达的lncRNA，一种 lncRNA在心脏组织中表现出高表达的现 象，将其命名Braveheart。 ➢经分析bvht（AK143260）是一种包含三 个外显子的590nt长的转录本。