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实验一 人类基因组DNA的提取与鉴定_百替生物
酶 K 的发现,大大促进了真核生物细胞中分离提取高分子量 DNA 的研究。在 SDS 和 EDTA 的存在下,蛋
白酶 K 仍具有很高的活力,因而可在抑制 DNA 降解酶活力的条件下用蛋白酶 K 消化去除蛋白质,为制
备高纯度、高分子量的 DNA 制品创造条件。
附录 2 试剂准备 1.STE 裂解液:2.5M NaCl 4ml,2M Tris-HCl (pH 8.0) 0.5ml,500mM EDTA (pH 8.0) 0.2ml,加水定容
存的组织细胞中提取,常是采用在 EDTA 以及 SDS 等试剂存在下用蛋白酶 K 消化细胞,随后用酚抽
提而实现的。这一方法获得的 DNA 不仅经酶切后可用于 South份提取总 DNA 的细胞或组织 1.5ml Eppendorf 管、微量移液器与吸头、15ml 离心管、三角瓶(500 或 1000ml)。 二、设备 离心机、电子天平、恒温水浴箱、紫外分光光度计、电泳仪、电泳槽、凝胶成像仪、微波炉或沸 水浴、透射紫外灯。 三、试剂
3. 仔细移取上清液至另一 50ml(1.5ml)离心管,加入 1 倍体积预冷的异丙醇,混匀,室温下放置片
刻即出现絮状 DNA 沉淀。
4. 12000rpm 离心 5 分钟,获得沉淀后,用 70%酒精洗涤 2-3 次,风干沉淀。
(三)植物基因组 DNA 的溶解、检测和保存
1. 在 1.5ml eppendorf 中加入 1ml (100ul) TE。DNA 很快溶解于 TE。
了简便易行起见,还可以无创伤地采集材料,如用口腔上皮脱落细胞、发根细胞。根据材料来源不同,
采取不同的材料处理方法,而后的 DNA 提取方法大体类似,但都应考虑以下原则:(1)防止和抑制
DNase 对 DNA 的降解;(2)尽量减少对溶液中 DNA 的机械剪切破坏,保持 DNA 分子的完整;(3)将
蛋白质、脂类、糖类等物质分离干净。
五、 注意事项
1. 酚抽提时如果上清液太黏,不能和蛋白质分开时,可加入适量 STE 稀释,然后再用酚抽提。
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2. 保温可在 45~55℃范围内进行。 3. 真核生物的 DNA 分子很大,机械张力极易引起 DNA 分子的断裂,因此抽提 DNA 时动作不可过 猛;溶液转移次数要尽量减少,而且转移时一定要用粗口径滴管, 以防机械力(震动)将 DNA 分子 打得太碎。 4. 沉淀 DNA 时要小心操作,勿使纤维网断成小丝。 5. DNA 溶于 TE 溶液时可先浓一点,发现太浓时再加些 TE 溶液。这样能保证 DNA 样品不至于太稀 而无法使用,一般来讲,DNA 浓度为 0.4~0.6mg/ml 最为理想。 6. 溶于 TE 溶液中的 DNA 样品比较稳定,可在 4℃冰箱中存放 1 年而不会降解。
实验一 人类基因组 DNA 的提取与鉴定
实验目的 1、学习人类基因组 DNA 的提取原理和方法。 2、熟悉应用分子生物学实验常用仪器。 实验原理
哺乳动物的一切有核细胞都可以用来制备 DNA,除特殊要求外,白血球、肝或脾组织是最常用的
材料。原始材料较少或较难获得时(如羊水细胞),还必须经过细胞培养来获得足够量的细胞;有时为
扩展内容
植物基因组 DNA 的提取 利用液氮对植物组织进行研磨,从而破碎细胞。细胞提取液中含有 SDS 裂解细胞,使蛋白质变性
沉淀,用酚氯仿抽提除去蛋白,得到的 DNA 溶液经乙醇沉淀。 一、材料
鲜嫩的水稻幼苗或其它禾木科植物。 液氮,陶瓷研钵,50ml 离心管或 1.5ml 离心管,枪头,药勺。 二、设备 冷冻高速离心机,台式高速离心机,水浴锅,移液器,电泳设备等。 三、试剂 1.提取缓冲液:100mmol/L Tris·Cl, pH8.0;5mmol/L EDTA, 500mmol/L NaCl, 1.5% SDS,1mol/Lβ-巯
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双链 DNA。如用 1cm 光径,用 H2O 稀释 DNA 样品 n 倍并以 H2O 为空白对照,根据此时读出的 OD260 值即可计算出样品稀释前的浓度:DNA(mg/ml)=50×OD260 读数×稀释倍数/1000。
分开,异戊醇则可起消除抽提过程中出现的泡沫。酚和氯仿均有很强的腐蚀性,操作时应戴手套。 6.无水乙醇、75%乙醇, 灭菌双蒸水 ddH2O 7.RNA 酶 A 母液:将 RNA 酶 溶于 TE 配制:10mmol/L Tris·Cl(pH7.5), 15mmol/L NaCl 中,配成 10mg/ml
3.
室温下 5000rpm 离心 20 分钟。
(二)植物基因组 DNA 纯化
1. 取上清液于新离心管,用等体积酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提(在通风情况下操作)。待分层后,
12000rpm 离心 5 分钟。
2. 取上清液至干净离心管, 加等体积氯仿抽提(在通风情况下操作),12000rpm 离心 5 分钟。
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1.细胞核裂解液(STE):0.1 mol/L NaCl,10mmol/L Tris-HCl,1mmol/L EDTA 2.0.8%(W/V)标准琼脂糖; 3.0.5×TBE 缓冲液 4.其他试剂:TE 缓冲液或重蒸水、氯仿/异戊醇(24:1,V/V)、异丙醇或无水乙醇、电泳加样缓冲
思考题: 1、 我们知道,一条染色体含有一条 DNA,基因组中不同的染色体 DNA 的大小是不同的。按理 来说,所提取的基因组 DNA 中含有多条大小不一的 DNA。但为什么用琼脂糖电泳后仅能见到 一条主带呢? 2、 基因组 DNA 制备过程中提取缓冲液有哪些成分,作用是什么? 3、 基因组 DNA 制备过程中需注意的事项有哪些?
长设为 260nm,以重蒸水或 TE 做为对照,测定 OD 值。
OD260=
;
DNA 的浓度=50 OD260 稀释倍数=
。
将波长换成 280nm 及 230nm,用同一样品再次测定 OD 值:
OD280=
;OD230=
;
OD260/OD280 =
;OD260/OD230=
;
结论:所提取的 DNA
。
1. 取 3-5 克嫩叶, 剪碎, 研钵中加液氮磨成粉状后立即倒入 50m(l 1.5ml)离心管中,加入 20ml (1ml) 提
取缓冲液, 剧烈摇动混匀, 60℃水浴保温 30-60 分钟 (时间长,DNA 产量高), 不时摇动。
2. 加入 5ml (150ul)5mol/L KAc, 颠倒混匀冰浴静置 20 分钟。
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基乙醇。
2.RNase A 母液。
3.5mol/L KAc
4.其它试剂:酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),氯仿,异丙醇,TE 缓冲液,70%乙醇,灭菌双蒸水 ddH2O。 四、操作步骤:
(一)植物组织裂解液抽提
至 100ml。 2.酶解液:200mM NaCl,20mM Tris-HCl (pH 7.4);50mM EDTA (pH 8.0),1.5%SDS。 3.蛋白酶 K:10mg/ml 配好后用一次性滤膜过滤,-20℃保存。 4.氯仿:异戊醇=24∶1 5.Tris 饱和酚(pH 8.0)酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)。氯仿可使蛋白变性并有助于液相与有机相的
Marmur 于 1961 年建立了用酚和氯仿从生物细胞中分离制备 DNA 的经典方法。但是此法的条件比
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较剧烈,还只能得到分子量为 5×106-5×107 道尔顿的 DNA 制品,从六十年代后半期开始,尤其是蛋白
制备基因组 DNA 是进行基因结构和功能研究的重要步骤,通常要求得到的片段的长度不小于
100-200kb。在 DNA 提取过程中应尽量避免使 DNA 断裂和降解的各种因素,以保证 DNA 的完整性, 为后续的实验打下基础。一般真核细胞基因组 DNA 有 107-9bp,可以从新鲜组织、培养细胞或低温保
DNA 纯品的 OD260/OD280 为 1.8,故根据 OD260/OD280 的值可以估计 DNA 的纯度。若比值较高说明 含有 RNA,比值较低说明有残余蛋白质存在。OD230/OD260 的比值应在 0.4-0.5 之间,若比值较高说明 有残余的盐存在。
用重蒸水将比色杯冲洗干净,用重蒸水或 TE 把提取的样品稀释 100 倍。将紫外分光光度计的波
液、溴化乙锭(EB) 四、操作步骤(酚法抽提染色体 DNA) (一)DNA 的提取 1. 采集口腔粘膜脱落细胞,用舌头舔颊粘膜上颚、用牙刮颊部,嘬咀,用分泌出的唾液反复漱口;将 唾液吐到杯中。用生理盐水洗涤,2000rpm 离心 10 分钟,倒掉上清;重复 1 次。 2. 沉淀中加 1ml 1×细胞核裂解液(STE),混匀,再加 350ml STE 和 150ml 10% SDS,摇匀,至出现粘 稠透明状。加 10ml 20mg/ml 蛋白酶 K,摇匀。37℃温箱过夜或 50℃ 3~4 小时。 3.加等体积饱和酚,轻摇混匀 10 分钟,室温 2000rpm 离心 10 分钟,去除蛋白和 SDS 的沉淀。 4. 小心移上清至另一离心管,加等体积氯仿混匀 5 分钟,室温 2000rpm 离心 5 分钟。 5. 小心移上清,若上清不清亮透明,则用等体积氯仿再抽提一次。 6. 将上清移入另一离心管中,沿离心管壁向 DNA 溶液中加入 2.5 倍体积的无水乙醇,轻轻摇动离心 管混和至体系完全均一,见白色絮状 DNA。用移液器吸头挑出 DNA 沉淀,在新配制的 70%乙醇洗二 次,室温干燥 5 分钟,再将 DNA 溶于 20-100ml TE 中,测 OD 值。 7. TE 溶解的 DNA,在 4℃下可保存一年,如要求长期保存,则需加 2 倍体积无水乙醇置-70℃保存。 (二)DNA 的鉴定及定量 1. 比色法: DNA 在 260nm 处有最大的吸收峰,蛋白质在 280nm 处有最大的吸收峰,盐和小分子则集 中在 230nm 处。因此,可以用 260nm 波长进行分光测定 DNA 浓度,OD 值为 1 相当于大约 50μg/ml