暨南大学考试试卷
注意：
1. 本考试只有相对正确的答案，无论你如何作答，只要写出足够强的论证的理由和过程来
支撑你的观点，并且不违反课程内讲授的基本原理，即算正确。

2. 考试形式为机考，请自备电脑。

回答可直接写在本文件里，要写出过程和明确的结论。

最终答卷以PDF形式现场提交以避免乱码和篡改，文件名请统一命名为“学号-姓名.pdf”，例如2013042213-张三.pdf。

不按此格式命名文件名者将一律没有成绩！
3. 考试完毕，请用U盘将写好的报告PDF文档拷到监考老师的电脑上，或于考试结束后
15分钟内发邮件至zhanggong@，注明主题“期末考试”。

4. 本试卷分为4小题，各题分数分别为20、30、30、20 分，满分100分。

人卵细胞受精到胚胎发育极早期，经历如下阶段：
-卵细胞(oocyte)
-前核(pronuclei)
-受精卵(zygote)
-2-细胞期
-4-细胞期
-8-细胞期
-桑椹胚(morula)
为研究在发育过程中的转录调控，研究者对以上时期的细胞进行了单细胞测序。

测序仪使用Illumina HiSeq-2000，采用双端100nt测序方式。

测序数据的第一端用FANSe2算法云分析平台进行一键式定量分析，得到28个基因表达定量文件(*_SVmerge.txt)。

请通过推理和分析，回答以下问题：
1.真核生物中，同一个基因往往可以通过可变剪切的方式，生成若干个不同的
剪切变体。

请问云平台分析的这批数据，是如何处理同一基因的不同剪切变体的？这种测序方式有没有可能定量不同的剪切变体？为什么？
暨南大学《生物信息学（本科生版）》试卷考生姓名、学号：
2.Oocyte, zygote, pronuclei, morula阶段都做了生物学重复，请问其重复性好不
好？如果不好，有哪些因素会造成重复性不好？会不会影响结论？
3.发育生物学课本上就已经说道，2-细胞期、4-细胞期、8-细胞期的每一个细胞
都不一样。

受精卵已有植物极和动物极之分，在第一次卵裂的2-细胞期中，植物极和动物极被分开；然后继续进行两次纵向卵裂，形成上部4个动物极细胞和下部8个植物极细胞。

将来动物极细胞发育成外胚层，植物极细胞发育成内胚层。

也就是说，一个胚胎的若干个细胞之间就有不同，其转录组应该有不同。

那么，同期的细胞之间差异大，还是不同期之间差异大？这些差异是由发育阶段所致，还是由于单细胞测序的随机性误差所致？
4.哪些基因是“管家基因”(housekeeping gene)，哪些基因是只在未受精卵细胞中
有表达的？这两部分基因的mRNA长度分布有没有统计学意义上的差别？
（RefSeq-RNA数据库里面所有的mRNA序列都在Human_hg19_refMrna20150317.fa文件中）。