到不同大小的DNA片段，再以重复序列中的共有序 列作为核酸探针进行杂交，对所得到不同生物个体相 似DNA片段的带型图谱(即DNA指纹图谱，对每一个 体都是独特的)进行分析的方法。
2.6 微卫星 DNA（SSR）

一般由2 个～6 个碱基构成一个核心序列,核心序列在
长度上呈串联重复排列,主要由核心序列拷贝数目的变
分离且自由组合。但如果在家系中有无效等位基因存在, 则能够导致个体的基因型与经典的孟德尔遗传明显不一 致，从而使得parentage assignment与实际不符。
影响微卫星亲子鉴定的因素
2. “结巴”带(Stutter bands)的存在 在用变性聚丙酰胺凝胶检测微卫星位点的PCR 扩增产物 时,有时1 个等位基因不是1 条带,而是由1 个主带和数条 附加带组成,这些附加带称作“结巴”带或“阴影”带( Shadow bands) ，给数据读取带来一定误差。


二、常规亲子鉴定的方法和原理
（主要针对人类和哺乳动物）
DNA水平 遗传标记
DNA序列多态性(如线粒体DNA) DNA长度多态性(如微卫星SSR)
遗传标记
红细胞血型(如ABO)
白细胞血型(如HLA)
表达产物水 平遗传标记
血小板型
酶型(如 PGM 1 ) 血清型(如 Hp) 其他(如 唾液蛋白）
2.1 红细胞血型
下载网址：
/pages/aboutCervus_Overview.jsp
♀
♂
基因型分析
巢式一步法PCR扩增
亲子鉴定步骤（以团头鲂为例）
SSR标记（14个） 亲本基因型分析 P-Loci软件模拟分析 筛选到9对（100％） 子代基因型分析 ABI 3730 Cervus 3.0软件分析 获得子代的亲本来源
Genemap® 4.0 software
影响微卫星亲子鉴定的因素

1. 无效等位基因(Null allele) 的存在
Null allele指不被PCR 扩增的等位基因,常常是由引物结合
部位的点突变、插入或缺失引起，另外DNA模板质量不 好或者量太少也可能导致PCR失败。

微卫星是中性标记,遵循孟德尔遗传定律,即等位基因独立
影响微卫星亲子鉴定的因素

3. 上游等位基因扩增丢失(Upper allele dropout) 当等位基因的大小存在差异时,片段小的等位基因往 往比片段大的等位基因扩增效率高，因此常导致较大 的等位基因在杂合体中无法检测到。
多重PCR体系（multiplex PCR）

不同荧光标记(FAM, HEX, NED, er al.)， PCR反应完后将产物 混合后上机

等电聚焦技术——根据酶蛋白分子的等电点不同，
在 pH 梯度介质中，酶蛋白分子聚焦在相应的等电点 pH位置上，形成狭窄而清晰的区带。

凝胶介质上酶区带的显现和鉴定酶蛋白分子经电泳
分离以后，利用酶特异性的催化活性，使之显色，表
现出特征性谱带，可据此作出同工酶型的判断。
酶谱技术：电泳和组织化学染色两种方法的联 合应用。
蛋白，不由HLA基因控制，无多态性。其中，α3比较 恒定，而α2和α1则有高度可变性。

HLA-Ⅱ类抗原由α和β两条糖蛋白链构成，并以共价键
相连接

α和β链均有多态性
2.4 血清型

某些血清蛋白具有遗传多态性，表型有个体差异， 称为血清型 （serum types）。

血清蛋白的电泳多态性遗传标记：指不同个体血清 蛋白的电泳特性的差异。是血清蛋白多肽链中部分 肽链或个别氨基酸不同，引起电泳迁移率发生变
亲子鉴定在水产动物 遗传育种中的应用
高泽霞
华中农业大学水产学院
2003年美国进攻伊拉克， 在战争中众多尸首中虽 然已面目全非，但运用 DNA技术，最终证实萨 达姆的两个儿子乌代和 库赛战死。
目 录
一、亲子鉴定的意义 二、常规亲子鉴定的方法和原理
三、水产动物亲子鉴定的方法及应用
一、亲子鉴定意义

对家系遗传性状的评估，从而减小选育的效率和准确性；

耗时耗力，限制了标记个体的数目，从而影响选育强度。
寻找一种方法：可以将不同家系个体从早期阶段就
开始混合饲养，消除不同环境条件造成的环境效应
，同时又可有效防止后代的近亲交配。
采用分子遗传标记做亲子鉴定，快速准确寻找不同
家系后代的亲本。
微卫星标记具有的密度大、多态性丰富、高度杂
养殖一定时期后，收获， 性状数据测量，取个体鳍 条组织 在防止亲近交配或以减少 近亲交配为原则，选择下 一批繁殖亲本，尽可能保 持繁殖后代的遗传多样性
获取个体的基因组 DNA遗传信息
根据亲本的遗传信息， 进行家系鉴定，比较 各家系性状指标，建 立个体遗传信息库
如何选择可作为亲子鉴定的微卫星位点

基于亲本的遗传信息，尽可能选择在亲本中多态性


民事纠纷中争论或不确定的若干问题；
系谱追认、混合精液输精、不明确的偷配或乱配认证、双亲 资料混乱等，错误的系谱信息会使遗传进展的获得速度降低； 野外或人工饲养与繁殖的濒危动物, 对于其遗传资源的保护、 制订科学的配种方案提供清晰的系谱信息有极大的理论和现 实意义； 为避免后代中可能存在的近亲交配和控制小群体内的近交交 配导致的群体生活力下降。
三、水产动物亲子鉴定的方法及应用

系谱信息（Pedigree information）在水产动物遗传选育中的 重要性 追踪子代的父母本 鉴定个体间亲缘关系 鉴定有效繁殖亲本



清楚种群的系统演化关系
防止种群/个体的近交 尽可能保持物种的遗传多样性 阐明精子竞争、繁殖成功、幼体扩散等许多有关繁殖生态 学和遗传学方面的科学问题
Jerry, D.R., Preston, N.P., Crocos, P. J., Keys, S., Meadows, J.R.S., Li, Y., 2006. Application of DNA parentage analyses for determining relative growth rates of Penaeus japonicus families reared in commercial ponds. Aquaculture 254, 171–181. Kim, S.G., Morishima, K., Satoh, N., Fujioka, T., Setsuo, S., Arai, K., 2007. Parentage assignment in hatchery population of brown sole Pleuronectes herzensteini by microsatellite DNA markers. Fisheries Science 73, 1087–1093 . Wang, H.P., Li, L., Geoff, W., Bonnie, B., Hong,Y., Gao, Z., Laura, T., O’Bryant, Paul., Dean, R., Russ, M., 2009. Evaluation of relative growth performance and genotype by environment effects for cross-bred yellow perch families reared in communal ponds using DNA parentage analyses. Aquaculture Research 40, 1363– 1373. ……越来越多的水产动物育种项目在采用SSR标记进行家系来源鉴定
指正常人群中常见的各种染色体形态的微小变异 （如：随体增大、重复或缺如，着比粒区的荧光 强度变异等），这种多态是可以遗传的。这项技 术就是利用其形态来鉴定亲子关系，这要靠技术 人员的主观判断，其准确率也不尽如人意。
2.6 DNA 指纹分析

随着分子生物学的发展,自1985 年以来,DNA 指纹分 析技术在亲子鉴定中被应用。 将个体的染色体DNA用限制性内切酶消化，分离得
化产生长度多态性。

具有高度多态、 共显性遗传 SSR 分型具有很高的灵敏度和良好的重复性,分型结果 稳定可靠。

SSR 技术较DNA指纹有更高的非父排除率和个人识别几 率。SSR位点的总识别率为0.9999999999999935 ,累计非 父排除为99. 999 %,在亲子鉴定中已达到很高的水平,因 此被称为“第二代DNA 指纹”。
GS Junior 基因 序列分析仪
SSR标记
高通量测序法
Illumina MiSeq
Ion Torrent
序列的拼接， 标记的查找
近缘种之间标记的通用
基于微卫星标记亲子鉴定方法下的鱼类选育项目
取繁殖亲本的鳍条组织，掌握亲本的基因组DNA信息
不同家系繁殖后
混合饲养在pond或tank中， 使子代在相同的环境条件 下生长

同一种荧光标记，几 个SSR位点同时在一 个PCR反应里面扩增 大大节省成本

微卫星亲子鉴定在水产动物上的应用

Bernatchez, L., Duchesne P., 2000. Individual-based genotype analysis in studies of parentage and population assignment: how many loci, how many alleles? Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 57, 1–12.
高的微卫星位点；

选取一些位点后，用软件P-Loci做模拟分析，该软 件可基于亲本的遗传信息，推测所有可能产生的后