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基因导向的华法林个体化用药预测模型的研究进展_谭丹


变量
年龄分级 身高( cm) 体质量( kg) VKORC1 A / G VKORC1 A / A VKORC1 基因型未知 CYP2C9* 1 / * 2 CYP2C9* 1 / * 3 CYP2C9* 2 / * 2 CYP2C9* 2 / * 3 CYP2C9* 3 / * 3 CYP2C9 基因型未知
此人群中的华法林剂量数据也可能为非线性。由 此可见,一些非线性建模方法可能比线性回归更 适合用于华法林个体化用药的预测建模。其次, 线性模型对极端值预测不准。由于目前所发现的 因素对于华法林稳态剂量变异的解释度仅为 50% 左右,这意味着预测剂量构成的直线与实际 剂量所构成的直线存在较大的差异,剂量值越极 端的样本越预测不准。国外权威研究也发现,线 性回归模型在高剂量和低剂量患者人群中的预测 能力不如在 中 间 剂 量 患 者 人 群 中[1]。 而 在 临 床 中,需要极端剂量的患者恰恰最易发生用药风险。
线性模型自身存在一些局限性,将其用于华 法林稳态剂量的研究可能并非最佳。首先,线性 模型对于非线性的因变量结果往往预测效果不 佳。本课题组前期研究发现,影响华法林稳态剂
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Chin J Clin Pharmacol Ther 2015 Dec; 20( 12)
量最大的两个遗传因素 CYP2C9 和 VKORC1 的 基因多态性存在相互作用,不同的基因型组合携 带者的剂量变化是非线性的[30]。如表 2 中所示, 在中国人群的 CYP2C9* 1 / * 1 携带者中,G / G 携 带者和 A / A 携带者的平均剂量为 5. 48 毫克和 2. 97 毫克。平均每增加一个 G 等位,平局剂量约 增加 1. 26 毫克。而在* 3 携带者中每增加一个 G 等位剂量只增加 0. 56 毫克。在白人人群中也得 到了相似的结果,上述两个值分别 1. 70 毫克和 0. 72 毫克。这表明 VKORC1 基因型对华法林剂 量变异的影响可能为非线性。由于 VKORC1 是 目前已知对华法林剂量变异贡献最大的因素,因
为了计算预测的准确度,研究人员根据临床 经验将病人实际剂量上下 20% 的范围设置为预 测准确区间,即病人实际剂量为 a,预测准确区间 为 0. 8 a ~ 1. 2 a。当预测剂量 a'在准确区间内时 即认为 预 测 准 确[1]。 目 前,在 回 顾 性 研 究 中,绝 大多数基于线性回归构建的预测模型的预测准确 率在 40% ~ 60% 之间。
临床上 通 常 通 过 监 测 国 际 标 准 化 比 值 ( international normalized ratio,INR) ,然后根据 INR 调整 用药剂量从而保证病人的安全。通常情况下病人 服用华法林后其 INR 应维持在 2. 0 ~ 3. 0 之 间 ( 不同的疾病标准不一,如有静脉血栓的患者的 INR 一般应保持在 2. 0 ~ 2. 5 之间) 。当病人 INR 低于这一区间时提示抗凝不足应上调剂量,反之 则应下调剂量。这样的策略虽然能保证大部分服 用华法林的患者用药后的安全,但对于首次用药 的极端剂量患者仍有较大风险。
亚洲人 非洲人或非裔美国人
种族未知或混血 使用酶诱导剂 使用碘胺酮
周剂量的开方
注: 年龄分 组,0 ~ 9 为 0,10 ~ 19 为 1,20 ~ 29 为 2 依 此 类 推; VKORC1、CYP2C9 基因型、种族类型如果为该项则该项为 1,其他 项为 0; 使用酶诱导剂或胺碘酮为 1,不使用为 0。最终预测剂量 的单位为毫克。
校正后的平均剂量 ( mg / d)
校正后的平均剂量 ( mg / d)
样本5% CI)
448
2. 97( 2. 90-3. 04)
207
3. 74 ( 3. 12 - 4. 37)
表 2 CYP2C9 和 VKORC1 不同基因型组合平均剂量分布表[30]
基因型组合
中国人群
欧洲人群
CYP2C9* 1 / * 1-VKORC1 A / A CYP2C9* 1 / * 1-VKORC1 A / G CYP2C9* 1 / * 1-VKORC1 G / G CYP2C9* 3-VKORC1 A / A CYP2C9* 3-VKORC1 A / G CYP2C9* 3-VKORC1 G / G
表 1 基因导向的华法林个体化用药预测公式[1]
符号
- + + - - - - - - - - - - - - + - =
回归系数 5. 6044 0. 2614 × 0. 0087 × 0. 0128 × 0. 8677 × 1. 6974 × 0. 4854 × 0. 5211 × 0. 9357 × 1. 0616 × 1. 9206 × 2. 3312 × 0. 2188 × 0. 1092 × 0. 2760 × 0. 1032 × 1. 1816 × 0. 5503 ×
2015-07-30 收稿 2015-11-08 修回 国家“863 ”计 划 ( 药 物 反 应 分 子 标 志 物 临 床 个 体 化 治 疗 技 术, 2012AA02A518) ; 国家自然科学基金项目( 基于生物大数据挖掘 技术的华法林个体化用药预测新模型的构建及应用,81403017) 谭丹,女,硕士研究生,研究方向: 药物基因组学。 Tel: 0731-84805380 E-mail: 464261575@ qq. com 李曦,通信作者,男,博士,讲师,研究方向: 药物基因组学。 Tel: 0731-84805380 E-mail: lixi6931430@ 126. com
1 影响病人华法林剂量个体化差异的 原因
华法林剂量的个体差异同时受遗传和环境因 素影响。经过多年研究,科学家已鉴定了多个影 响华法林稳态剂量的遗传因素,包括细胞色素氧 化酶 P450 2C9( CYP2C9) [2]、维生素 K 氧化还原 酶复合物 1 ( VKORC1) [3]、细胞色素氧化酶 P450 4F2( CYP4F2 ) [4]、细 胞 色 素 氧 化 酶 P450 2C18 ( CYP2C18) [5]和叶酸聚谷氨酸合酶( FPGS) [6]等 基因 或 基 因 附 近 的 单 核 苷 酸 多 态 性 ( SNP ) 。 CYP2C9 基因编码的酶是华法林主要有效成分 S华法林的代谢酶,研究发现 CYP2C9 具有基因多 态性,其* 2、* 3 基因突变编码的酶的活性仅为野 生型的 5% ~ 12% 。 [7-9] VKORC1 编码的维生 素 K 氧化还原酶 ( VKOR) 为 华 法 林 的 主 要 作 用 靶 点,其 基 因 启 动 子-1639 G > A 的 突 变 会 导 致 VKORC1 mRNA 表达水平显著下降[10]。CYP4F2 可影响华 法 林 的 药 代 动 力 学 过 程,其 rs2108622 TT 基因型患者平均血浆 S-华法林和 R-华法林清 除率 也 比 CYP4F2 CT 基 因 型 患 者 分 别 降 低
2 基因导向的华法林个体化用药预测模 型的建立方法
利用已发现的遗传因素和环境因素能否降低 病人 的 华 法 林 不 良 反 应 发 生 风 险 呢? 2005 年 Sconce 等率先报道采用遗传因素和环境因素构建 华法林稳态剂量预测模型可以有效预测病人的稳 态剂量从 而 降 低 用 药 风 险[12]。 此 后 各 类 预 测 公 式如雨后春笋般被报道,目前已发表的公式多达 10 余个[1,13-28]。这其 中 最 著 名 的 公 式 为 国 际 华 法林遗传药理学联盟( International Warfarin Pharmacogenetics Consortium,IWPC) 于 2009 年发表在 《新英格兰医学杂志》上的预测模型[1],该模型是 目前国内第三方检测机构在出具华法林个体化用 药基因检测报告中最常用的预测模型之一。国内 最新的 Meta 分析结果也发现基因导向的华法林 个体化用药预测模型能提高华法林抗凝治疗的疗 效,降低不良反应发生率[29]。目前建立华法林个 体化用药预测模型的方法可分为两类: 多元线性 回归和机器学习算法。现将这些模型建立的方法 及其优缺点简要介绍如下。 2. 1 多元线性回归模型 人群中病人的华法林 剂量为数值变量,经过开方处理或对数转换后可 趋近于正 态 分 布[1,5]。 因 此,绝 大 多 数 研 究 选 择 了较容易实现的多元线性回归进行建模。多元线 性回归是一种能够考虑多个自变量对因变量影响 的建模方法。通常研究人员先收集一大批病人的 剂量、临床因素和遗传因素的信息,然后采用向前 或者向后的逐步回归模型筛选在模型中的变量 ( 一般纳入模型的标准为一元线性回归分析 P < 0. 05,排除出模型的标准为多元线性回归分析 P > 0. 1) 。筛选好变量后,通过构建回归公式建立 出线性预测模型( 如表 1 所示) 。预测时只需将
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◇ 综述与讲座 ◇
中国临床药理学与治疗学 中国药理学会主办
CN 34-1206 / R,ISSN 1009-2501 http: / / www. cjcpt. com
2015 Dec; 20( 12) : 1434 - 1440
基因导向的华法林个体化用药预测模型的研究进展
谭 丹1,2 ,颜 晗1,2 ,罗芝英1,2 ,刘 荣1,2 ,张 伟1,2 ,刘昭前1,2 ,李 曦1,2
中国临床药理学与治疗学 2015 Dec; 20( 12)
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37. 7% 和 34. 1% 。 [11] CYP2C18 和 FPGS 是通过 高通量研究策略( 全基因组关联研究和全外显子 组测序研究) 所鉴定显著影响华法林稳态剂量的 基因,目前它们的作用机制仍不明确。这两个基 因目前仅在非洲人群中发现与华法林稳态剂量相 关,在其他人群中缺乏验证。除了遗传因素外,还 有年龄、身高、体质量、体表面积、合并用药、合并 疾病、饮食习惯等[1]。目前已鉴定的因素总共能 解释约 50% 的华法林稳态剂量变异。
中图分类号: R969 文献标志码: A 文 章 编 号: 1009-2501( 2015) 12-1434-07
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