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文档之家› 10种观赏植物查尔酮合成酶基因生物信息学分析
10种观赏植物查尔酮合成酶基因生物信息学分析
张太奎 , 刘 峥 ,朱 芳 明,张 汉尧
( 西南林业大学 西南地区生物多样性保育 国家林业局重点实验室 ,云南 昆 明6 5 0 2 2 4)
摘要 :运用分子生物学软件对金花茶 、菊花 、杜 鹃、荷 花 、金银花 、贯 叶金丝桃 、牡丹 、龙 胆 、桃树 、兜兰 1 0 种观赏植物 的查尔酮合成酶基因 ( C H S )进行 核酸 序列 预测 和分析 ,采 用邻 接距 离矩 阵法构 建 了系统发 育树 , 并进行系统发育分析 ,结果表明 ,( 1 )观赏植 物查尔酮合 成酶基 因所编码 蛋 白质 为稳定 的疏水性 单链蛋 白质 ,
q u e n c e s a n a l y s i s aห้องสมุดไป่ตู้n d pr o t e i n pr e di c t i o n we r e c o n d u c t e d. Th e r e s u l t s o f t h i s s t u d y i n d i c a t e d t h a t c h a l c o n e s y n z y me
杜 鹃 与金 花茶 、牡 丹 与 菊 花 的 关 系 都 较 近 。
关键词 :观赏植物 ;查尔酮合成酶 ;基 因 ;蛋 白质 ;生物信息学 中图分类号 :Q 7 8 文献标识码 :A 文章编号 :1 6 7 2— 8 2 4 6( 2 0 1 3 )0 5— 0 0 6 2— 0 7
r o l e i n c a t a l y z i n g i n c y t o p l a s mi c ma t r i x wi t h o u t t r a n s p o r t i n g b y p r o t e i n, a te f r t h e y we r e s y n t h e s i z e d o n f r e e r i b o —
Ab s t r a c t :T h e c h a l c o n e s y n z y me g e n e s( C H S )o f 1 0 o r n a m e n t a l p l a n t s i n c l u d i n g C h r y s a n t h e mu m m o r f i o l i u m, C a m e l l i a n i t i d i s s i ma ,H y p e r i c u m p e r f o r a t u m,P r u n u s p e r s i c a ,N e l u m b o n u c f i e r a , P a p h i o p e d i l u m c o n c o l o r ,L o n i c e — r a j a p o n i c a ,R h o d o d e n d r o n s i m s i i ,P a e o n i a s u f f r u t i c o s a a n d G e n t i a n a t r i lo f r a ,w e r e s t u d i e d .A m i n o a c i d s s e —
以 一 螺旋和无规则卷曲为主;( 2 )可能在游离核糖体上合成后不经 蛋 白转运 ,直接在细胞 质基质的特定部位 中 行使催化功能 ;( 3 )查 尔酮合成酶的作用机制可能与组织特异性 和发育阶段 以及对外界不同刺激敏感 程度相关 ;
( 4 )查尔酮合成酶基因具有超基 因家族 ,C H S基因在进化 中存在 基因重复 与分歧 ,其保守 性好 ,除桃树有 2个 外显 子 ,其余植物 只有 1 个外显子 ,且几种植物的 C H S外显子剪切位点不 同;( 5 )龙胆与其他植 物的关 系较远 ,
g e n e s e n c o d e d s t a b l e s i n g l e h y d r o p h o b i c pr o t e i n s .c o mp o s e d o f r a n d o m c o i l a n d o l — h e l i x.Th e y ma y p l a y a s p e c i a l
第4 2卷
第 5期
西
部
林
业
科
学
V0 1 . 42 No . 5
2 0 1 3年 1 0月
J o u r n a l o f We s t C h i n a F o r e s t r y S c i e n c e
Oc t . 2 01 3
1 0种 观赏 植 物查 尔 酮 合成 酶基 因生 物信 息 学分 析
Z H ANG Ta i — k u i ,LI U Zh e n g,ZHU F a n g — mi n g, Z H ANG Ha n— y a o
( Ke y L a b o r a t o r y o f B i o d i v e r s i t y Co n s e r v a t i o n i n S o u t h we s t C h i n a, S t a t e F o r e s t r y Ad mi n i s t r a t i o n S o u t h we s t F o r e s t r y Un i v e r s i t y. Ku n mi n g Yu n n a n 6 5 0 2 2 4, P . R. Ch i n a )
Bi o i n f o r ma t i c s An a l y s i s o f Ch a l c o ne S y n z y me Ge n e s f r o m
Te n Ki n d s o f Or na me n t a l Pl a nt s