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蛋白质的亚细胞定位的预测

蛋白质的亚细胞定位的预测
关于蛋白质的亚细胞定位的预测,In general,预测方法分为3个步骤。

首先,为每一类亚细胞locations构建客观而具有代表性的数据集。

其次,从数据集中提取特征参数或descriptor。

最后也是最关键的一步,通过算法比较查询序列中所包含的特征参数与各类相应的location 的相似度,作出判断,一般会用一组概率的形式来表述。

很明显,其中大量运用的是机器学习理论和统计学的方法。

对算法有兴趣的朋友可以参考下面这一篇综述,“An overview on predicting the subcellular location of a protein” In Silico Biology 2002 http://www.bioinfo.de/isb/2002/02/0027/main.html
以下是该综述中涉及的部分server,都是比较经典的。

PSORT:http://psort.nibb.ac.jp
By amino acid composition information and sorting signal knowledge
TargetP:http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/
By discriminating the individual targeting signal peptide
MitoProt:http://ihg.gsf.de/ihg/mitoprot.html
By discriminating mitochondrial and chloroplast signal peptide
Predotar:http://www.inra.fr/Internet/Produits/Predotar/
By discriminating mitochondrial, chloroplast signal peptide
NNPSL:/nnpsl
By amino acid composition
SobLoc:/SubLoc/
By amino acid composition
SubLoc: /SubLoc/
By more sequence information besides the amino acid composition
一篇文献:/papers/2003_loci_3dnet/paper.html
“Better prediction of sub-cellular localization by combining evolutionary and structural information”。

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