42）。 • 3~4个相邻的SNP标记构成的单体型就可有8~16种。
SNP
• SNP分类： • 根据SNP在基因组中的分布位置，可分为：
cSNP（1/5）、pSNP、rSNP。 • 从对生物遗传性状的影响上看，cSNP又可分为：
同义cSNP、非同义cSNP 。 • SNP的应用（P69）： • 人类基因单体型图的绘制 • SNP与疾病易感基因的相关性分析 • 指导用药与药物设计 • 动物、植物、微生物的遗产改造/育种
• 插入/缺失突变：DNA序列插入/缺失一个或多个核 苷酸的突变。
• eg. 转座子（复制型转座子、非复制型转座子）。
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基因突变
• 点突变：指一种碱基通过化学修饰、遗传变异、复 制错误等引起的单一碱基的改变。
• 分为转换（transition）和颠换（transversion）。 • 转换最常见，约占SNP的2/3。
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2 主要核酸操作技术
核酸凝胶电泳技术 核 突变位点的检测
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遗传标记 DNA遗传标记 基因突变 SNP SNP检测技术
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遗传标记 DNA遗传标记 基因突变 SNP SNP检测技术
SNP (P66)
• SNP广泛存在于人类基因组中。 • 单倍/体型（haplotype）：位于染色体上某一区域的一组相
关联的SNP等位位点被称为--。 • 相邻SNPs的等位位点倾向于以一个整体遗传给后代（图2-
• 缺点：限制性酶切过程中不可避免的遭遇到酶切不完全或 DNA降解的现象，且只能检测已知多态位点，不能罕见的 或未知的突变位点；每次酶切2-3个片段，信息量有限；限 制性内切酶价格较昂贵。
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DNA遗传标记
• 第二代标记：简单重复序列（SSR）
• 定义：真核生物基因组中散布有由大量由简单重复序列所组 成的微卫星和由串联重复短序列组成的小卫星。在小卫星或 微卫星的两端往往是相对保守的限制性内切酶位点。通过特 异性引物进行PCR扩增、凝胶电泳和放射自显影（或银染）， 可以检测到在简单重复序列中由于重复单位数不同而造成的 DNA区域的多态性。
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遗传标记 DNA遗传标记 基因突变 SNP SNP检测技术
PCR
SNP检测技术
（课下拓展，各技术有何优缺点）
限制性酶切片段长度多态性分析-RFLP 单链构象多态性分析-SSCP 毛细管电泳 变性高效液相色谱-DHPLC 异源双链分析-HA 变性梯度凝胶电泳分析-DGGE DNA芯片技术-DNA chip 实时荧光PCR分析 直接序列测定， … …
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SNP检测技术
PCR-RFLP：
原理：先用PCR技术扩增目的基因片段，由于DNA个别 碱基的突变，致使DNA分子的限制酶切位点及数目发生改 变，用限制酶切割目的片段，所产生的片段数目和每个片段 的长度就不同，即所谓的限制性片段长度多态性。 P427：
DNA遗传标记
•notype）：
人：除性染色体外，人类细胞内的染色体都有两份， 一个人所拥有的一对等位位点的类型被称为--。 泛指：同一基因座位上多个等位位点的类型。
• 基因分型（genotyping）：确定某个个体基因型的 实验。
• 等位位点（P66）：指染色体DNA同一位置上的每 个碱基类型。
DNA遗传标记(P437)
• 第一代标记： 限制性片段长度多态性（RFLP）
• 定义：用限制性内切酶特异性切割DNA链，由于DNA的一 个“点”上的变异所造成的能切与不能切两种状况，可产生 不同长度的片段，可用凝胶电泳显示多态性。
• 优点：广泛用于检测已知DNA点突变，可以检测大到几千 个碱基对DNA片段；对SNP位点检测和基因分型均能较准 确的判断。
• 优点：与RFLP标记相比SSR检测的多态性频率高得多。
• 应用：基因定位、DNA指纹分析、遗传分析和疾病诊断等。
• 缺点：要克隆足够数量的SSR并进行测序，需要投入足够的 资金、人力和时间。
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DNA遗传标记
• 第三代标记：SNP • 定义：基因组DNA序列中单个核苷酸的突变引起的多态性。 • SNP是基因组中最简单、最常见的多态形式，具有很高的
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遗传标记 DNA遗传标记 基因突变 SNP SNP检测技术
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基因突变
• 定义：由于体内外各种因素使基因特定的DNA序列 的碱基组成或排列顺序发生改变，导致DNA一级结 构改变。
• 根据分子机制不同分为：插入突变、缺失突变、点 突变 。
础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接的反映。 • DNA遗传标记的种类（P436）： • 限制性片段长度多态性RFLP、简单重复序列（SSR）、
SNP。
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遗传标记 DNA遗传标记 基因突变 SNP SNP检测技术
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遗传标记
• 遗传标记：形态学标记、细胞学标记、生化标记、分子标记 • 分子标记（Molecular Markers） • 广义：可遗传并可检测的特异DNA序列、RNA或蛋白质。 • 狭义：指DNA或RNA标记。 • DNA遗传标记：指以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基
遗传稳定性。 • 已经在人类基因组中发现了超过1000万个SNP位点，平均
约每300bp就有一个SNP。 • 绝大多数SNP位于非编码区。 • 优点：可用于检测未知突变；可以与DNA芯片技术相结合
实现自动化检测。 • 缺点：存在假阳性和假阴性；检测效果受检测条件影响。
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