蛋白质层面：翻译后修饰
Phosphorylation
Sumoylation Palmitoylation
Ubiquitination
Acetylation
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(4) 相互作用网络
蛋白质-蛋白 质相互作用 网络
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本章内容提要
1. 基因组的结构与内容 2. 基因组注释 3. 比较基因组学 4. 基因/蛋白质的功能预测
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1. 基因组的结构与内容
(1) 基因的结构 (2) mRNA：可变剪切 (3) 蛋白质：翻译后修饰 (4) 相互作用网络：基因、蛋白质、小分子之间
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基因组大小 & 基因数
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基因数量 -> 生物复杂性？
1. 基因数量的变化，无法解释生物学功能、调控机 理以及物种多样性和复杂性的modules
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Gal4p and Kruppel
Gal4p
Kruppel
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其他功能元件
Exon splicing enhancer (ESE) and silencer (ESS) Intron splicing enhancer (ISE) and silencer (ISS)
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Functional elements: Promotor
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Transcription Factor Binding Site
生物信息学
第七章 基因组分析
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人类基因组计划
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基因组、转录组和蛋白质组
基因组 转录组 蛋白质组
化学生物学
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细胞信号通路
G1/S检验点： 有调控方向
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(5) 非编码区
a. 功能元件: 转录因子结合位点；启动 子…
b. Non-coding RNA: MicroRNA c. 转座子 d. 重复片段 e. 伪基因 (Pseudogene)
的相互作用 (5) 非编码区
a. 功能元件: 转录因子结合位点；启动子… b. Non-coding RNA: MicroRNA c. 转座子 d. 重复片段 e. 伪基因 (Pseudogene)
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(1) 基因的结构
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microRNA/miRNA
1. 长度21-23bp 2. 调控基因的表达 3. pre-miRNA: ~70bp
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Transposon
Genotype to Phenotype
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转录后层面：mRNA Splicing
mRNA Splicing
isoform 1 isoform 2 isoform 3
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tRNA & rRNA
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snoRNAs
snoRNAs: Small nucleolar RNAs; 介导 其他RNA分子的化学修饰，例如甲基化
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Non-coding RNA
1. 不翻译成蛋白质，具有重要的调控功能 2. 分类：
a. transfer RNA (tRNA) b. ribosomal RNA (rRNA) c. snoRNAs, d. microRNAs, e. siRNAs f. piRNAs: 与piwi相互作用的RNA g. long ncRNAs: Xist …
2. 当前解释：蛋白质组的多样性和复杂性 -> 物种的 多样性和复杂性；~10,000,000种蛋白质分子
3. 两种观点：
a. 转录后层面，mRNA剪切，产生拼接异构体 b. 蛋白质层面，蛋白质序列上一个或多个位点上发生的
翻译后修饰
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转座子：在基因组中能够移动位置的DNA 序列
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2. 基因组注释
(1) 基因组序列的拼装 (2) 基因预测 (3) 可变剪切的预测 (4) 非编码的功能元件的预测
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(1) 基因组测序：鸟枪法
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