1.目的:本试剂盒用于定性检测α地中海贫血和β地中海贫血,可用于检测从人血液或血斑样本中获得的人基因组DNA中与地中海贫血相关的25个突变位点,包括19个β地中海贫血和6个α地中海贫血的突变位点。
检测结果可以辅助临床诊断,也可用于流行病学调查、婚检及产前检测等领域。
2.责任人:3.适用范围:本标准化操作规程适用于晶芯®地中海贫血基因检测试剂盒(微阵列芯片法)整体解决方案操作使用的全过程。
4.PCR扩增:4.1 设备与耗材4.1.1 4℃/-20℃冰箱;4.1.2 超净工作台2台(分别用于PCR体系配制和模板加样);4.1.3 微型高速离心机(Eppendorf,5424);4.1.4漩涡混合器;4.1.5 PCR扩增仪(博奥生物集团有限公司,晶芯®E-Cycler TM96 PCR仪);4.1.6单道移液器(1000µl,200µl,20µl),8道移液器(10µl),灭菌枪头(1000µl,200µl,20µl);4.1.7 离心管架,96孔板,1.5ml离心管,PCR扩增管或八连排管(200µl);4.1.8 记号笔,手套(无粉乳胶,PE);4.1.9 75%酒精棉,废液缸和消毒液;4.2 试剂晶芯®地中海贫血基因检测试剂盒(微阵列芯片法)B部分中的扩增试剂A,B,C,D,E以及PCR扩增酶试剂,阳性对照品(博奥生物集团有限公司)。
4.3 样本人基因组DNA(提取方法详见干血斑基因组提取标准操作规程)。
4.4 实验前准备4.4.1 打开超净台紫外灯照射20min,开风机15min后打开日光灯进行操作;4.4.2 准备实验用品,包括PCR扩增试剂,离心管架,96孔板,移液器等;4.4.3 从-20℃冰箱取出PCR扩增试剂及基因组DNA,室温融化,涡旋混匀后瞬时离心;4.4.4 核对样本名称及数量,排好顺序,将样本的加样顺序记录下来。
4.5 操作过程4.5.1 用75%酒精棉擦拭双手,超净台面,移液器,96孔板及离心管架;4.5.2 按照加样顺序准备PCR反应管,并在管盖和管身同时做好相应标记;4.5.3根据样本数目准备5倍数量的200µl PCR扩增管,在试剂准备区内,将融化后混匀的PCR 扩增试剂A、B、C 、D、E按17µl/管,分别分装到5个PCR 扩增管中。
再分别向这5个PCR扩增管中加入3µl的PCR扩增酶试剂。
4.5.4 在模板加样区内,用75%酒精棉擦拭移液器、台面及双手,晾干后,向相对应的A、B、C、D、E系列试剂中各加入5µl同一样本核酸溶液,混匀,按照地中海贫血基因检测PCR扩增程序进行PCR扩增;4.5.5扩增:将PCR扩增管或八连排管置于PCR扩增仪中,按表2中的热循环程序进行PCR扩增反应;(扩增程序设定方法详见晶芯®E-Cycler TM96 PCR仪标准操作规程)5.芯片杂交:5.1 设备与耗材5.1.1 4℃/-20℃冰箱;5.1.2 芯片杂交仪(博奥生物集团有限公司,晶芯®BioMixer™ II);5.1.3芯片洗干仪(博奥生物集团有限公司,晶芯®SlideWasher TM);5.1.4杂交盒若干套(博奥生物集团有限公司,HybSet基因微阵列芯片杂交盒);5.1.5单道移液器(1000µl,200µl,20µl),灭菌枪头(1000µl,200µl,20µl);8道移液器(10µl,200µl);5.1.6 离心管架,96孔板,1.5ml离心管、八连排管(200µl);5.1.7 磁力架和磁力板;5.1.8 记号笔,75%酒精棉,废液缸;5.1.9 手套(无粉乳胶,PE);5.1.10 15ml离心管。
5.2 试剂5.2.1 晶芯®地中海贫血基因检测试剂盒(微阵列芯片法)A部分中的磁珠、结合液、芯片;B部分中的杂交液缓冲液和PCR扩增试剂A、B、C、D、E,以及阳性对照品(博奥生物集团有限公司);5.2.2 NaOH溶液(10 M),纯化水;5.2.3 20×SSC、10% SDS(博奥生物集团有限公司)。
5.3 实验前准备5.3.1提前打开杂交仪运行程序50℃预热(杂交程序设定方法详见晶芯®BioMixer II芯片杂交仪标准操作规程);5.3.2杂交液:从试剂盒B部分中取出杂交缓冲液(白色盖),50℃温浴使其完全融化;5.3.3 变性液:根据需要量,用纯化水将NaOH 溶液(10 M)稀释100 倍,涡旋混匀得到变性液(0.1 M)(需每次新鲜配制);5.3.4芯片:第一次使用时提前从4℃取出,平衡至室温再使用,开封后室温保存。
5.4 操作过程5.4.1 清洁与准备①用75%酒精棉擦拭实验台面双手,移液器,96 孔板及离心管架;②按照样本数量准备相应的离心管,并在管身做好相应标记;提示:以8份备检样本为例,需准备2个1.5ml离心管(分别配制磁珠及变性液)和5个200µl八连排管(用于放置产物,磁珠,变性液和杂交液)5.4.2 磁珠的准备以一份样本为例,涡旋振荡混匀磁珠与结合液,取离心管置于离心管架上,加入50µl结合缓冲液,再加入磁珠20µl,静置磁力架上吸附15 s,去除溶液。
将离心管撤离磁力架,再加入50µl 结合缓冲液,涡旋混匀。
5.4.3 磁珠纯化①检测一人份需用2个离心管,分别在2个离心管上进行标注,1号管和2号管;在1 号管中加入A体系PCR产物10µl和B体系PCR产物10µl,混匀;在2号管中加入C体系PCR产物10µl、D体系PCR产物10µl和E体系PCR产物10µl,混匀。
②向1号管中加入5.4.2中制备好的磁珠悬液20µl,向2号管中加入5.4.2中制备好的磁珠悬液30µl,混匀后静置10 min,期间在静置5min后需用移液器进行一次吹吸,以防止磁珠沉积。
然后,将产物-磁珠混合物置于磁力板上,吸附15 s,吸弃溶液,撤离磁力架。
③NaOH变性:再向1、2 管中分别加入新配制的0.1 M NaOH 60 µl,将聚集在离心管壁上的磁珠吹吸打散,充分混匀,静置10 min,期间在静置5 min后需用移液器进行一次吹吸,以防止磁珠沉积。
然后,将离心管置于磁力板上,吸附15 s,吸弃溶液,撤离磁力板。
★变性期间,分装杂交液于一干净的八连排管中,每一人份需要杂交液120µl,分装时每份大于120µl备用。
5.4.4 杂交反应混合物准备①向变性结束后的离心管中加入温浴后并充分混匀的杂交缓冲液40µl,对着管壁四周轻轻吹打,以去除干净管壁上残留的NaOH溶液,置磁力板上吸附15 s,吸弃溶液,撤离磁力板;②向上述管中加入杂交缓冲液20µl,将聚集在离心管壁上的磁珠吹吸打散,充分混匀,准备杂交。
5.4.5 芯片杂交①按照杂交盒托架(两侧凹槽各加50 µl纯化水)、芯片、盖片的顺序装配好杂交反应盒;②吸取14µl杂交混合物经加样孔加入芯片点阵中,注意不要加入气泡至反应池中,盖好盒盖并使用金属封条密封杂交盒,完成后将杂交盒平稳放入杂交仪托盘,并注意将三只或六只杂交盒全部放入,以使托盘平衡;★加样时注意顺序,一份样本需要同时进行两个点阵的检测,1号管检测点阵为1或3,2号管检测点阵为2或4。
③运行地中海贫血基因检测杂交程序见表3,杂交条件为50℃杂交1 h,转速为5 rpm;★杂交仪需提前打开预热20 min以上,待温度稳定后使用。
5.4.6芯片清洗①取出洗液原液(20×SSC,10%SDS),根据需要及实际情况,按如下比例配制洗涤液Ⅰ和Ⅱ;洗涤液I:依次将纯化水,20×SSC,10%SDS按照975:15:10的比例混合;洗涤液II:依次将纯化水,20×SSC按照997:3的比例混合;②预热SlideWasher TM芯片洗干仪,选择“加热”和“甩干”选项,按表4设置好程序后,点击“运行”。
待仪器屏幕显示“请放入芯片进行洗涤”的对话框时即可放入完成杂交的芯片,放入后点击“确定”开始运行地中海贫血基因检测洗涤程序进行洗涤,待洗涤完成后仪器屏幕显示“请将芯片放入甩干仓”时,点击“确定”即可将芯片对称的放入甩干仓,盖上仓门后自动进行甩干,等待甩干后点击“确定”打开仓门,取出芯片。
(洗干程序设定方法详见晶芯®SlideWasher TM芯片洗干仪标准操作规程)表4 地中海贫血基因检测洗涤程序★杂交结束提前10 min配置洗液,并预热洗干仪。
6.扫描判读:使用晶芯®LuxScan TM 10K/B微阵列芯片扫描仪和晶芯®地中海贫血基因检测芯片判别系统进行信号的读取及结果判断。
操作简介如下(详见晶芯®LuxScan TM 10K/B微阵列芯片扫描仪标准操作规程及软件用户手册):6.1 开启扫描仪,运行地中海贫血基因检测基因芯片判别系统,预热激光10 min;6.2设置“保存路径”,输入芯片编号,样本编号等信息;6.3将完成洗涤、甩干的芯片插入扫描仪插槽内,即可进行芯片扫描和结果判读;6.4 完成判读的芯片需室温避光保存,并请详细记录判读结果和芯片信息;6.5 关闭激光,退出软件,关闭扫描仪。
7.说明:本试剂盒使用前请仔细阅览晶芯®地中海贫血基因检测试剂盒(DNA微阵列芯片法)使用说明书和各仪器设备使用手册,并严格参照说明书执行相应操作。
8.相关文件:见附件。
9.记录模板:见附件。
10.历史修改记录:变更类型:A-增加M-修改D-删除。