D N A提取中各种实验试剂
作用原理
Prepared on 24 November 2020
DNA提取中各种实验试剂作用原理
1、STE 是Tris-Hcl 、EDTA、Nacl的混合液。
其总体作用是为DNA提供保护环境，在此环境下DNA可以呈稳定态，最少限度地受到破坏。
提供缓冲体系，DNA在这一体系中呈稳定态。
EDTA：是DNA酶的抑制剂，可以防止细胞破碎后DNA酶降解DNA。
NaCl，有利于DNA的溶解。
2、SDS的作用：利用高浓度的阴离子去垢剂 SDS（十二烷基磺酸钠，Sodium dodecyl sulfate）使DNA 与蛋白质分离，在高温（55～65℃）条件下裂解细胞，使染色体离析，蛋白变性，释放出核酸，然后采用提高盐浓度及降低温度的方法使蛋白质及多糖杂质沉淀，离心后除去沉淀，
3、苯酚的作用：使蛋白质变性，同时抑制了DNase的降解作用。
用苯酚处理匀浆液时，由于蛋白与DNA 联结键已断，蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。
蛋白分子溶于酚相，而DNA溶于水相。
使用酚的优点：1. 有效变性蛋白质；2. 抑制了DNase的降解作用。
缺点：1. 能溶解10-15%的水，从而溶解一部分poly（A）RNA。
2. 不能完全抑制RNase 的活性。
Tris酚的颜色，一般为黄色。
如果变成粉红色，说明被氧化，不能再用。
4、氯仿的作用
克服酚的缺点；加速有机相与液相分层。
最后用氯仿抽提：去除核酸溶液中的迹量酚。
（酚易溶于氯仿中）
5、异戊醇：减少蛋白质变性操作过程中产生的气泡。
异戊醇可以降低表面张力，从而减少气泡产生。
另外，异戊醇有助于分相，使离心后的上层含DNA的水相、中间的变性蛋白相及下层有机溶剂相维持稳定。
6、用乙醇沉淀DNA时，为什么加入单价的阳离子
用乙醇沉淀DNA时，通常要在溶液中加入单价的阳离子，如NaCl 或 NaAc，Na+中和DNA分子上的负电荷，减少DNA分子之间的同性电荷相斥力，而易于聚集沉淀。
7．为什么在保存或抽提DNA过程中，一般采用TE缓冲液
在基因操作实验中，选择缓冲液的主要原则是考虑DNA的稳定性及缓冲液成分不产生干扰作用。
磷酸盐缓冲系统（pKa＝）和硼酸系统（pKa=）等虽然也都符合细胞内环境的生理范围(pH)，可作DNA的保存液，但在转化实验时，磷酸根离子的种类及数量将与Ca2＋产生Ca3(PO4)2沉淀，在DNA反应时，不同的酶对辅助因子的种类及数量要求不同，有的要求高离子浓度，有的则要求低盐浓度，采用Tris-HCl（pKa=）的缓冲系统，由于缓冲液是TrisH+/Tris，不存在金属离子的干扰作用，故在提取或保存DNA时，大都采用Tris-HCl系统，而TE缓冲液中的EDTA更能稳定。
8、STE 是Tris-Hcl 、EDTA、Nacl的混合液。
其总体作用是为DNA提供保护环境，在此环境下DNA可以呈稳定态，最少限度地受到破坏。
提供缓冲体系，DNA在这一体系中呈稳定态。
EDTA：是DNA酶的抑制剂，可以防止细胞破碎后DNA酶降解DNA。
NaCl，有利于DNA的溶解。
9、SDS的作用：利用高浓度的阴离子去垢剂 SDS（十二烷基磺酸钠，Sodium dodecyl sulfate）使DNA 与蛋白质分离，在高温（55～65℃）条件下裂解细胞，使染色体离析，蛋白变性，释放出核酸，然后采用提高盐浓度及降低温度的方法使蛋白质及多糖杂质沉淀，离心后除去沉淀，
10、苯酚的作用：使蛋白质变性，同时抑制了DNase的降解作用。
用苯酚处理匀浆液时，由于蛋白与DNA 联结键已断，蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。
蛋白分子溶于酚相，而DNA溶于水相。
使用酚的优点：1. 有效变性蛋白质；2. 抑制了DNase的降解作用。
缺点：1. 能溶解10-15%的水，从而溶解一部分poly（A）RNA。
2. 不能完全抑制RNase的活性。
Tris酚的颜色，一般为黄色。
如果变成粉红色，说明被氧化，不能再用。
11、氯仿的作用
克服酚的缺点；加速有机相与液相分层。
最后用氯仿抽提：去除核酸溶液中的迹量酚。
（酚易溶于氯仿中）
5、异戊醇：减少蛋白质变性操作过程中产生的气泡。
异戊醇可以降低表面张力，从而减少气泡产生。
另外，异戊醇有助于分相，使离心后的上层含DNA的水相、中间的变性蛋白相及下层有机溶剂相维持稳定。
12、用乙醇沉淀DNA时，为什么加入单价的阳离子
用乙醇沉淀DNA时，通常要在溶液中加入单价的阳离子，如NaCl 或 NaAc，Na+中和DNA分子上的负电荷，减少DNA分子之间的同性电荷相斥力，而易于聚集沉淀。
Tris
中文品名: 三羟甲基氨基甲烷; 氨基丁三醇; 缓血酸胺
Tris结构式
英文品名: Tris; Tris(Hydroxymethyl)aminomethane
英文别名: 2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol
THAM; Tris base; Trometamol
通用CAS : 77-86-1
产品纯度: 100%(USP药典级) / %(实验室技术级)
产品级别: USP药典级,符合USP/EP/cGMP对药物赋形剂的要求
分子式: NH2C(CH2OH)3
分子量:
使用用途: 生物制药,体外诊断,个人护理及化妆品原料等
保存温度: 常温密封避光保存
TRIS是一种最常用的生物缓冲液，常配成PH值为，，，。
其PH值随温度变化很大。
一般来说，温度每升高一度，PH值下降。
1M TRIS-HCl 和1.5M TRIS-HCl 是SDS-PAGE最常用的试剂。
而由TRIS配成的TAE，TBE等是DNA电泳最常用的试剂，TE（）主要用于溶解DNA。
TE为 Tris加EDTA合称。
缓冲特性：Tris为弱碱，在室温（25℃）下，它的为；根据缓冲理论，Tris缓冲液的有效缓冲范围在到之间。
Tris碱的水溶液pH在左右，一般加入盐酸以调节pH值至所需值，即可获得该pH值的缓冲液。
但同时应注意温度对于Tris 的pKa的影响。
衍生缓冲液：
由于Tris缓冲液为弱碱性溶液，DNA在这样的溶液中会被去质子化，从而提高其溶解性。
人们常常在Tris盐酸缓冲液中加入EDTA制成“TE缓冲液”，TE缓
冲液被用于DNA的稳定和储存。
如果将调节pH值的酸溶液换成乙酸，则获得“TAE缓冲液”（Tris/Acetate/EDTA），而换成硼酸则获得“TBE缓冲液”（Tris/Borate/EDTA）。
这两种缓冲液通常用于核酸电泳实验中。
制备：Tris可以由两步反应生成：先由硝基甲烷生成中间体三羟甲基硝基甲烷（(HOCH2)3CNO2），然后再由该中间体还原得到Tris。
用途：Tris缓冲液不仅被广泛用作核酸和蛋白质的溶剂，还有许多重要用途。
Tris被用于不同pH条件下的蛋白质晶体生长。
Tris缓冲液的低离子强度特点可用于线虫（C. elegans）核纤层蛋白（lamin）的中间纤维的形成。
Tris也是蛋白质电泳缓冲液的主要成分之一。
此外，Tris还是制备表面活性剂、硫化促进剂和一些药物的中间物。
Tris也被用作滴定标准物。