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Scifinder绘图面板介绍
或许我们需要的只是这样的转化; 可以对环系进行扩展。
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定义一个不定环
虚线:环系可 以是饱和的或 不饱和的; R基团:R=C , N, O or S; 重复基团定义 工具:环系可 以是6员环至8 员环; 原子标记工具: 反应前后的原 子相对应。
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进行亚结构检索
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反应角色定义工具
原子标记工具
(标记反应前后相对应的原子)
反应位置标记工具
(标记反应过程中形成或断裂的键)
代表任意的键,可以是 单键、双键或者三键
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反应检索高级应用举例
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不定环反应定义
–
结构中包含特定基团的反应查询
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用环锁定工具锁定结构中的环系和碳链,保证环系 不成为别的环系的一部分,保证碳链不会成环。
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限定之后的结果集
对限定之后的结果集进行Substance Role分析,选择有制备信息的物质。
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得到物质角色为制备的物质结果集
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再使用Analyze中的Elements对物质中的元素进行分析
继续用Analyze / Refine 进行后处理,获取更多的结构信息。
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提
纲
专题一: 结构面板的全方位介绍 专题二:亚结构检索具有特定结构要求的物质 专题三:反应检索的思路 专题四:高级反应检索应用举例
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将CAS号、SMILES、InChI等转换 为结构式
将所画结构存为模板,保存之后 的模板可以点击 直接使用
检查原子、键之间是否有空隙, 防止单一结构被当成碎片检索
对绘图面板进行个性化设置,如 结构式的格式、常用元素等
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④ 如果只知道反应物或产物中的部分结构片段,想查找特定的 转化,怎样实现呢?
X R
N R
N X N
N X N
片段A
检索要求: 1. 2. 3. 反应物中包含片段A与Boc基团,但是Boc位置不确定 可以是吡啶环或嘧啶环(R=C,N) Boc在反应前后不能发生破坏
限定之后的结果集
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不定环定义的一般过程
1. 一般是设定成四元环或五元环,或是在原有环系上进行改造;
2.
用虚线代表所有的饱和或不饱和环系;
3.
设置R基团(一般为C, N, O, S),包含所有的碳环和杂环。
4.
使用重复基团定义工具扩大环系范围;
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控制面板上的功能键
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案例一:有机物通式结构的亚结构检索
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SciFinder结构绘制工具
铅笔 元素周期表 可变基团 重复基团工具 模版工具 碳链工具 索套选择工具 选择工具 环锁定工具 旋转工具 正电子 原子锁定工具 镜面旋转工具 C原子和单键恢复工具 单双键,RS构 型,不确定键 定义工具 结构检索选择 橡皮 常用基团 R基团定义工具 可变位置连接工具 结构和反应切换功能
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结构中包含特定基团的反应查询
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② 如何定义一个不定环?
以下转化在SciFinder中并没有找到反应结果,如何进行拓展检索?
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这种情况需要从物质出发检索反应
R1=C,N 原子锁定,锁定 Boc上的3个甲基 通过结构检索,检 索包含片段A和Boc 的所有物质
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亚结构检索,获得包含片段A和Boc的物质
是否执行碎片检索
选择单一组分,保证两 个片段在一个结构中
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所有检索出来的结构,都包含片段A和Boc
这些物质,都是符合 我们要求的反应物, 在SciFinder中可以直 接先获得这些物质所 参与的反应,在考虑 从中筛选我们需要的 反应。
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Comprehensive Content Sophisticated Analysis Unprecedented Results
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可变位置连接工具
重复基团定义工具
环锁定工具
(保证环结构不成为别的环系的一部 分;保证链状结构不会成环)
原子锁定工具
(保证原子不发生别的取代)
可以检索到 不能检索到
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亚结构检索以下结构通式的物质
O R HN
2-5
R=S, P, NH2
X
要求: 1 苯环上任意取代一个卤素 2 碳链可以重复2至5次 3 R基团可以是S, P或氨基
将结构通式绘入画图面板,进行亚结构检索。
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物质检索界面
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亚结构检索结果
链状结构成为环系的一步限定
王晓鹏 SciFinder 培训专员 Mail:tina@ Tel:010-82335058-807 答疑QQ:1148184331
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王晓鹏 SciFinder 培训专员 Mail:tina@ Tel:010-82335058-807 答疑QQ:1148184331
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Thank You
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提
纲
专题一: 结构面板的全方位介绍 专题二:亚结构检索具有特定结构要求的物质 专题三:反应检索的思路 专题四:高级反应检索应用举例
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负电子
常见环,多元环工具
SciFinder中的反应定义工具
结构和反应切换功能
反应检索选择
反应箭头 反应角色定义工具 反应原子标 记工具 反应位置标记工具
反应官能 团列表
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元素周期表
可变基团
常用官能团 R基团
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