三、转录因子转录激活作用分析
目的片段分段-与BD组合-与AD菌体杂交-染色鉴定
四、转录因子复合体研究 1.酵母双杂实验 2.pull-down 3.双分子荧光互补BiFC 4.免疫共沉淀（转录因子-抗体-Protein A 或G-Agarose珠-目的蛋白）
五、转录因子功能研究
1.通过生物信息学构建系统进化树对其功能进行预测 2.胁迫条件下鉴定基因表达特性 （利用半定量PCR（RT-PCR）和实时定量PCR（qRT-PCR） 3.在基因缺失和过表达条件下检测植株的表型变化及生理变化 （基因缺失：插入突变--转座子插入法、T-DNA 插入法和同源重组插入法；反义RNA 抑制法--RNA i） 4.检测过表达植株基因表达变化 5.分析转录因子调控的下游效应基因 (染色质免疫沉淀-DNA 基因芯片分析;酵母单杂交分析;) 常用构建生物系统进化树的软件有 PHYLIP（http ///phylip/software.html）、 PAUP（ftp ：///paup）、 MEGA（http ：//bioinfo.weizmann.ac.il/ databases/info/mega.sof） TreeView（http ：///rod/treeview.html） 序列比对软件 ClustalW 软件 人工miRNA设计工具 WebMicroRNA designer（http ：//） THE RNAi WEB（http ：//）因子保守结构域 2.定点突变分析转录因子结构域的功能位点 （DNA定点突变和蛋白质定点突变）
转录因子数据库 TRANSFAC（http ：///pub/ databases.html） PlanTFDB（http ：//plantfdb.bio.unipotsdam.de/v3.0/）， 拟南芥的转录数据库 RARTF（http ：//rarge.gsc.riken.jp/rartf/） AGRIS（http ：//arabidopsis /AtTFDB/）， 水稻基因组数据库 （http ：// rice. plantbiology. msu. edu/）
二、转录因子亚细胞定位分析 1.生物信息学分析 2.融合报告基因定位法分析 3.免疫组织化学定位法， 4.共分离标记酶辅助定位法， 5.蛋白质组学定位技术等
预测蛋白质亚细胞定位的软件有 WoLF-PSORT（http ：// wolfpsort.seq. cbrc. jp/ ）、 NNPSL（http ：//.nnps）、 SubLoc（http ：// www.bioinfo.tsinghua. /SubLoc） TargetP（http ：//www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/）