微生物生态学（microbial ecology）是在微生物和生态学发展过程中形成的交叉学科，为生态学的一个分支学科，是研究微生物与其生存环境、微生物群体之间相互关系、相互作用的科学，
生境（habitat）是指微生物能够在其中生存并执行其特定功能的微小环境，又称之为微环境（microenvironment）或微小生境（microhabitat）龛（niche）包含为生境更为广泛的含义，它不但包含了生物生存的空间概念，还蕴涵着功能作用以及不同温度、湿度等环境变化中的位置，也称为生态学。

种群（population）具有相似特性和生活在一定空间内的同种个体群称之为种群。

群落（community）一定区域内或一定生境中各种微生物种群相互松散结合的一种结构和功能的单位称之为群落。

生产者和消耗者生产者和消耗者是构成自然界生态系统物质能量循环的重要元素。

生物钟绿色植物的光合作用摄取太阳能，转化为化学能，将无机物转化为有机物，是重要的生产者。

动物消耗有机物，使能量与物质重新分配，是消耗者。