2、主体性要素不同 、 国家创新体系的主体性要素包括政府、企 业、大学、科研机构、金融机构、中介机构等， 一个运行良好的国家创新体系的主体要素应是 完备的，缺少哪一个要素都会影响整个系统的 运转。
区域创新体系的主体性要素与国家创新 体系基本相同，主要包括地方政府、企业、 大学、科研机构、金融机构和中介机构等。 但具体到单个区域，其主体性要素可以 有缺失。例如，有的区域可以没有研究机 构，或者研究机构的力量很弱小，但这种 主体性要素的缺失不一定会影响到区域创 新体系的良性运转，构建良好的区域创新 体系也不一定首先要把主体性要家补充完 整。
国家创新体系的主要功能是总体战略功 能，如我国正在推进的自主创新战略、建设 创新型国家等。国家创新体系必须在创新活 动的整个环节全面推进，并偏重于进行基础 研究、战略高技术、前瞻性技术和共性技术 研究，着重通过实施重大高技术研发、大型 国防科技工程、项目进行战略性、全局性、 前瞻性原始性创新和集成创新，通过为创新 活动提供良好的制度、政策、法律环境和国 家科技教育、情报信息等基础设施，促进产 学研台作，为区域创新活动的开展奠定基础。
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而区域创新体系则主要以区域优势资源为依 托，围绕强化本地优势主导产业技术能力这个中 心，着重技术开发、应用和普及，使其在本区域 产品化、商品化乃至产业化， 主要致力于寻求技 术源并使之与本地经济有机结合，使科技与知识 更好地服务于区域经济社会发展。 相比而言，区域创新体系的功能目标则要具 体、单纯的多，以企业为核心，围绕技术创新展 开，极少关注基础研究等领域的创新活动和与军 事、外交有关的公共职能。
3、两者相互补充、相互支持 、两者相互补充、 区域创新体系能力的提高和体系目标的实 现，需要一些共性、关键的科学技术及一些 基础设施平台，其中有许多需要而且应该由 国家创新体系来提供，区域创新主体自身不 具备解决的能力和条件。因此，从这个意义 上讲，国家创新体系是区域创新体系的一个 补充。尤其是经济、科技欠发达的中西部区 域，更需要这种补充。
2、目标定位 、 尽管区域创新体系和国家创新体系的 利益范围和目标定位不同，但在我国现行 制度体制下，国家创新体系与区域创新体 系都是政府主导的，两者遵从的都是政府 和公众利益原则。 从这点来讲，中央政府主导的国家创 新体系和区域政府主导的区域创新体系的 基本利益目标是一致的，即国家目标化。
区域创新体系目标既要根据区域内的实 际资源禀赋情况发挥自身的优势和特色，又 要服从国家创新体系的战略目标和总体布局， 协助国家创新体系目标的实现。 因此，区域创新体系对于国家而言，通 过配置创新资源实现两个目标：一是区域发 展目标，二是国家创新目标。国家创新体系 对于区域也具有两个目标，一是促进区域的 全面发展和区域间的协调发展，进而提高国 家创新体系的整体水平；二是通过区域创新 来实现国家创新体系的总体目标。
二、区域创新体系与国家创新体 系的差异
1、创新要素构成的层次与边界不同 、 层次不同： 国家创新体系属于创新体系的宏观层次， 有明确的国家边界。而区域创新体系不同 于企业创新的微观层次，属中观层次，由 属于区域的大学、政府、企业等机构、部 门组成，带有较多的特色制度安排和更强 的地理文化色彩。
边界不同： 区域创新体系与国家创新体系在边界 上的差异是两者最基本、最明显的区别。 边界的不同不只是地域的放大和缩小的问 题，它的改变使两个体系的构成、功能、 资源的流动和主体要素间的互动产生了根 本性变化。
另一方面，无论是国家创新体系还是区域 创新体系，都存在着创新资源尤其是财力 资源不足的问题。国家创新体系的建设与 完善，除了由国家创新主体承担外，也需 要区域创新主体提供平台和资源的补充， 而区域支持国家创新体系的公共物品生产， 也从中受益，这样既弥补了区域创新经费 不足的问题，又提高了区域创新实力。
3、网络结构不同 、 任何国家创新体系都是网状结构。主 体性要素间的联系是多向的，而且这种联 系和互动越频繁，系统效率越高；而在区 域创新体系中，内于主体性要素可以有缺 失，其结构相应可以是网状或链状，这种 多样化的网络结构使得区域创新体系各具 特色。
4、产业结构的相对完整性不同 、 国家创新体系则必须站在国家整体利益角度， 在壮大优势产业的同时，扶持必要的弱势产业， 保持产业结构的相对完整性。 区域创新体系由于受所在区域条件的限制， 会出现某种创新资源的相对缺乏，创新基础设施 不完备或创新环境有待于完善的情况，这些条件 决定了区域创新体系建设必须有所侧重，依据各 自的自然条件、社会历史条件、经济发展水平和 技术积累水平形成自己的特色产业，通过某些具 有优势的特色产业的形成带动整个区域的发展。
国家创新体系有明确的边界，即以国家 为界。虽然在经济全球化背景下，国家创新 体系越来越具有开放性，创新资源在全球范 围内的跨国流动越来越便捷。但是，开放性 不等于边界模糊或消失，只要国家作为政权 的象征存在，国家创新体系就会有明确的边 界，创新资源跨越国界时就会受到种种限制。
区域创新体系同样有边界，但它的边界 特征较国界相比有着本质的差别。 一般来说，随着创新的发展，区域创新 体系的边界都是变化和模糊的，创新资源 在一国范围内不同区域间的流动相对于跨 国流动要容易。
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总之，区域创新体系作为国家创新体系的组成部 分，受到国家创新系统的约束，并承担国家总体 系的要求或赋予的功能，但区域创新系统的功能 不应该是总体系功能的简单缩小，而是在国家创 新体系原则指导下建立适合本区域特点的、能够 迅速提升本区域创新能力的创新体系。 区域创新体系的一大特点在于其多样性和灵活性， 并与国家创新体系保持有效的互动，使国家创新 体系在复杂多变的国际竞争环境中立于不败之地。
如何看待区域创新系统和国家 创新系统的关系
科技度组织网 络。根据区域地理边界的不同，可分为国家创 新体系和区域创新体系两个层面。区域创新体 系是国家创新体系的组成部分，是建设国家创 新体系的基础和重要支撑；而国家创新体系则 是形成各区域创新体系的基础和相互联结的纽 带。两者既有差异，又有联系，相互联结形成 一个有机的创新体系。
5、创新体系功能不同 创新体系功能不同 从政治学角度看，国家对外职能主要体 现在国防和外交等方面，对内体现执行统 治阶级意志和维护社会稳定上；从经济学 角度看，国家的职能主要是提供公共物品 与克服市场失灵等方面。而区域从政治上 主要是执行国家意志；经济上主要是保持 区域经济的持续发展。由此决定了国家创 新体系与区域创新体系的功能很不相同。
一、区域创新体系与国家创新体系的 联系
尽管国家创新体系与区域创新体系在范围 和目标定位等方面都是不同的，但完全独 立于国家创新体系之外的区域创新体系和 忽略区域创新体系的国家创新体系都是不 存在的，两者在地域、结构、功能和目标 等方面具有高度关联性。
1、地域关联 、 在当今世界经济、科技全球一体化发 展条件下，国家创新体系与区域创新体系 均属于区域经济研究的范畴。国家创新体 系虽然是由国家所属企业、高校、科研机 构和政府部门等部门、机构和统一的国家 制度、法律、政策等创新要素组成的体系， 有明确的国家边界，但这些机构和创新活 动总要落在国内某一地理空间上，从而形 成国家创新体系的区域布局。
区域创新体系与国家创新体系的差异 区域创新体系 层次 边界 主体性要素 网络结构 产业结构的相对完整性 主要功能 中观 不同于国家界限 主体性要素可以缺失 网状、链状等多样性结 构 以形成优势产业为主 国家创新体系 宏观 有明确的国家界限 全要素 网状结构 壮大优势产业、扶持弱 势产业
以企业为核心，围绕技 兼顾技术创新和科学创 术创新展开 新，同时进行与军 事有关的创新