（一）、1997年——《名侦探柯南剧场版》之计时引爆摩天楼某日，经营医院的黑川宅主人黑川大造遭人殴打致死，而这起案件也在（被柯南麻醉的）小五郎的活跃之下顺利解决了。

数日后，柯南收到著名建筑师森谷帝二寄给工藤新一的邀请函，于是柯南与作为代理人的小五郎一同出席。

在那里，柯南得知了之前发生杀人事件的黑川宅是出自森谷的设计。

次日，存放在火药库的炸药被盗，而森谷所设计的建筑物也陆续被纵火焚毁。

犯人利用变声器给新一打电话，作出了犯罪的预告。

为了阻止爆炸，柯南开始出动……（二）、1998年——《名侦探柯南剧场版》之第十四个目标正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射伤而住院了，而旁边发现了一把奇怪的刀。

就在第二天，小兰的母亲—妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事务所里。

紧接着阿笠博士也被歹徒用十字弓射伤……三人的名字内都有13、12、11的数字，且被害者都与小五郎有关系。

到底这张扑克牌代表着什么？根据线索，目暮警官推断犯人可能是……十年前，扑克牌赌场的经营人村上丈，被当警察的小五郎逮捕。

侦讯中，村上丈借口内急而挟持了来找小五郎的妃英理，企图逃走。

枪法一流的小五郎第一枪掠过妃英理的腿部，然后再一枪击中村上丈，才结束了这场惊险的事件。

之后小五郎引咎辞职了，妃英理也和小五郎分了居。

这件事对小兰的打击非常大，她从此对父亲失去了信心。

而村上丈在上个礼拜假释出狱了……（三）、1999年——《名侦探柯南剧场版》之世纪末的魔术师俄罗曼诺夫王朝的皇室秘宝——复活节之卵，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗基德寄出犯案预告信准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。

柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。

在美术馆遇到了俄罗斯大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。

看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。

而基德窃听到彩蛋被转移了，在疏于防备的情况下，基德成功地找到了回忆彩蛋。

然而基德在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。

柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。

与此同时从国外回来的香阪夏美小姐，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。

柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大伙儿及对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索，找寻第二颗彩蛋。

在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和基德相同是被击中右眼。

目暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是专门狙击右眼的职业杀手“史考兵”。

而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑……（四）、2000年——《名侦探柯南剧场版》之瞳孔中的暗杀者连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。

这意味着什么？是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行？警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。

而警视厅的内部秘密却如高墙般不可窥探！柯南与小五郎前往警视厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但是友善的俩人却以此事不可告之而拒绝了。

在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：“Need not to know〔无须知道〕……”这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部有关！小五郎、柯南和众多警察参加白鸟警官妹妹的婚宴，席间突然停电，小兰和佐藤警官都在厕所中，正当小兰拿起身旁的手电筒时枪声却响起，佐藤警官为保护小兰而挨枪，听到枪声的小五郎等人涌入厕所时犯人却已不着痕迹地脱逃了。

这时，小兰却因承受不了佐藤女警重伤昏迷的打击，从而患了逆性健忘！虽然记不起身边的事，但却可以照顾自己的日常生活。

失去记忆的兰不断受到犯人的攻击，为了找回记忆，众人带兰去多罗碧加乐园，却误认为找到真凶而放松警惕。

此时，找出真凶的柯南赶往乐园保护兰……（五）、2001年——《名侦探柯南剧场版》之通往天国的倒计时博士与少年侦探团一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高的双塔摩天大楼。

而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了毛利父女和铃木园子前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。

行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长的一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。

但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士！不久之后第一个杀人事件发生了…。

而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络……？柯南的真正身份会被那些家伙发现吗？且灰原哀究竟在给谁打电话？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。

为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌——也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手黑衣组织，展开一场史上最恐怖的攻防战……，而哀也相当活跃，凶手也令众人震惊不已，原因更是出乎别人意料，杀人手法也是别具一格，Gin，Vodka等人也会出现，爆炸场面惊心动魄，可以说是剧场版的一个巅峰。

（六）、2002年——《名侦探柯南剧场版》之贝克街的亡灵米花市政大楼正在举行能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏“茧”的发表会。

结合了最先进技术的“茧”，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过电脑的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。

柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上了“茧”。

另一方面，“茧”的研发者兼负责人——坚村，竟然在发表会会场遭到杀害。

而在这起杀人事件发生的同时，一个自称“诺亚方舟”的人工智慧闯入“茧”的电脑系统，并切断身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：“在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。

不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。

”一场失控的游戏开始了！工藤新一的父亲，世界名推理作家─工藤优作也是这场发表会的特别来宾。

优作负责监修“茧”游戏中的历史事件，虽然能透过推理找出坚村遭到杀害的原因，但关于柯南一行人，他只能在控制室看着他们的表现。

柯南一行人必须在“茧”所设定重现的19世纪伦敦贝克街221号B，同时也是福尔摩斯留下无数传说之地，挑战一连串的考验。

一场结合虚拟实境与现实，用50条生命为赌注的游戏即将开始！（七）、2003年——《名侦探柯南剧场版》之迷宫的十字路在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。

突然有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害；与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。

警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团「源氏萤」的成员。

这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名「义经」，部下则以「弁庆」为首，各自以家将姓名相称。

另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。

八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙。

柯南怀疑佛像是遭到窃盗集团「源氏萤」所窃，事件开始向破解的方向进展。

然而在他到达义经、弁庆的传说流传的历史遗迹——最著名的京都五条大桥调查时，有个手持竹刀的男人突然来袭！瞬间躲过袭击的柯南，看到那名男子后感到十分惊奇。

那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探——服部平次，同时也是少数知道柯南就是工藤新一的人物之一。

他也是为了追寻在大阪发生的窃盗集团成员被杀事件的真相而到达京都，总是在较劲的柯南与平次，这次为了查出事件的真相，决定联手进行调查，但是，两人万万没想到，戴着面具的黑影男人居然就出现在他们面前！在稠密的京都十字路口，隐藏于历史阴影的谜题及陷阱将袭击柯南一行人！难解的事件、细腻的推理、友情、爱情以及主要角色全员到齐！而柯南的身体终于……（八）、2004年——《名侦探柯南剧场版》之银翼的魔术师一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。

这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。

她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。

小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。

于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。

柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。

然而，在那里出现的竟是工藤新一！当然，那个新一绝不是真的。

但是，要证明那个新一是假的的话，就需要柯南表明自己的身份。

基德似乎明白这一点，很大胆的想和小兰在一起。

这时，在树里任主角的舞台上上演了《约瑟夫王妃》的一幕。

被柯南看出真实身份的基德，如何盗走这蓝色的宝石呢！？然后，对柯南他们更大的考验是？机上的危险一个接着一个，柯南他们究竟如何脱险？（九）、2005年——《名侦探柯南剧场版》之水平线上的阴谋15年前的一个雾色浓稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没。

万幸的是船上大部分人都逃过这一劫难，只有船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。

时间回到15年后的现在，地点是日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下分属八代造成业的设计师八代英人，开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。

谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。

镜头转到正在太平洋上航行的豪华客轮阿芙洛迪特号上，这是根据希腊神话中的代表美丽的爱神阿芙洛迪特的名字命名的。

柯南、小兰和毛利小五郎受到园子邀请，参加这首船的处女航。

理所当然，这么受到瞩目的豪华客轮，参加处女航的都是些政界、社交界的绅士名媛。

然而没多久，船上出现了可疑分子，园子更遭到袭击被其监禁，幸运的是根据柯南的推理顺利找回了园子，正在众人欢欣鼓舞的时候，却发生了杀人案件。

被害者正是这次处女航的主办人，八代客轮的社长八代贵江，她是半个月以前车祸身亡的八代英人的妻子，紧接着八代财团的董事长，贵江的父亲八代延太郎也从船上神秘消失……获悉此事的目暮警官带着一群警察上船来搜查，同时出动了东京海上保安厅的人对海上进行搜查，陆地上也有警视厅的人在八代英人出事的地点进行再搜查。

与此同时，理所当然地我们的小主人公柯南也展开了他最擅长的推理。

而这次包括乘客和船上工作人员，总共有600名嫌疑人。

于是柯南、毛利小五郎以及警方分别展开了各自的调查，与此同时，犯人也正展开他巨大的阴谋。