用ImageJ对W estern Blot图片灰度分析
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The good news is that even if you don't have access t o a photo editing program such as Photoshop, you can now do all the same analyses using free programs. My favorite option is the freely available ImageJ from the National Institut es of Health.
The homepage for ImageJ is here: /ij/index.html wherein you can find links t o the download, document ation, additional plugins and so on.
Once ImageJ is inst alled, open it up and open your scanned film file. We'll start the ImageJ section by duplicating the method outlined above for Phot oshop.
1. Open your file.
2. Under Image>Type click on 8-bit t o convert the image to grayscale.
3. Go to the menu Process>Subt ract Background. Try a rolling ball radius of 50. This removes some of the background coloration from your image.
4. Go to Analyze>Set Measurements, and click the boxes for Area, Mean Gray Value, and Int egrated D ensit y.
5. Go to Analyze>Set Scale, and ent er "pixels" in the box next t o Unit of length.
6. Go to Edit>Invert (or hit Ct rl+Shift+I) t o invert the colors on the image. Now the dark areas are light, and the light areas are dark. As outlined above, this has the benefit of making the measured values for bands increase with increasing prot ein expression.
7. Choose the F reehand Selection tool from the t ool palette.
8. Draw a line around the boundary of your first band. As above, you need to use your own judgement about
where t he edges of the band are, and what is simply background noise.
9. Hit the m key to take a measurement of the enclose area that you select ed. The Result s window should pop up, and each of the measurements you select ed in step 4 should appear. Not e that the Integrated Density column is simply the Area and Mean Gray Value columns multiplied together.
10. Use the Freehand Selection tool to select the next band, and press m to take the measurement. Repeat this for each of you bands, including the st andard.
11. When you are finished, you can go to the Edit menu in the Results window, and choose Copy All. You can then paste the results into a spreadsheet for lat er use.
教你使用ImageJ分析电泳条带灰度比-ImageJ使用教程
ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数，也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。
step 1.首先打开软件后，开启图档
step 2.请先做校正，选择Analyze底下的Calibrate选项，再选择校正的模式，使用Uncalibrate OD，再按ok
按下ok之后会出现校正的图形
Step 3.在要分析的第一条(first lane)加上一个长型框(工具列第一个选项)，再按下Analyze/Gels/select first L ane快速键(Ctr+1)，此时框架中会出现一个号码1，之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/select second Lane快速键(Ctr+2)，当然可以一直加下去，最后按Analyze/Gels/plot Lanes快速键(Ctr +3)。
Step 4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度，此时可以看到有几个比较高的区段，就是我们想定量的band，使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band的区域和没有band的区域分开再，使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。
Step 5.当我们点选分析时，在result的对话视窗会出现分析的数据，依序点选就会出现每个band的值。
注：当我们选择分析的条带也可以是横向选取，就可以只比较相同大小的DNA的含量，同样也可以应用在western blot 或其它类似实验条带的分析上
mageJ是一个用Java语言开发的图像处理和分析平台,具备多种图像处理和分析功能, 下载地址:http://www.uhnresearch.ca/facilities/wci f/download.php。
该软件是一个免费软件,支持插件技术,而且开放源代码。
ImageJ在医学影像学诊断领域的应用非常广泛,以下就I该软件在医学显微图像处理方面(血清蛋白电图谱分析)的应用进行探讨,与战友们交流。
一、软件准备
下载并安装ImageJ: 得益于Java 的跨平台性优势,ImageJ可以运行在L inux、Mac OS和Windows等平台上,这也是该软件的一大优势,是其得以广泛应用的原因之一。
ImageJ的运行需要JAV A运行环境(JRE11311或Java 11411SDK)的支持,从官方网站上下载的压缩包中已包含JRE11311。
此外, 从SUN 的官方网站(下载地址: http: / /java1sun1com / j2 se / )还可以免费下载各种版本的JA V A运行
环境。
运行ImageJ 最少需要64M内存,建议配置256M内存,这样在处理大幅图像或序列图像时就不会有停顿感。
二、实验分析:
分析电泳图谱: (1)启动ImageJ ,打开采集的图像。
用方形图像选择工具在图像上圈定一个电泳图谱(注意要将各个条带都全部框住) , 然后按1 键(相应的菜单操作为:Anal y ze→Gels→Select First Lane) ,标记和选定该电泳图谱。
如果一幅图像上有多个电泳图谱,将鼠标放在该方框的中央,按住鼠标拖动方框(注意不要改变方框大小)将其放在下一个电泳图谱上,按2键(相应的菜单操作为: Anal y ze→Gels→Select Next Lane) ,分别标记和选定这些电泳图谱。
(2)所有电泳图谱都标记完毕后,按3键(相应的菜单操作
为:Anal y ze→Gels→P lot Lanes)生成所有选定电泳图谱的光密度分布曲线。
用直线工具在每一条曲线上划一条基线,使得曲线上的每一个波峰都能与基线围成一个封闭区域。
如果生成的曲线较多,可以用手形工具上下移动图像执行此操作。
(3)选用魔术棒工具,在曲线上的每一个波峰的封闭区域内单击鼠标,程序自动计算该封闭区域的面积,一个曲线上的所有波峰的面积都计算完毕后执行Analyze →Gels→Label P eaks,程序自动计算每一波峰的面积百分比,并标记在曲线上。
此值即为该电泳图谱上各个条带的含量百分比。
(4)一个电泳图谱分析完毕后,执行Analyze→Gels→ResetCounter将计数器回零,重复第3步操作,分析下一个电泳图谱的光密度曲线。
统计学处理:用E xcel 2000进行t检验。
另有实例参考文献一篇，上传至QQ群共享邮箱。