序列对齐（sequence alignment）的目的是通过两个或多个核酸序列或蛋白质序列进行对齐，并将其中相似的结构区域突出显示。
通过比较未知序列与已知序列（尤其是功能和结构已知的序列）之间的同源性，往往可以很容易地预测未知序列的功能。
1、两两对齐分析
国际互联网上序列两两对齐资源有：
①ALIGN（http://genome.eerie.fr/fasta/align-query.html），对用户所提交的两条序列进行优化对齐，允许选择不同的记分矩阵，但是不允许空位罚分。
②Align（http://www.mips.biochem.mpg.de/mips/programs/aligh.html；
http://www.mips.biochem.mpg.de/）只允许对数据库的已有记录进行两两比对，不接受用户所提交的序列。
③Bl2Seq（/gorf/bl2.htm）可对任意两条序列进行两两对齐，具有Blast软件的所有功能。
2、多重序列对齐分析
国际互联网上多重序列对齐程序有：
①ClustalW/X。
最为著名的序列多重对齐软件包。
用户可自行下载进行数据分析。
接受多种输入格式，包括FASTA、EMBL、SWISS-PROT、PIR、GCG/MSF等，但所有输入序列必须在同一文件中。
如果输入序列中的非空格号85%以上为A、C、G、T、U、N，判定为核酸序列，否则作为蛋白质序列计算。
但核酸和蛋白质序列不能在同一文件中。
网址：/cgi-bin/newclustalw.pl；
/multi-align/multi-align.html；
ftp:///pub/software；
②Match-Box。
同时考虑序列数据和氨基酸性质进行序列多重对齐分析。
网址：http://www.fundp.ac.be/sciences/biologie/bms/matchbox_submit.html
③BCM服务器。
Baylor College of Medicine，BCM launcher。
网址：/multi-align/multi-align.html
④CINEMA。
彩色交互式多序列对齐编辑器。
网址：/dbbrowser/CINEMA2.1/
3、序列对库的对齐检索分析
目前单条序列对库检索中使用最广泛的程序是FASTA和BLAST。
BLASTP是用蛋白质序列检索蛋白质数据库；
BLASTN用核酸序列检索核酸数据库；
BLASTX用核酸序列检索蛋白质序列数据库；
TBLASTN用蛋白质序列检索核酸序列数据库（基于所有可能的六个不同相位编码序列）；TBLASTX用核酸序列检索核酸序列数据库（基于所有可能的六个不同相位编码序列）；FASTA用蛋白质序列检索蛋白质序列数据库或用核酸序列检索核酸数据库；
TFASTA用蛋白质序列检索核酸序列数据库（基于所有可能的六个不同相位编码序列）；FAXTX用核酸序列检索核酸序列数据库（基于所有可能的六个不同相位编码序列）。
BLAST只能匹配连续的序列，缺失片段将被分段显示。
许多其他程序如BEAUTY可直观地显示BLAST的输出结果。
BEAUTY为增强型的BLAST搜索服务器，对未知序列提供更多的功能提示信息。
网址：:9331/seq-search/protein-search.html。
当FASTA和BLAST均不能发现显著性匹配时，可采用BLITZ。
BLITZ非常敏感，但运行慢。
一般在FASTA和BLAST运行不能得到理想结果时采用。
BLITZ网址：/searches/blitz.html；/bic_sw
为了便于对序列对齐结果进一步分析，已出现一批与BLAST和FASTA有关的后处理程序，包括分析结果的可视化和基于分析结果的二次数据提取与加工等。
如：
Blixem：http://www.cgr.ki.se/cgr/groups/sonnhammer/Blixem.html；
MSPcrunch：http://www.cgr.ki.se/groups/sonnhammer/MSPcrunch.html；
Visual BLAST，Visual FASTA：/pdurand/；
Octopus：/pdurand/htmlDoc/software/octopus/，为Visual BLAST和Visual FASTA合并后的版本，是非常好的序列对齐结果观察软件，包括疏水性分析、多序列编辑等。
4、同源性有效的意义判据
蛋白质序列对齐分析得到的结论是：如果蛋白质序列之间至少80个氨基酸左右的区域中具有25%或更高的同源性，那么它们具有相类似的生物学性质。
在此标准之下，两条蛋白质可能具有相似的功能，也可能是性质上完全不同的蛋白质。
核酸序列更为复杂，由于DNA编码的冗余特点，编码区的DNA序列在进行对齐之前可以先被手工翻译或者使用BlastX等程序翻译为蛋白质序列进行分析。
当拟分析的核酸序列不是编码区时，序列一致性是否具有生物学意义上的显著性则难以得出明确结论。
经验显示，DNA序列具有75%以上的同源性才可能
具有潜在的生物学意义。
建议做序列比对的时候，看看这个文献
Mol Biol Evol. 2007 Nov;24(11):2433-42.
Mind the gaps: evidence of bias in estimates of multiple sequence alignments. Golubchik T, Wise MJ, Easteal S, Jermiin LS.。