RNA的聚合酶链式反应：目前常用的RNA检测方法有原位杂交，点杂交，Northern印记杂交以及核酸酶保护试验等。

这些方法的普遍缺点是难以检测低丰度的信使RNA，并且操作繁琐，将RNA反转录和PCR结合起来建立RNA聚合酶链式反应（RT-PCR）则可以克服上述缺点。

RT-PCR先在反转录酶的作用下以信使RNA为模板合成cDNA，再以CDNA为模板进行PCR反应。

此法快速，简便，并且灵敏度高。

此法可以检测单个细胞中少于10个拷贝的特异RNA。

RT-PCR 应用：分析基因的转录产物
克隆cDNA及合成cDNA探针，
改造cDNA序列等
RT-PCR中的关键步骤是RNA的反转录，要求RNA模板必须是完整。

并且不含DNA，蛋白质等杂质。

若RNA模板中污染了微量DNA，扩增后会出现特异DNA的PCR产物。

而cDNA扩增产物却很少，必要时可用无ＲＮａｓｅ的ＤＮａｓｅ处理反转录产物，消除ＤＮＡ后在进行ＰＣＲ。

如果蛋白质未除尽可与ＲＮＡ结合，从而影响反转录和ＰＣＲ反应。

常用的反转录酶有二种，也就是ＡＭＶ，和ＭｏＭＬＶ的反转录酶
ＡＭＶ反转录酶由二个不同亚基组成，具有较强的ＲＮａｓｅＨ活性。

可水解ＲＮＡ模板，以ＲＮＡ模板合成单链ＤＮＡ的酶活性最适作用温度为４２摄氏度。

ＭｏＭＬＶ反转录酶由一条多肽链组成，最适作用温度为３７摄氏度。

ＲＮａｓｅＨ活性较低，适于合成大片段
全长ｃＤＮＡ
但是当模板ＲＮＡ的二级结构影响反转录反应时，用ＡＭＶ反转录酶更合适，因为较高的反应温度会消除ＲＮＡ二级结构的影响。

此外ｉａ这二种反转录酶的缓冲液有所不同。

最近，从嗜热栖热菌ＨＢ８中分离得到Ｔｔｈ耐热ＤＮＡ聚合酶，此酶还具有反转录酶活性，９５摄氏度时该酶的半衰期为２０分钟具有５—３外切酶活性，无３—５外切酶活性，利用Ｔｔｈ耐热ＤＮＡ聚合酶同时具有反转录酶的特点，可以简化ＲＴ－ＰＣＲ，并且比Ｔａｑ聚合酶反应敏感度高１００倍。

所以更优越。

Ｔｔｈ聚合酶作用温度高，可消除ＲＮＡ的二级结构对反转录反应的影响，增加ＴｔｈＤＮＡ聚合酶的反转录的活性，可增加ＲＴ－ＰＣＲ反应灵敏性。

ＴｔｈＤＮＡ聚合酶的缺点：反转录酶活性需要二价锰离子，而二价锰离子会降低ＤＮＡ聚合酶的忠实性，
ＴｔｈＤＮＡ聚合酶催化聚合反应的错误掺入率为１／５００。